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- PDB-7fzq: Crystal Structure of human FABP3 in complex with myristate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fzq
タイトルCrystal Structure of human FABP3 in complex with myristate
要素Fatty acid-binding protein, heart
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / FATTY ACID BINDING PROTEIN / CYTOPLASM / LIPID-BINDING / TRANSPORT / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


icosatetraenoic acid binding / positive regulation of long-chain fatty acid import into cell / regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / regulation of fatty acid oxidation / oleic acid binding / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular lipid transport / response to fatty acid / phospholipid homeostasis / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity ...icosatetraenoic acid binding / positive regulation of long-chain fatty acid import into cell / regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / regulation of fatty acid oxidation / oleic acid binding / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular lipid transport / response to fatty acid / phospholipid homeostasis / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / sarcoplasm / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / cytoskeletal protein binding / cholesterol homeostasis / fatty acid metabolic process / response to insulin / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / NICKEL (II) ION / Fatty acid-binding protein, heart
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.597 Å
データ登録者Ehler, A. / Benz, J. / Obst, U. / Rudolph, M.G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche LTD スイス
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2025
タイトル: A high-resolution data set of fatty acid-binding protein structures. III. Unexpectedly high occurrence of wrong ligands.
著者: Ehler, A. / Bartelmus, C. / Benz, J. / Plitzko, I. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2023年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22025年8月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, heart
B: Fatty acid-binding protein, heart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6685
ポリマ－30,3232
非ポリマー3463
水4,107228
1
A: Fatty acid-binding protein, heart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4483
ポリマ－15,1611
非ポリマー2872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fatty acid-binding protein, heart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2202
ポリマ－15,1611
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.852, 29.864, 81.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, heart / Fatty acid-binding protein 3 / Heart-type fatty acid-binding protein / H-FABP / Mammary-derived ...Fatty acid-binding protein 3 / Heart-type fatty acid-binding protein / H-FABP / Mammary-derived growth inhibitor / MDGI / Muscle fatty acid-binding protein / M-FABP


分子量: 15161.298 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP3, FABP11, MDGI / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P05413
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: protein in 25mM Tris/HCl pH 7.5 100mM NaCl, see also PMID 27658368

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.597→35.45 Å / Num. obs: 36682 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.267 % / Biso Wilson estimate: 14.45 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 0.915 / Net I/σ(I): 8.53 / Num. measured all: 99576 / Scaling rejects: 77
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.597-1.742.9940.5871.716317226721100.7490.70993.1
1.74-1.793.1950.4822.146940218121720.8450.57999.6
1.79-1.843.4340.3972.737414216521590.8750.4799.7
1.84-1.93.4140.4382.57047207920640.890.51999.3
1.9-1.963.4080.3143.936769201819860.9070.37298.4
1.96-2.033.3180.2284.736436195619400.9540.27299.2
2.03-2.13.1540.1965.625898188718700.9510.23699.1
2.1-2.193.3290.1766.296128184918410.9630.2199.6
2.19-2.293.3830.1816.775808175017170.9580.21598.1
2.29-2.43.4070.1428.045598165716430.9730.16999.2
2.4-2.533.320.111105316161416010.9810.13399.2
2.53-2.683.1320.09311.454663150514890.9840.11298.9
2.68-2.873.260.08413.174567141814010.9860.10198.8
2.87-3.13.3660.067164437134013180.9920.0898.4
3.1-3.393.2670.05418.783976124312170.9940.06597.9
3.39-3.793.0570.05518.423332111410900.9940.06797.8
3.79-4.383.0350.04420.69299610099870.9960.05297.8
4.38-5.373.3250.0423.1227438408250.9970.04798.2
5.37-7.593.0150.04219.8520146796680.9950.05198.4
7.59-35.4453.0890.03322.611773973810.9980.03996

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 1.597→35.445 Å / FOM work R set: 0.7347 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.63 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: only one molecule in a.u. has fatty acid bound, the other is empty
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2935 1719 5.1 %RANDOM
Rwork0.2516 31964 --
obs0.2538 33683 91.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.905 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 77.56 Å2 / Biso mean: 20.7 Å2 / Biso min: 6.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.8823 Å2-0 Å2-3.3397 Å2
2---1.6841 Å20 Å2
3---7.5663 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.597→35.445 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2114 0 18 228 2360
Biso mean--25.3 25.39 -
残基数----269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072167
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0122920
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.751801
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5973-1.64430.39481320.36232265239779
1.6443-1.69730.39351460.32992361250783
1.6973-1.7580.361370.30322505264286
1.758-1.82840.36251430.28592526266989
1.8284-1.91160.33081070.27992444255184
1.9116-2.01240.33011290.28332664279391
2.0124-2.13840.3391250.26172802292796
2.1384-2.30350.33111520.27592680283292
2.3035-2.53530.28921600.24922846300698
2.5353-2.9020.28961600.24032889304999
2.902-3.65560.28531490.23482953310299
3.6556-35.45410.22061790.210630293208100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3438-0.27020.27880.2451-0.15380.352-0.00860.0065-0.01760.0044-0.05130.0170.01760.04150.04210.0703-0.0032-0.01380.08380.01180.0851-18.53120.92620.3288
20.9237-0.26270.14770.19740.06240.2344-0.02470.0917-0.1424-0.0189-0.0190.0467-0.0410.06040.03250.0809-0.0079-0.00870.0790.0160.0956-2.9227-6.581132.3021
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA-2 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB-3 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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