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- PDB-7fyw: Crystal Structure of apo mouse FABP5, twinned in P21 with beta=90deg -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fyw
タイトルCrystal Structure of apo mouse FABP5, twinned in P21 with beta=90deg
要素Fatty acid-binding protein 5
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / FATTY ACID BINDING PROTEIN / CYTOPLASM / LIPID-BINDING / TRANSPORT / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by Retinoic Acid / regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / Triglyceride catabolism / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process ...Signaling by Retinoic Acid / regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / Triglyceride catabolism / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process / retinoic acid binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / postsynaptic cytosol / fatty acid transport / postsynaptic density, intracellular component / Neutrophil degranulation / fatty acid binding / lipid metabolic process / glucose metabolic process / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / postsynaptic density / glutamatergic synapse / synapse / extracellular space / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Fatty acid-binding protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Ehler, A. / Benz, J. / Obst, U. / Rudolph, M.G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号
F. Hoffmann-La Roche LTD スイス
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of apo mouse FABP5
著者: Obst, U. / Magnone, C. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2023年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein 5
B: Fatty acid-binding protein 5
C: Fatty acid-binding protein 5
D: Fatty acid-binding protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8025
ポリマ-61,7634
非ポリマー391
2,288127
1
A: Fatty acid-binding protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4802
ポリマ-15,4411
非ポリマー391
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fatty acid-binding protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4411
ポリマ-15,4411
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Fatty acid-binding protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4411
ポリマ-15,4411
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Fatty acid-binding protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4411
ポリマ-15,4411
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.625, 75.128, 61.805
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Fatty acid-binding protein 5 / Epidermal-type fatty acid-binding protein / E-FABP / Fatty acid-binding protein / epidermal / ...Epidermal-type fatty acid-binding protein / E-FABP / Fatty acid-binding protein / epidermal / Keratinocyte lipid-binding protein / Psoriasis-associated fatty acid-binding protein homolog / PA-FABP


分子量: 15440.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fabp5, Fabpe, Klbp, Mal1 / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05816
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: protein in 25mM Tris/HCl pH 7.5 100mM NaCl, see also PMID 27658368

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.473
反射解像度: 1.83→42.98 Å / Num. obs: 25292 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.36 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.09 / Rsym value: 0.083 / Χ2: 0.872 / Net I/σ(I): 10.02 / Num. measured all: 167736 / Scaling rejects: 26
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.81-1.866.2591.4491.2911792189618840.6891.58199.4
1.86-1.916.3981.0251.8711893187518590.751.11699.1
1.91-1.966.6210.7882.6412011182618140.8520.85699.3
1.96-2.026.7940.5083.7711835175017420.940.55199.5
2.02-2.096.60.4124.6311319172617150.9520.44899.4
2.09-2.166.5390.3155.7810744165416430.9690.34399.3
2.16-2.256.2610.2566.8610049161216050.9760.27999.6
2.25-2.346.390.2018.619751153315260.9870.2299.5
2.34-2.446.7410.1610.5410031149114880.9920.17499.8
2.44-2.566.6870.13312.479382140714030.9930.14599.7
2.56-2.76.4920.11214.128913137613730.9950.12299.8
2.7-2.866.1390.09916.037926129312910.9930.10999.8
2.86-3.066.2730.08318.987490119811940.9960.0999.7
3.06-3.36.5420.07121.887478114511430.9970.07799.8
3.3-3.626.330.06224.286659105310520.9970.06799.9
3.62-4.055.9090.05924.357029669650.9970.06599.9
4.05-4.675.7910.05425.2648768478420.9970.05999.4
4.67-5.726.2670.04926.2546317427390.9980.05499.6
5.72-8.095.6920.05224.5733075835810.9960.05799.7
8.09-42.9775.5630.0424.8719473563500.9980.04598.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_728精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 1.81→42.977 Å / FOM work R set: 0.7319 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.02 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: beautiful example of almost perfectly merohedrally twinned monoclinic form with beta=90deg, emulating orthorhombic symmetry. molecular replacement in 2mmm clashes for all space groups. pseudo- ...詳細: beautiful example of almost perfectly merohedrally twinned monoclinic form with beta=90deg, emulating orthorhombic symmetry. molecular replacement in 2mmm clashes for all space groups. pseudo-translation and anisotropy mask twinning statistics. effective resolution about 2.2A. extra residues at N-terminus engage in intermolecular beta-sheet to form non-native dimer.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2514 2506 5.17 %RANDOM
Rwork0.2059 45997 --
obs0.208 48458 97.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.29 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 158.28 Å2 / Biso mean: 46.76 Å2 / Biso min: 17.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.4695 Å20 Å20.3241 Å2
2--7.3693 Å2-0 Å2
3----0.8998 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.81→42.977 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4244 0 1 127 4372
Biso mean--41.4 31.75 -
残基数----548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134298
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9525761
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003728
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7291616
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8101-1.8470.37871470.39632624277191
1.847-1.88720.36491520.38952637278990
1.8872-1.93110.44961290.39832669279890
1.9311-1.97940.33061300.32282651278192
1.9794-2.03290.37781410.31572704284592
2.0329-2.09270.32321290.3182610273991
2.0927-2.16020.29691340.29322728286293
2.1602-2.23740.3211530.29612717287093
2.2374-2.3270.321420.28852649279191
2.327-2.43290.31731350.27182739287494
2.4329-2.56110.34431640.2562709287392
2.5611-2.72160.25391300.25462717284793
2.7216-2.93160.28071540.22872743289793
2.9316-3.22650.25661490.19962736288594
3.2265-3.6930.21321550.14932763291893
3.693-4.65150.1811510.11442769292094
4.6515-37.57210.21841540.15452832298694
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.08090.37550.37652.43080.04772.3536-0.26440.5054-0.18210.14740.0777-0.1105-0.11330.05830.17910.0717-0.00130.00890.34070.01160.209117.6505-1.309921.6792
21.7286-0.52332.02980.8421-0.4713.7508-0.1571-0.18470.02920.2122-0.1068-0.1611-0.11590.0269-0.63640.1415-0.1311-0.04130.78990.09960.17227.3069-3.251420.8437
31.08550.8573-1.15276.19350.951.8510.3477-0.7456-0.4416-0.29570.02310.00760.1247-0.7176-0.23290.173-0.087-0.00230.6531-0.07840.232421.24410.1428.5618
43.84521.52682.32370.90920.8131.4452-0.1229-0.3075-0.04260.0521-0.32470.21130.0648-0.1060.12690.1913-0.1256-0.00830.7676-0.04090.286527.1495-3.667211.389
53.8108-2.39252.72593.4039-1.9333.73970.10781.3306-0.484-0.0452-0.2830.07320.47220.14210.17720.2494-0.0139-0.02840.5431-0.07640.344817.863-10.63719.5313
64.1567-0.40780.37285.6248-1.22453.807-0.05390.286-0.66710.18410.2243-0.27240.4314-0.5446-0.11650.1703-0.0294-0.03340.3525-0.10130.272613.5608-8.899616.6127
72.95762.0407-1.37327.3249-2.01412.97750.22790.2577-0.1020.8391-0.00210.1521-0.03680.0056-0.20360.33070.0222-0.05420.3696-0.06230.211716.2695-1.744423.8798
83.05950.2758-0.36911.5169-0.18255.53120.2243-0.5721-0.55640.40240.008-0.23630.2582-0.3939-0.20230.2295-0.016-0.08560.35580.06730.304227.311-5.774149.8536
96.84691.6396-2.51061.5012-1.52812.20790.1864-0.52070.8710.3860.15460.2259-0.3166-0.6917-0.16620.28780.17510.00290.8632-0.17740.329515.238212.304857.7317
104.4757-1.0226-1.08413.0132-0.00311.1214-0.1835-0.52090.0980.1070.18190.0955-0.05820.6215-0.00610.1586-0.0212-0.03340.4727-0.01540.183617.66750.280742.5494
113.04550.2062-0.05553.45740.94772.8984-0.2203-0.22660.75750.1621-0.00350.148-0.3804-0.01860.21340.1747-0.0521-0.04060.2512-0.11450.257926.11629.977343.7026
122.6581.7483-0.19543.4674-0.31993.0310.1-0.71260.11950.7018-0.0781-0.5663-0.05130.1247-0.03940.27670.0744-0.07410.3502-0.11650.20325.44282.044554.7892
134.51321.15690.47861.5757-0.46492.6164-0.2531-0.30190.6188-0.16640.12170.0572-0.4446-0.14660.15670.17690.0264-0.02690.2975-0.01410.347-2.50025.170937.0587
142.02520.92460.90130.57630.07221.14680.0170.1428-0.2534-0.28620.2302-0.06410.11180.0759-0.12810.6117-0.1865-0.24510.317-0.04610.5333-10.873-14.522729.4279
158.32781.54954.44952.07170.23056.60480.0331-0.6696-0.16330.64610.0892-0.32430.4684-0.1498-0.19770.31730.0649-0.02230.76550.03720.3537-19.2276-11.655628.0449
160.5770.6731-0.79653.68510.33181.6449-0.02330.78240.14630.03780.086-0.0880.18920.53780.02410.16940.0638-0.03370.57610.04880.2-12.1008-0.700544.0695
173.85861.48211.49854.7521.89585.88310.0216-0.7586-0.84480.4250.13420.54920.3247-0.4334-0.12960.3822-0.02360.00470.45620.20570.5782-8.2093-12.251546.7038
185.78526.65271.7068.91592.01872.68310.1475-0.6035-0.67120.42320.2516-0.42520.2959-0.3621-0.29050.30810.0566-0.03710.37240.07770.2438-1.8263-9.936946.1025
194.45820.76540.90316.5445-0.14483.19420.1692-0.2144-0.7938-0.0562-0.0785-0.03630.2889-0.1055-0.07260.2006-0.0213-0.07440.38320.05120.3243-1.3268-9.45139.7833
205.4955-2.7092-0.40767.02251.86355.05120.1890.78890.1378-0.9477-0.08970.2020.09120.4422-0.10740.3123-0.0455-0.12920.31430.06270.2304-4.2187-2.41331.9257
215.87971.8962.18264.17950.51120.8204-0.3374-0.1127-0.6297-0.3332-0.4620.05890.0408-0.76770.44750.2357-0.0423-0.04120.65960.0130.4142-22.521-7.776111.5116
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293.7952.5763-2.56242.1839-2.27466.01730.2239-0.99010.90190.3260.06010.5638-0.5897-0.2271-0.16790.21990.10790.06780.4196-0.05320.366-15.69358.99515.022
304.01773.733-0.643.6308-1.38693.9569-0.0207-0.50240.52960.1352-0.1540.4908-0.4028-0.73690.18790.24090.03870.00580.3873-0.03670.2942-16.54369.355910.7513
313.9564-0.4469-0.71767.6997-0.88484.5025-0.0040.51810.3742-0.4712-0.02160.71570.1371-0.3460.06630.1594-0.0314-0.0070.26020.07370.2231-15.33244.79054.4428
324.0917-3.77772.89264.3485-4.16594.64230.09330.01230.0609-0.67860.1496-0.03880.4517-0.3708-0.26020.2962-0.0010.00620.430.00890.1913-11.66921.79740.1138
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq -3:28)A-3 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 29:47)A29 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 48:56)A48 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 57:67)A57 - 67
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 68:89)A68 - 89
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 90:111)A90 - 111
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 112:133)A112 - 133
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq -3:16)B-3 - 16
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 17:37)B17 - 37
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 38:67)B38 - 67
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 68:111)B68 - 111
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 112:133)B112 - 133
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resseq -3:16)C-3 - 16
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resseq 17:28)C17 - 28
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resseq 29:37)C29 - 37
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resseq 38:67)C38 - 67
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resseq 68:80)C68 - 80
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resseq 81:89)C81 - 89
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resseq 90:111)C90 - 111
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resseq 112:133)C112 - 133
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resseq -3:7)D-3 - 7
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resseq 8:16)D8 - 16
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resseq 17:25)D17 - 25
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resseq 26:37)D26 - 37
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resseq 38:49)D38 - 49
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resseq 50:57)D50 - 57
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resseq 58:67)D58 - 67
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resseq 68:80)D68 - 80
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resseq 81:89)D81 - 89
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resseq 90:99)D90 - 99
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resseq 100:121)D100 - 121
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resseq 122:133)D122 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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