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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7h5v | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of endothiapepsin PF_cryo1 in complex with JFD03909 at 100 K | |||||||||
要素 | Endothiapepsin | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / Endopeptidase / room temperature | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4-hydroxy-3-polyprenylbenzoate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Cryphonectria parasitica (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.985 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang, C.-Y. / Aumonier, S. / Olieric, V. / Wang, M. | |||||||||
資金援助 | スイス, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024 タイトル: Cryo2RT: a high-throughput method for room-temperature macromolecular crystallography from cryocooled crystals. 著者: Huang, C.Y. / Aumonier, S. / Olieric, V. / Wang, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7h5v.cif.gz | 84.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7h5v.ent.gz | 62.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7h5v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7h5v_validation.pdf.gz | 736.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7h5v_full_validation.pdf.gz | 736.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7h5v_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7h5v_validation.cif.gz | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/7h5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/7h5v | HTTPS FTP |
-グループ登録
ID | G_1002290 (30エントリ) |
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タイトル | A High-Throughput Method for Room-Temperature Macromolecular Crystallography from Frozen Crystals |
タイプ | undefined |
解説 | A High-Throughput Method for Room-Temperature Macromolecular Crystallography from Frozen Crystals |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, EC: 3.4.23.22 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-DMS / #3: 化合物 | ChemComp-PHN / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, and 26 - 30% (v/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→42.63 Å / Num. obs: 22338 / % possible obs: 99 % / Biso Wilson estimate: 22.09 Å2 / Rmerge F all: 0.1 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.75 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.08 Å / 冗長度: 7.15 % / Rmerge F all: 0.33 / Num. unique obs: 3541 / CC1/2: 0.96 / Net I/σ(I) all: 5.51 / % possible all: 96.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.985→42.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU R Cruickshank DPI: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.227 / SU Rfree Blow DPI: 0.18 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.171
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原子変位パラメータ | Biso max: 159.52 Å2 / Biso mean: 20.39 Å2 / Biso min: 8.55 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.985→42.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.99→2 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
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