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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fyw | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of apo mouse FABP5, twinned in P21 with beta=90deg | ||||||
![]() | Fatty acid-binding protein 5 | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / FATTY ACID BINDING PROTEIN / CYTOPLASM / LIPID-BINDING / TRANSPORT / PROTEIN BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() Signaling by Retinoic Acid / regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / Triglyceride catabolism / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process ...Signaling by Retinoic Acid / regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / Triglyceride catabolism / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process / retinoic acid binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / postsynaptic cytosol / fatty acid transport / postsynaptic density, intracellular component / Neutrophil degranulation / fatty acid binding / lipid metabolic process / glucose metabolic process / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / postsynaptic density / glutamatergic synapse / synapse / extracellular space / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ehler, A. / Benz, J. / Obst, U. / Rudolph, M.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of apo mouse FABP5 著者: Obst, U. / Magnone, C. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 228.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 186.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002264 (222エントリ) |
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タイトル | To be published |
タイプ | undefined |
解説 | A set of fabp crystal structures |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15440.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-K / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: protein in 25mM Tris/HCl pH 7.5 100mM NaCl, see also PMID 27658368 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月9日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.473 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.83→42.98 Å / Num. obs: 25292 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.36 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.09 / Rsym value: 0.083 / Χ2: 0.872 / Net I/σ(I): 10.02 / Num. measured all: 167736 / Scaling rejects: 26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: inhouse model 解像度: 1.81→42.977 Å / FOM work R set: 0.7319 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.02 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F 詳細: beautiful example of almost perfectly merohedrally twinned monoclinic form with beta=90deg, emulating orthorhombic symmetry. molecular replacement in 2mmm clashes for all space groups. pseudo- ...詳細: beautiful example of almost perfectly merohedrally twinned monoclinic form with beta=90deg, emulating orthorhombic symmetry. molecular replacement in 2mmm clashes for all space groups. pseudo-translation and anisotropy mask twinning statistics. effective resolution about 2.2A. extra residues at N-terminus engage in intermolecular beta-sheet to form non-native dimer.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.29 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 158.28 Å2 / Biso mean: 46.76 Å2 / Biso min: 17.27 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.81→42.977 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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