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万見
- PDB-7gpt: PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Enterovi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7gpt
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Enterovirus D68 3C Protease in complex with POB0026
要素Protease 3C
キーワードVIRAL PROTEIN / Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / XCE / Viral Protease / 3C
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / protein sequestering activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell ...symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / protein sequestering activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / : / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TI6 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Lithgo, R.M. / Fairhead, M. / Koekemoer, L. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Godoy, A.S. / Marples, P.G. / Ni, X. / Tomlinson, C.W.E. / Thompson, W. ...Lithgo, R.M. / Fairhead, M. / Koekemoer, L. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Godoy, A.S. / Marples, P.G. / Ni, X. / Tomlinson, C.W.E. / Thompson, W. / Wild, C. / Fearon, D. / Walsh, M.A. / von Delft, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI171399 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Crystallographic Fragment Screen of Coxsackievirus A16 2A Protease identifies new opportunities for the development of broad-spectrum anti-enterovirals.
著者: Lithgo, R.M. / Tomlinson, C.W.E. / Fairhead, M. / Winokan, M. / Thompson, W. / Wild, C. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Marples, P.G. / Chandran, A.V. / Golding, M. / Koekemoer, L. / ...著者: Lithgo, R.M. / Tomlinson, C.W.E. / Fairhead, M. / Winokan, M. / Thompson, W. / Wild, C. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Marples, P.G. / Chandran, A.V. / Golding, M. / Koekemoer, L. / Williams, E.P. / Wang, S. / Ni, X. / MacLean, E. / Giroud, C. / Godoy, A.S. / Xavier, M.A. / Walsh, M. / Fearon, D. / von Delft, F.
履歴
登録2023年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.22024年10月16日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease 3C
B: Protease 3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5374
ポリマ－40,2522
非ポリマー2852
水5,747319
1
A: Protease 3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3332
ポリマ－20,1261
非ポリマー2071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protease 3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2042
ポリマ－20,1261
非ポリマー781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.729, 62.408, 147.455
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protease 3C / Picornain 3C / P3C


分子量: 20126.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q68T42, picornain 3C
#2: 化合物 ChemComp-TI6 / [(2S,3S)-1-(methanesulfonyl)-3-methylpiperidin-2-yl]methanol


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.14 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Tris, 0.2M Ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92124 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92124 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→62.42 Å / Num. obs: 85424 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.33 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 1003546
反射 シェル解像度: 1.36→1.38 Å / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 2.261 / Num. measured all: 26537 / Num. unique obs: 3901 / CC1/2: 0.315 / Rpim(I) all: 0.927 / Rrim(I) all: 2.455 / Χ2: 0.04 / Net I/σ(I) obs: 0.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.36→57.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.488 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21572 3016 3.8 %RANDOM
Rwork0.19467 ---
obs0.19566 75985 92.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å2-0 Å20 Å2
2--0.58 Å2-0 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.36→57.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2808 0 17 319 3144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0133283
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7061.6444273
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3831.5966726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4825414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.04521.534163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.29115508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0991523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023695
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02755
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4762.3571668
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4642.3371655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7333.4992020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7393.5012021
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.932.8681615
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9292.8691616
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.4034.1042254
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.31229.0043272
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.27628.5163205
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.36→1.396 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.408 2182 -
Rfree-0 -
obs--34.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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