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- PDB-7g9y: PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Zika vir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7g9y
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Zika virus NS3 Helicase in complex with Z2678251369
要素Serine protease NS3
キーワードVIRAL PROTEIN / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell nucleus / GTP binding / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / : / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Chem-ZV8 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Godoy, A.S. / Noske, G.D. / Fairhead, M. / Lithgo, R.M. / Koekemoer, L. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Marples, P.G. / Ni, X. / Tomlinson, C.W.E. ...Godoy, A.S. / Noske, G.D. / Fairhead, M. / Lithgo, R.M. / Koekemoer, L. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Marples, P.G. / Ni, X. / Tomlinson, C.W.E. / Wild, C. / Mesquita, N.C.M.R. / Oliva, G. / Fearon, D. / Walsh, M.A. / von Delft, F.
資金援助 米国, ブラジル, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI171399 米国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2013/07600-3 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis group deposition
著者: Godoy, A.S. / Noske, G.D. / Fairhead, M. / Lithgo, R.M. / Koekemoer, L. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Marples, P.G. / Ni, X. / Tomlinson, C.W.E. / Wild, C. / Mesquita, N.C.M.R. / ...著者: Godoy, A.S. / Noske, G.D. / Fairhead, M. / Lithgo, R.M. / Koekemoer, L. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Marples, P.G. / Ni, X. / Tomlinson, C.W.E. / Wild, C. / Mesquita, N.C.M.R. / Oliva, G. / Fearon, D. / Walsh, M.A. / von Delft, F.
履歴
登録2023年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease NS3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4045
ポリマ－48,9501
非ポリマー4544
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.859, 69.668, 57.581
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serine protease NS3 / Flavivirin protease NS3 catalytic subunit / Non-structural protein 3


分子量: 48950.008 Da / 分子数: 1 / 断片: HELICASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q32ZE1, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase

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非ポリマー , 5種, 334分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-ZV8 / 2-tert-butyl-5,6,7,8-tetrahydropyrido[4,3-d]pyrimidine


分子量: 191.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.19 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.12 M NPS Mix (0.3 M Sodium phosphate dibasic dihydrate, 0.3 M Ammonium sulphate and 0.3 M Sodium nitrate - Molecular Dimensions), 0.1 M MES/Imidazole pH 6.5 (Molecular Dimensions) and 33% ...詳細: 0.12 M NPS Mix (0.3 M Sodium phosphate dibasic dihydrate, 0.3 M Ammonium sulphate and 0.3 M Sodium nitrate - Molecular Dimensions), 0.1 M MES/Imidazole pH 6.5 (Molecular Dimensions) and 33% Precipitant Mix 4 (11% MPD, 11% PEG 1,000 e 11% PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92124 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92124 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→57.53 Å / Num. obs: 37568 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 261930 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.83-1.877.22.3751593822140.3640.9452.5590.395.4
8.96-57.535.90.05320033420.9850.0240.05946.499.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.4 (17-FEB-2023)精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5RHY

5rhy


解像度: 1.83→15.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU R Cruickshank DPI: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.161 / SU Rfree Blow DPI: 0.144 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.142
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2418 1708 4.62 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.2047 36990 98.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 103.96 Å2 / Biso mean: 41.77 Å2 / Biso min: 22.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.4509 Å20 Å215.7667 Å2
2--4.5354 Å20 Å2
3----7.9864 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→15.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3433 0 30 330 3793
Biso mean--51.07 51.99 -
残基数----435
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1273SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes606HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3548HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion468SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2984SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3563HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4828HARMONIC20.91
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.58
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.85 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3959 35 4.73 %
Rwork0.3846 705 -
all-740 -
obs--69.34 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.4699 Å / Origin y: 1.2406 Å / Origin z: -20.7485 Å
111213212223313233
T0.055 Å2-0.0089 Å20.1529 Å2-0.0089 Å2-0.0077 Å2---0.1065 Å2
L0.0983 °2-0.1292 °20.0265 °2-0.6216 °2-0.0427 °2--0.045 °2
S0.0325 Å °0.0119 Å °0.0408 Å °0.0428 Å °-0.0181 Å °-0.0311 Å °0.034 Å °0.0085 Å °-0.0144 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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