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万見
- PDB-7g3v: Crystal Structure of rat Autotaxin in complex with 5-tert-butyl-2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7g3v
タイトルCrystal Structure of rat Autotaxin in complex with 5-tert-butyl-2-chloro-4-[[5-(6-methoxypyrimidin-4-yl)-1-methylimidazol-2-yl]methoxy]benzonitrile, i.e. SMILES c1c(c(cc(c1C(C)(C)C)OCC1=NC=C(N1C)c1cc(ncn1)OC)Cl)C#N with IC50=0.0417382 microM
要素Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
キーワードHYDROLASE / LYSOPHOSPHATIDIC ACID / LPA / LYSOPHOSPHATIDYLCHOLINE / LPC / SOMATOMEDIN / METASTASIS / NEUROPATHIC PAIN / VASCULAR DEVELOPMENT / NEURAL DEVELOPMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / phospholipase D activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / phosphodiesterase I activity / phosphatidylcholine lysophospholipase activity ...response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / phospholipase D activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / phosphodiesterase I activity / phosphatidylcholine lysophospholipase activity / scavenger receptor activity / cellular response to cadmium ion / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / polysaccharide binding / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of epithelial cell migration / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly / estrous cycle / phospholipid metabolic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / cell chemotaxis / cellular response to estradiol stimulus / nucleic acid binding / immune response / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / extracellular space / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A ...Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / : / Autotaxin
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Stihle, M. / Benz, J. / Hunziker, D. / Green, L. / Rudolph, M.G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche LTD スイス
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a rat Autotaxin complex
著者: Hunziker, D. / Joachim, S.C. / Ullmer, C. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2023年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,57411
ポリマ－97,3431
非ポリマー2,23110
水10,827601
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, elutes as a monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.309, 92.075, 120.892
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD


分子量: 97343.305 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-862 / 変異: N53A, N410A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Atx, Npps2 / プラスミド: pcDNA3.1(-)_neo_rAtx(1-862_N53A:N410A) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK 293-F
参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-2DManpa1-3]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_g2-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 8種, 610分子

#3: 化合物 ChemComp-YNI / 5-tert-butyl-2-chloro-4-{[(5M)-5-(6-methoxypyrimidin-4-yl)-1-methyl-1H-imidazol-2-yl]methoxy}benzonitrile


分子量: 411.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22ClN5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 15.3 mg/mL protein in 20mM BICINE/NaOH pH8.5, 150mM NaCl, 0.02% NaN3 mixed 50-70% with 50-30% reservoir consisting of 11-17% PEG3350, 0.1M Na-acetate pH4.5, 0.2M Ca-acetate, total volume 200nL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→73.25 Å / Num. obs: 96508 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.171 % / Biso Wilson estimate: 36.948 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rrim(I) all: 0.197 / Χ2: 0.792 / Net I/σ(I): 6.64 / Num. measured all: 692095 / Scaling rejects: 24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.74-1.797.5262.870.6952792710770150.2783.07798.7
1.79-1.837.4632.1970.9951106692068480.4422.35799
1.83-1.897.3581.7851.2949239675166920.5341.91799.1
1.89-1.957.0141.3641.6945341651264640.6181.47199.3
1.95-2.017.1231.0052.4745077637363280.7741.08299.3
2.01-2.087.4950.7633.3945661613360920.8740.81899.3
2.08-2.167.3760.5814.343600595559110.9160.62499.3
2.16-2.257.1520.4535.1240588570156750.9430.48899.5
2.25-2.356.7430.3645.9936945550554790.9490.39599.5
2.35-2.466.9430.2827.2936229523852180.9740.30599.6
2.46-2.597.2960.2378.5336603503050170.9810.25599.7
2.59-2.757.2220.29.9234126473847250.9740.21699.7
2.75-2.947.0850.17411.3231607447544610.9840.18799.7
2.94-3.186.7530.15612.3128081417841580.9770.1799.5
3.18-3.487.4180.13514.5128530386038460.9890.14599.6
3.48-3.897.1250.12115.524988350935070.9820.13199.9
3.89-4.496.6070.10715.6620468310830980.9840.11799.7
4.49-5.57.150.10616.5518998266426570.9880.11599.7
5.5-7.786.9340.10916.1214561210321000.9850.11899.9
7.78-73.256.2080.11416.247555123612170.9880.12598.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.28データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 1.74→73.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.504 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: methoxy methyl has close contact to protein. chlorine atom not radiolyzed, as is in other ligands.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2429 3928 4.9 %RANDOM
Rwork0.1944 ---
obs0.1968 75842 81.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 140.89 Å2 / Biso mean: 27.357 Å2 / Biso min: 7.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→73.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6491 0 141 601 7233
Biso mean--45.54 29.46 -
残基数----804
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0146905
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175932
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9381.6949402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0651.65714005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg24.2585.652867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.48121.44361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.486151105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4881547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.028629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2422.5723242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2412.5713239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7533.8294051
LS精密化 シェル解像度: 1.738→1.783 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 9 -
Rwork0.346 295 -
all-304 -
obs--4.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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