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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7g9b | ||||||
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タイトル | ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with PCM-0102116-001 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() asymmetric neuroblast division / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / aortic valve formation / alpha-beta T cell lineage commitment / mitotic cleavage furrow formation / bone trabecula morphogenesis / positive regulation of lipase activity / endothelial tube lumen extension / skeletal muscle satellite cell migration / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction ...asymmetric neuroblast division / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / aortic valve formation / alpha-beta T cell lineage commitment / mitotic cleavage furrow formation / bone trabecula morphogenesis / positive regulation of lipase activity / endothelial tube lumen extension / skeletal muscle satellite cell migration / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction / angiotensin-mediated vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity / RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / Roundabout signaling pathway / cellular response to muramyl dipeptide / negative regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / regulation of neural precursor cell proliferation / cleavage furrow formation / positive regulation of neuron migration / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of osteoblast proliferation / forebrain radial glial cell differentiation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition 著者: Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 188.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 154.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002269 (56エントリ) |
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タイトル | ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | XDomainX of XOrganismX RHOA screened against the XXX Fragment Library by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8bntS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 20925.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28644.150 Da / 分子数: 1 / Mutation: None / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 240分子 ![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/ZG0.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/ZG0.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-FMT / ![]() #5: 化合物 | ChemComp-ZG0 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.31 % / Mosaicity: 0.17 ° |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris, 2.6M sodium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月2日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.55→66.58 Å / Num. obs: 17061 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.9 % / Biso Wilson estimate: 60.9 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 1.107 / Rpim(I) all: 0.27 / Rrim(I) all: 1.14 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 287818 / Scaling rejects: 209 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 8BNT 解像度: 2.553→24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU R Cruickshank DPI: 0.761 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 3.254 / SU Rfree Blow DPI: 0.373 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.36
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原子変位パラメータ | Biso max: 114.89 Å2 / Biso mean: 62.63 Å2 / Biso min: 15.65 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.553→24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.58 Å / Total num. of bins used: 43
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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