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- PDB-7gqu: Crystal Structure of Werner helicase fragment 517-945 in covalent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7gqu
タイトルCrystal Structure of Werner helicase fragment 517-945 in covalent complex with N-[(E,1S)-1-cyclopropyl-3-methylsulfonylprop-2-enyl]-2-(1,1-difluoroethyl)-4-phenoxypyrimidine-5-carboxamide
要素Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN
キーワードHYDROLASE / HELICASE / WERNER SYNDROME / DNA REPAIR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hydrolase activity / 3'-flap-structured DNA binding / positive regulation of strand invasion / forked DNA-dependent helicase activity / telomeric G-quadruplex DNA binding / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / telomeric D-loop binding / regulation of growth rate / telomere maintenance via semi-conservative replication / t-circle formation ...positive regulation of hydrolase activity / 3'-flap-structured DNA binding / positive regulation of strand invasion / forked DNA-dependent helicase activity / telomeric G-quadruplex DNA binding / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / telomeric D-loop binding / regulation of growth rate / telomere maintenance via semi-conservative replication / t-circle formation / telomeric D-loop disassembly / DNA geometric change / Y-form DNA binding / four-way junction helicase activity / G-quadruplex DNA binding / bubble DNA binding / MutLalpha complex binding / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / protein localization to nucleolus / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / response to UV-C / exonuclease activity / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / DNA 3'-5' helicase / DNA metabolic process / 3'-5' DNA helicase activity / DNA synthesis involved in DNA repair / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / replication fork processing / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / replicative senescence / mismatch repair / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / four-way junction DNA binding / 3'-5' exonuclease activity / telomere maintenance / DNA helicase activity / cellular response to starvation / replication fork / determination of adult lifespan / cellular response to gamma radiation / double-strand break repair via homologous recombination / base-excision repair / G2/M DNA damage checkpoint / HDR through Homologous Recombination (HRR) / cellular senescence / double-strand break repair / manganese ion binding / chromosome / Processing of DNA double-strand break ends / response to oxidative stress / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / chromosome, telomeric region / DNA replication / nuclear speck / DNA damage response / centrosome / protein-containing complex binding / nucleolus / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helicase Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain ...Helicase Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / HRDC domain superfamily / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / HRDC-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Classen, M. / Benz, J. / Brugger, D. / Tagliente, O. / Rudolph, M.G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche LTD スイス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Chemoproteomic discovery of a covalent allosteric inhibitor of WRN helicase.
著者: Baltgalvis, K.A. / Lamb, K.N. / Symons, K.T. / Wu, C.C. / Hoffman, M.A. / Snead, A.N. / Song, X. / Glaza, T. / Kikuchi, S. / Green, J.C. / Rogness, D.C. / Lam, B. / Rodriguez-Aguirre, M.E. / ...著者: Baltgalvis, K.A. / Lamb, K.N. / Symons, K.T. / Wu, C.C. / Hoffman, M.A. / Snead, A.N. / Song, X. / Glaza, T. / Kikuchi, S. / Green, J.C. / Rogness, D.C. / Lam, B. / Rodriguez-Aguirre, M.E. / Woody, D.R. / Eissler, C.L. / Rodiles, S. / Negron, S.M. / Bernard, S.M. / Tran, E. / Pollock, J. / Tabatabaei, A. / Contreras, V. / Williams, H.N. / Pastuszka, M.K. / Sigler, J.J. / Pettazzoni, P. / Rudolph, M.G. / Classen, M. / Brugger, D. / Claiborne, C. / Plancher, J.M. / Cuartas, I. / Seoane, J. / Burgess, L.E. / Abraham, R.T. / Weinstein, D.S. / Simon, G.M. / Patricelli, M.P. / Kinsella, T.M.
履歴
登録2023年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1126
ポリマ－50,0651
非ポリマー1,0475
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, elutes as a monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.255, 83.802, 119.624
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN


分子量: 50064.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WRN / プラスミド: pFastBac1_hWRN(517-945)_C-H3CV-GFP-10His / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14191

-
非ポリマー , 6種, 208分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-X1L / N-[(1S)-1-cyclopropyl-3-(methanesulfonyl)propyl]-2-(1,1-difluoroethyl)-4-phenoxypyrimidine-5-carboxamide


分子量: 439.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23F2N3O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 5 mg/mL protein in 20mM TRIS/HCl pH7.5, 350mM NaCl, 0.25mM TCEP, 2.5% glycerol mixed 40nL with 180nL reservoir consisting of 20 %v/v Ethylene glycol, 11 %w/v PEG8000, 0.08M MES/NaOH pH6.2, 0.08M imidazole

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→68.64 Å / Num. obs: 69059 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.752 % / Biso Wilson estimate: 25.84 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.049 / Χ2: 0.865 / Net I/σ(I): 14.65 / Num. measured all: 466266 / Scaling rejects: 92
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.54-1.587.0482.5060.6234696507149230.3062.70397.1
1.58-1.626.9961.9850.8334126494648780.3872.14298.6
1.62-1.676.981.4061.2433056480847360.5511.51898.5
1.67-1.726.8591.0031.7731859470446450.731.08498.7
1.72-1.786.7340.7322.4230487456945270.8110.79399.1
1.78-1.846.3610.4933.4327828438743750.8930.53799.7
1.84-1.916.6310.3634.8128057425942310.9350.39499.3
1.91-1.997.0990.2716.7428856409240650.9750.29299.3
1.99-2.087.0640.1839.8927732394539260.9880.19899.5
2.08-2.186.9370.13313.1126000376437480.9930.14499.6
2.18-2.36.8220.09617.0624382358635740.9960.10499.7
2.3-2.436.6210.07920.9322683343634260.9960.08599.7
2.43-2.66.1890.06224.3619717319431860.9970.06899.7
2.6-2.816.5860.05130.8919671299629870.9980.05599.7
2.81-3.086.8750.04137.1919120278527810.9990.04499.9
3.08-3.446.750.03543.1116908251125050.9990.03899.8
3.44-3.986.5590.0347.2814738224922470.9990.03299.9
3.98-4.875.9920.02847.9511379190618990.9990.03199.6
4.87-6.896.3060.02948.219554152715150.9990.03199.2
6.89-43.146.1210.02650.3954178948850.9990.02899

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.28データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 1.54→43.14 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.39 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Covalent adduct, used two alternative ligand conformations to expain alternate Cys conformations
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2088 2836 4.92 %RANDOM
Rwork0.1795 54847 --
obs0.1809 57683 82.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.24 Å2 / Biso mean: 39.3109 Å2 / Biso min: 16.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→43.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3342 0 95 204 3641
Biso mean--29.73 39.74 -
残基数----419
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.54-1.560.230630.303891943
1.56-1.590.3232250.257141343813
1.59-1.620.316500.2862989103930
1.62-1.650.28521060.26441755186154
1.65-1.690.30091370.24942325246271
1.69-1.730.28511300.23362664279480
1.73-1.770.28431470.23023091323893
1.77-1.820.25221640.21993266343099
1.82-1.870.23371630.21653269343299
1.87-1.940.25921620.21553313347599
1.94-20.25131780.215733043482100
2-2.080.20821660.200632973463100
2.08-2.180.24871500.186833293479100
2.18-2.290.24281770.190233173494100
2.29-2.440.22541710.189733523523100
2.44-2.630.21781760.189133243500100
2.63-2.890.22581810.19233823563100
2.89-3.310.20891900.180133623552100
3.31-4.170.18091820.155934173599100
4.17-43.140.16781780.149935873765100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5214-0.5998-0.72453.17351.42292.90980.18940.28880.2352-0.4151-0.13860.0539-0.4813-0.4359-0.02910.2330.07620.03920.20650.04270.156810.657937.85656.933
22.41351.0171-1.58651.6423-0.89812.85740.067-0.2609-0.18190.0854-0.1028-0.00630.1232-0.04190.00930.18120.01040.00460.10220.00310.146-0.616818.519524.5151
33.90920.0303-0.59481.2873-0.28842.02310.03260.208-0.2492-0.186-0.1198-0.010.1285-0.01950.08210.2014-0.02050.01040.188-0.00020.17790.15819.505120.2463
43.36580.2057-0.21645.61241.74965.83080.015-0.659-0.39320.2716-0.0882-0.46280.21020.46770.04840.15520.007-0.06820.3580.14490.358316.884415.828826.647
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resid 527 through 718 ) or (resid 1001))A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resid 719 through 799 ) or (resid 1002))A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 800 through 885 )A800 - 885
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and ((resid 886 through 945 ) or (resid 1000))A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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