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万見
- PDB-7g8y: ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7g8y
タイトルARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1449748885
要素
  • Rho guanine nucleotide exchange factor 2
  • Transforming protein RhoA
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer
機能・相同性
機能・相同性情報


asymmetric neuroblast division / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / alpha-beta T cell lineage commitment / aortic valve formation / mitotic cleavage furrow formation / positive regulation of lipase activity / bone trabecula morphogenesis / endothelial tube lumen extension / skeletal muscle satellite cell migration / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction ...asymmetric neuroblast division / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / alpha-beta T cell lineage commitment / aortic valve formation / mitotic cleavage furrow formation / positive regulation of lipase activity / bone trabecula morphogenesis / endothelial tube lumen extension / skeletal muscle satellite cell migration / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction / angiotensin-mediated vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / regulation of osteoblast proliferation / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity / RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / Roundabout signaling pathway / negative regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to muramyl dipeptide / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / regulation of neural precursor cell proliferation / cleavage furrow formation / positive regulation of neuron migration / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / forebrain radial glial cell differentiation / negative regulation of microtubule depolymerization / cell junction assembly / apical junction assembly / regulation of Rho protein signal transduction / cellular response to chemokine / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / beta selection / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / negative regulation of cell size / negative regulation of necroptotic process / RHO GTPases Activate ROCKs / regulation of modification of postsynaptic structure / negative regulation of oxidative phosphorylation / cellular hyperosmotic response / negative regulation of motor neuron apoptotic process / RHO GTPases activate CIT / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / RHO GTPases activate KTN1 / odontogenesis / PCP/CE pathway / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of podosome assembly / regulation of small GTPase mediated signal transduction / negative regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / motor neuron apoptotic process / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / PI3K/AKT activation / wound healing, spreading of cells / apical junction complex / ossification involved in bone maturation / regulation of focal adhesion assembly / negative chemotaxis / NRAGE signals death through JNK / RHOB GTPase cycle / myosin binding / EPHA-mediated growth cone collapse / stress fiber assembly / positive regulation of cytokinesis / regulation of neuron projection development / RHOC GTPase cycle / cellular response to cytokine stimulus / androgen receptor signaling pathway / cerebral cortex cell migration / ERBB2 Regulates Cell Motility / cleavage furrow / Rho protein signal transduction / semaphorin-plexin signaling pathway / ficolin-1-rich granule membrane / mitotic spindle assembly / endothelial cell migration / RHOA GTPase cycle / bicellular tight junction / positive regulation of T cell migration / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / regulation of microtubule cytoskeleton organization / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cytoplasmic microtubule organization / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / RHO GTPases activate PKNs / skeletal muscle tissue development / GPVI-mediated activation cascade / positive regulation of stress fiber assembly / EPHB-mediated forward signaling / substantia nigra development / positive regulation of neuron differentiation / regulation of cell migration / cell-matrix adhesion / substrate adhesion-dependent cell spreading / secretory granule membrane / small monomeric GTPase / kidney development / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition)
類似検索 - 分子機能
ARHGEF2, PH domain / : / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain ...ARHGEF2, PH domain / : / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / N-(4-methoxyphenyl)glycinamide / Transforming protein RhoA / Rho guanine nucleotide exchange factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)5U54AG065187-03 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition
著者: Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E.
履歴
登録2023年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming protein RhoA
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,78522
ポリマ－49,5702
非ポリマー1,21520
水6,197344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area21040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.029, 71.029, 196.454
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-505-

FMT

21B-512-

FMT

31A-422-

HOH

41B-782-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transforming protein RhoA / Rho cDNA clone 12 / h12


分子量: 20925.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHOA, ARH12, ARHA, RHO12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61586, small monomeric GTPase
#2: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 2 / Guanine nucleotide exchange factor H1 / GEF-H1 / Microtubule-regulated Rho-GEF / Proliferating cell ...Guanine nucleotide exchange factor H1 / GEF-H1 / Microtubule-regulated Rho-GEF / Proliferating cell nucleolar antigen p40


分子量: 28644.150 Da / 分子数: 1 / Mutation: None / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGEF2, KIAA0651, LFP40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92974

-
非ポリマー , 4種, 364分子

#3: 化合物 ChemComp-WZY / N-(4-methoxyphenyl)glycinamide


分子量: 180.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris, 2.6M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92124 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92124 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→32.75 Å / Num. obs: 51686 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 26.6 % / Biso Wilson estimate: 28.87 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.305 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.311 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 1376604 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.75-1.7827.35.8887644428030.3771.1355.9980.599.2
9.09-32.7519.20.0688164590.9980.0140.06240.698.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.4 (17-FEB-2023)精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 8BNT

8bnt


解像度: 1.75→25.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU R Cruickshank DPI: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.121 / SU Rfree Blow DPI: 0.113 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.108
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2221 2557 4.96 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.1934 51601 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 85.19 Å2 / Biso mean: 32.23 Å2 / Biso min: 14.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.9256 Å20 Å20 Å2
2---4.9256 Å20 Å2
3---9.8512 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→25.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3422 0 75 344 3841
Biso mean--53.94 43.06 -
残基数----423
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1429SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes670HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3779HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion487SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3297SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3779HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5114HARMONIC20.9
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.86
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.76 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3732 55 5.32 %
Rwork0.3554 978 -
all-1033 -
obs--98.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4137-0.15440.72530.1775-0.40591.5538-0.0379-0.01680.0269-0.0183-0.0040.0023-0.07940.0610.0419-0.0378-0.0127-0.0038-0.0486-0.00440.027910.2741-29.511711.1445
20.1724-0.0671-0.07220.3680.14910.4486-0.0148-0.003-0.0181-0.00360.0345-0.00460.01460.0288-0.0198-0.0506-0.0082-0.0047-0.02160.00260.035415.3399-41.06532.4819
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A3 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B204 - 448

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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