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万見
- PDB-7g96: ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7g96
タイトルARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1203730981
要素
  • Rho guanine nucleotide exchange factor 2
  • Transforming protein RhoA
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer
機能・相同性
機能・相同性情報


asymmetric neuroblast division / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / aortic valve formation / alpha-beta T cell lineage commitment / mitotic cleavage furrow formation / bone trabecula morphogenesis / positive regulation of lipase activity / endothelial tube lumen extension / skeletal muscle satellite cell migration / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction ...asymmetric neuroblast division / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / aortic valve formation / alpha-beta T cell lineage commitment / mitotic cleavage furrow formation / bone trabecula morphogenesis / positive regulation of lipase activity / endothelial tube lumen extension / skeletal muscle satellite cell migration / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction / angiotensin-mediated vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity / RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / Roundabout signaling pathway / cellular response to muramyl dipeptide / negative regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / regulation of neural precursor cell proliferation / cleavage furrow formation / positive regulation of neuron migration / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of osteoblast proliferation / forebrain radial glial cell differentiation / cell junction assembly / negative regulation of microtubule depolymerization / apical junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to chemokine / negative regulation of cell size / beta selection / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / regulation of modification of postsynaptic structure / negative regulation of necroptotic process / cellular hyperosmotic response / RHO GTPases Activate ROCKs / negative regulation of oxidative phosphorylation / negative regulation of motor neuron apoptotic process / RHO GTPases activate CIT / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / PCP/CE pathway / RHO GTPases activate KTN1 / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of podosome assembly / negative regulation of cell-substrate adhesion / regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / ossification involved in bone maturation / odontogenesis / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / motor neuron apoptotic process / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / PI3K/AKT activation / wound healing, spreading of cells / apical junction complex / regulation of neuron projection development / regulation of focal adhesion assembly / negative chemotaxis / RHOB GTPase cycle / myosin binding / EPHA-mediated growth cone collapse / NRAGE signals death through JNK / stress fiber assembly / RHOC GTPase cycle / positive regulation of cytokinesis / cerebral cortex cell migration / androgen receptor signaling pathway / cellular response to cytokine stimulus / ERBB2 Regulates Cell Motility / cleavage furrow / semaphorin-plexin signaling pathway / Rho protein signal transduction / ficolin-1-rich granule membrane / mitotic spindle assembly / RHOA GTPase cycle / endothelial cell migration / bicellular tight junction / positive regulation of T cell migration / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / regulation of microtubule cytoskeleton organization / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cytoplasmic microtubule organization / skeletal muscle tissue development / RHO GTPases activate PKNs / regulation of cell migration / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / EPHB-mediated forward signaling / substantia nigra development / positive regulation of neuron differentiation / substrate adhesion-dependent cell spreading / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell-matrix adhesion / small monomeric GTPase / secretory granule membrane / G protein activity
類似検索 - 分子機能
ARHGEF2, PH domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. ...ARHGEF2, PH domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / 2-bromo-1H-imidazole / Transforming protein RhoA / Rho guanine nucleotide exchange factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)5U54AG065187-03 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition
著者: Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E.
履歴
登録2023年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming protein RhoA
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,51316
ポリマ－49,5702
非ポリマー94314
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area20610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.720, 70.720, 196.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-503-

FMT

21B-503-

FMT

31B-506-

FMT

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transforming protein RhoA / Rho cDNA clone 12 / h12


分子量: 20925.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHOA, ARH12, ARHA, RHO12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61586, small monomeric GTPase
#2: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 2 / Guanine nucleotide exchange factor H1 / GEF-H1 / Microtubule-regulated Rho-GEF / Proliferating cell ...Guanine nucleotide exchange factor H1 / GEF-H1 / Microtubule-regulated Rho-GEF / Proliferating cell nucleolar antigen p40


分子量: 28644.150 Da / 分子数: 1 / Mutation: None / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGEF2, KIAA0651, LFP40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92974

-
非ポリマー , 4種, 72分子

#3: 化合物 ChemComp-ZCI / 2-bromo-1H-imidazole / 2-ブロモ-1H-イミダゾ-ル


分子量: 146.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H3BrN2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.25 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris, 2.6M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: DIAMOND / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92124 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92124 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→70.72 Å / Num. obs: 28461 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.507 / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.517 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 740463 / Scaling rejects: 14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible allRmerge(I) obs
2.14-2.227.35588320470.3872.88215.1370.399.9
9.57-70.7217.271314140.9970.0220.09420.499.60.092

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0415精密化
Aimless0.7.9データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 8BNT

8bnt


解像度: 2.3→66.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 15.006 / SU ML: 0.309 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.328 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2657 1168 5.1 %RANDOM
Rwork0.1979 ---
obs0.2013 21847 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 159.6 Å2 / Biso mean: 62.977 Å2 / Biso min: 34.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.18 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.18 Å2-0 Å2
3----6.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→66.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3410 0 50 59 3519
Biso mean--71.33 53.51 -
残基数----422
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0123662
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.351.6624954
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4541.5818241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1855468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.56531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.24310707
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.8816.0011743
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.8816.0021744
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.0310.7782188
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 73 -
Rwork0.409 1608 -
all-1681 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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