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- PDB-7fy8: Crystal Structure of human FABP1 in complex with 2-[[4-cyclopropy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fy8
タイトルCrystal Structure of human FABP1 in complex with 2-[[4-cyclopropyl-5-methyl-3-[3-(trifluoromethyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]thiophen-2-yl]carbamoyl]cyclopentene-1-carboxylic acid
要素Fatty acid-binding protein, liver
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / FATTY ACID BINDING PROTEIN / CYTOPLASM / LIPID-BINDING / TRANSPORT / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular detoxification / Heme degradation / Triglyceride catabolism / antioxidant activity / peroxisomal matrix / fatty acid transport / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / fatty acid binding / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 ...cellular detoxification / Heme degradation / Triglyceride catabolism / antioxidant activity / peroxisomal matrix / fatty acid transport / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / fatty acid binding / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to hypoxia / chromatin binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Chem-VI9 / Fatty acid-binding protein, liver
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Ehler, A. / Benz, J. / Obst, U. / Richter, H. / Rudolph, M.G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche LTD スイス
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2025
タイトル: A high-resolution data set of fatty acid-binding protein structures. III. Unexpectedly high occurrence of wrong ligands.
著者: Ehler, A. / Bartelmus, C. / Benz, J. / Plitzko, I. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2023年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22025年8月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, liver
B: Fatty acid-binding protein, liver
C: Fatty acid-binding protein, liver
D: Fatty acid-binding protein, liver
E: Fatty acid-binding protein, liver
F: Fatty acid-binding protein, liver
G: Fatty acid-binding protein, liver
H: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,95324
ポリマ－116,0698
非ポリマー3,88416
水7,692427
1
A: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9943
ポリマ－14,5091
非ポリマー4852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9943
ポリマ－14,5091
非ポリマー4852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9943
ポリマ－14,5091
非ポリマー4852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9943
ポリマ－14,5091
非ポリマー4852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9943
ポリマ－14,5091
非ポリマー4852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9943
ポリマ－14,5091
非ポリマー4852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9943
ポリマ－14,5091
非ポリマー4852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9943
ポリマ－14,5091
非ポリマー4852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.658, 75.081, 110.691
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.380, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Fatty acid-binding protein, liver / Fatty acid-binding protein 1 / Liver-type fatty acid-binding protein / L-FABP


分子量: 14508.641 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP1, FABPL / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07148
#2: 化合物
ChemComp-VI9 / 2-({(3P)-4-cyclopropyl-5-methyl-3-[3-(trifluoromethyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]thiophen-2-yl}carbamoyl)cyclopent-1-ene-1-carboxylic acid


分子量: 427.398 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16F3N3O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: protein in 25mM Tris/HCl pH 7.5 100mM NaCl, see also PMID 27658368

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99988 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→42.53 Å / Num. obs: 46522 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.12 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 12.57 / Num. measured all: 152972
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. possibleNum. unique obsNet I/σ(I) obs% possible all
2.21-2.240.440.56211354330.5938.1
2.24-2.291.450.55309725671.0382.9
2.29-2.343.040.507276526151.7194.6
2.34-2.393.420.454256624942.1897.2
2.39-2.443.40.398240223362.4997.3
2.44-2.53.320.361256924902.996.9
2.5-2.573.210.322272926293.2396.3
2.57-2.643.220.265244923774.1497.1
2.64-2.723.360.232251824635.0197.8
2.72-2.813.530.188244823966.4897.9
2.81-2.913.490.151242323748.0898
2.91-3.033.40.1232483243310.1998
3.03-3.173.220.0972447239712.3598
3.17-3.343.30.0762458240615.9397.9
3.34-3.553.460.0572419236921.0597.9
3.55-3.833.370.052417236423.9997.8
3.83-4.223.150.0432422234127.1696.7
4.22-4.853.260.0352454237431.4496.7
4.85-6.133.20.0342400232732.0297
6.13-42.533.180.0312410233734.8297

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.11.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.23→42.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9596 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9343 / SU R Cruickshank DPI: 0.375 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.377 / SU Rfree Blow DPI: 0.232 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.235
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2427 2348 5.05 %RANDOM
Rwork0.1963 ---
obs0.1986 46486 97.11 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 154.66 Å2 / Biso mean: 57.36 Å2 / Biso min: 26.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1465 Å20 Å2-2.9346 Å2
2---1.8976 Å20 Å2
3---4.0441 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.433 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.23→42.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7961 0 256 427 8644
Biso mean--67.76 52.06 -
残基数----1017
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3096SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes248HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1147HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8315HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1120SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8960SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8315HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11160HARMONIC21.3
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.54
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.44
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.29 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4508 166 5.53 %
Rwork0.4841 2834 -
all0.4821 3000 -
obs--97.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.927-1.82310.67823.9867-0.97592.96390.03150.1141-0.00360.1743-0.0635-0.0577-0.1957-0.0390.032-0.01360.00510.0424-0.0777-0.0416-0.0574-6.798613.1939-38.3957
22.8199-1.3105-1.26113.1393-1.74654.0184-0.1274-0.34130.08770.26530.277-0.2832-0.17670.0675-0.14950.0101-0.0407-0.0529-0.0989-0.0783-0.0622-2.249514.4794-31.9006
31.5487-2.01971.600302.06715.0908-0.0088-0.21640.3515-0.40320.2541-0.3888-0.52070.2024-0.24530.0798-0.0030.0984-0.1298-0.03880.0068-0.455822.7796-37.3955
4-0.03041.45240.01191.5126-2.80024.87930.0564-0.09280.1246-0.28380.0368-0.2896-0.32390.0155-0.09320.12050.00340.0958-0.01650.03540.26287.659520.3992-41.2962
52.3561-0.9283-1.48382.1216-0.94721.24290.13640.36070.1218-0.1996-0.2527-0.5032-0.4743-0.35670.11640.0388-0.09020.1404-0.17360.00360.01095.009219.7437-47.8778
67.8511-2.52920.78633.4364-0.9840.32710.02120.51360.1664-0.4411-0.0926-0.3364-0.10020.05360.07150.0480.01280.0394-0.0414-0.0698-0.0684-3.89913.4039-46.1366
75.5879-1.7223-0.53800.66342.5282-0.09180.1824-0.2603-0.37030.1332-0.0732-0.10950.0008-0.0414-0.0038-0.02960.0386-0.0501-0.01890.0475-8.0410.1363-39.4507
86.7948-0.1915-2.47171.8225-2.76086.0731-0.0522-0.4166-0.56980.2305-0.18660.0782-0.00710.49690.2388-0.0356-0.00070.0207-0.1146-0.03220.030720.6088-6.9723-47.8559
98.15251.41090.27342.5666-0.93015.17720.304-0.0914-0.47220.1072-0.17130.2319-0.47230.5388-0.1326-0.0665-0.05660.0052-0.06650.0094-0.189722.6397-1.9471-51.6523
100.49070.6923-2.445601.6170.74490.1976-0.5717-0.11340.3258-0.39630.4508-0.53910.4840.19870.087-0.1576-0.01830.18890.0675-0.182929.07292.425-45.1684
111.99772.375-0.08110.0229-0.88280.49170.0131-0.2880.16140.0059-0.0986-0.035-0.02170.04680.08550.2416-0.1460.07520.1558-0.0842-0.290126.3659.4986-37.3679
128.3496-1.2314-2.51310.66472.78642.95920.0543-0.5830.46920.1038-0.023-0.1063-0.33460.4847-0.03130.1208-0.14850.0316-0.0434-0.0515-0.1322.57544.6273-38.139
134.41922.4759-2.24110-2.28883.1420.2621-0.5692-0.46760.3637-0.33890.3371-0.49430.50170.0768-0.0782-0.05360.03790.00380.0825-0.079319.9064-3.6834-38.5858
140.1111-1.7157-0.71958.2144-0.84956.35210.059-0.1534-0.25170.1707-0.2735-0.10060.28960.12540.2145-0.0085-0.00060.0676-0.20220.07410.151219.4972-8.9845-44.7033
151.6045-1.5104-0.16022.5402-0.36482.96580.0260.02150.08270.3777-0.3623-0.3732-0.21950.44680.3363-0.0549-0.0421-0.03750.03060.0567-0.049838.93911.2287-61.0757
163.0166-2.21211.03461.55381.22190.1413-0.0166-0.08430.07910.3293-0.0692-0.1236-0.1112-0.04910.08580.0935-0.0143-0.0492-0.0795-0.0215-0.012931.878813.6014-58.5179
171.8594-1.1479-1.57015.71362.8317.7006-0.04720.0063-0.2174-0.259-0.14320.0518-0.06870.05090.1904-0.09690.00490.0442-0.0274-0.013-0.033231.0427-6.7714-63.6896
180.0916-2.499-0.29314.09192.69644.89250.10620.1671-0.2609-0.0332-0.39730.41430.1017-0.08470.2911-0.01420.05210.02010.0592-0.0324-0.050528.4691-2.4321-74.6617
191.6268-0.38111.7312.8559-2.90952.3677-0.029-0.0621-0.4826-0.3725-0.0855-0.25760.17330.37470.11450.00530.08520.03580.15070.0390.005739.9391-3.6026-73.1144
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+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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