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万見
- PDB-7h8d: Group deposition for crystallographic fragment screening of Chiku... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7h8d
タイトルGroup deposition for crystallographic fragment screening of Chikungunya virus nsP3 macrodomain -- Crystal structure of Chikungunya virus nsP3 macrodomain in complex with Z281773378 (CHIKV_MacB-x1175)
要素Non-structural protein 3
キーワードVIRAL PROTEIN / Diamond Light Source / I04-1 / READDI / Chikungunya Virus / crystallographic fragment screening / PanDDA / XChemExplorer
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / regulation of cytoskeleton organization ...host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / regulation of cytoskeleton organization / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nucleoside-triphosphate phosphatase / methylation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / GTP binding / host cell plasma membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / : / Peptidase family C9 / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / Viral methyltransferase ...: / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / : / Peptidase family C9 / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(4-methoxyphenyl)-1,2,3,6-tetrahydropyridine / Polyprotein P1234
類似検索 - 構成要素
生物種Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
Chikungunya Virus (チクングニヤウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Aschenbrenner, J.C. / Fairhead, M. / Godoy, A.S. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Dolci, I. / Golding, M. / Koekemoer, L. / Lithgo, R.M. ...Aschenbrenner, J.C. / Fairhead, M. / Godoy, A.S. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Dolci, I. / Golding, M. / Koekemoer, L. / Lithgo, R.M. / Marples, P.G. / Ni, X. / Oliva, G. / Thompson, W. / Tomlinson, C.W.E. / Wild, C. / Winokan, M. / Xavier, M.-A.E. / Fearon, D. / von Delft, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI171292 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Group deposition for crystallographic fragment screening of Chikungunya virus nsP3 macrodomain
著者: Aschenbrenner, J.C. / Fairhead, M. / Godoy, A.S. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Dolci, I. / Golding, M. / Koekemoer, L. / Lithgo, R.M. / Marples, P.G. / Ni, X. / Oliva, G. / ...著者: Aschenbrenner, J.C. / Fairhead, M. / Godoy, A.S. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Dolci, I. / Golding, M. / Koekemoer, L. / Lithgo, R.M. / Marples, P.G. / Ni, X. / Oliva, G. / Thompson, W. / Tomlinson, C.W.E. / Wild, C. / Winokan, M. / Xavier, M.-A.E. / Fearon, D. / von Delft, F.
履歴
登録2024年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 3
B: Non-structural protein 3
C: Non-structural protein 3
D: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,26032
ポリマ－71,2774
非ポリマー1,98328
水10,088560
1
A: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,66212
ポリマ－17,8191
非ポリマー84311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2366
ポリマ－17,8191
非ポリマー4165
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1607
ポリマ－17,8191
非ポリマー3416
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2037
ポリマ－17,8191
非ポリマー3836
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.563, 87.563, 85.748
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Non-structural protein 3 / nsP3


分子量: 17819.215 Da / 分子数: 4 / 断片: macrodomain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8JUX6, ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6OS
由来: (組換発現) Chikungunya Virus (チクングニヤウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
由来: (組換発現) Chikungunya Virus (チクングニヤウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-T9F / 4-(4-methoxyphenyl)-1,2,3,6-tetrahydropyridine / 4-(4-メトキシフェニル)-1,2,3,6-テトラヒドロピリジン


分子量: 189.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C12H15NO
由来: (組換発現) Chikungunya Virus (チクングニヤウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.81 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Sodium bromide, 0.1 M Tris, pH 7.8, 25 % PEG Smear Broad

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92124 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92124 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→56.81 Å / Num. obs: 94997 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.184 / Χ2: 0.28 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 1003992
反射 シェル解像度: 1.61→1.64 Å / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 2.804 / Num. measured all: 45496 / Num. unique obs: 4551 / CC1/2: 0.339 / Rpim(I) all: 0.932 / Rrim(I) all: 2.957 / Χ2: 0.03 / Net I/σ(I) obs: 0.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
REFMAC5精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.61→56.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 6.151 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24063 4281 5.1 %RANDOM
Rwork0.19731 ---
obs0.19941 79111 87.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.817 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.03 Å2-0 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.61→56.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4962 0 102 560 5624
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01511529
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0157318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4051.65910717
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.281.60316992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.99951091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8221.88383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.874151324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9421560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029705
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021759
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4672.9886329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5782.9165464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6984.375181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6984.3715182
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3643.2565200
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3643.2575201
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1694.7725537
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.50337.41310077
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.37736.8349599
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.612→1.654 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.485 32 -
Rwork0.448 503 -
obs--7.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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