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万見
- PDB-7fy1: Crystal Structure of apo human FABP9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fy1
タイトルCrystal Structure of apo human FABP9
要素Fatty acid-binding protein 9
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / FATTY ACID BINDING PROTEIN / CYTOPLASM / LIPID-BINDING / TRANSPORT / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / long-chain fatty acid transport / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Fatty acid-binding protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Ehler, A. / Benz, J. / Obst, U. / Rudolph, M.G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche LTD スイス
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of apo human FABP9
著者: Obst, U. / Magnone, C. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2023年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6242
ポリマ－15,3961
非ポリマー2281
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, elutes as a monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.980, 107.980, 76.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein 9 / Testis lipid-binding protein / TLBP / Testis-type fatty acid-binding protein / T-FABP


分子量: 15395.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP9 / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0Z7S8
#2: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: protein in 25mM Tris/HCl pH 7.5 100mM NaCl, see also PMID 27658368

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→46.76 Å / Num. obs: 18103 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 35.999 % / Biso Wilson estimate: 50.64 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.848 / Net I/σ(I): 23.84 / Num. measured all: 651695 / Scaling rejects: 55
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.01-2.0613.2589.9950.316838130012700.13811.45697.7
2.06-2.1236.6414.2071.2646791128112770.6714.26599.7
2.12-2.1839.882.6792.1249691124712460.8012.71499.9
2.18-2.2539.3641.8963.1347827121812150.9041.9299.8
2.25-2.3237.9551.4534.0244331116911680.9251.47299.9
2.32-2.437.5470.9745.8343066114911470.9770.98799.8
2.4-2.4940.3790.6698.4944013109210900.9840.67799.8
2.49-2.5939.9580.4811.5642355106110600.9910.48699.9
2.59-2.7139.1130.35414.9939778102010170.9960.35999.7
2.71-2.8437.0850.25219.67363439849800.9970.25599.6
2.84-338.180.16728356989359350.9980.169100
3-3.1839.6260.12336.35352678908900.9990.125100
3.18-3.438.2390.07849.3321218408400.9990.079100
3.4-3.6735.8140.06557.52829379079010.065100
3.67-4.0235.80.05962.62595572672510.05999.9
4.02-4.4936.7890.04868.952457566966810.04999.9
4.49-5.1935.0070.04569.262079459459410.046100
5.19-6.3632.9730.04864.641704751751710.048100
6.36-8.9933.6010.04867.751391141441410.048100
8.99-46.7626.9270.04362.6700126426010.04498.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.01→46.76 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.89 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: loop with Phe56 at exit of ligand binding site has at least two conformations. mixture of fatty acids bound with one being shorter than the other, modeled by reducing occupancy of two ...詳細: loop with Phe56 at exit of ligand binding site has at least two conformations. mixture of fatty acids bound with one being shorter than the other, modeled by reducing occupancy of two terminal CH2 to 0.5. data merged from two crystals since refines better than individual models.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2598 784 5.05 %RANDOM
Rwork0.2203 14739 --
obs0.2223 15523 85.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 164.6 Å2 / Biso mean: 67.0738 Å2 / Biso min: 39.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→46.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1069 0 16 13 1098
Biso mean--66.23 53.74 -
残基数----134
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.01-2.140.3297590.34951101034
2.14-2.30.36411160.30612207232379
2.3-2.530.31411460.292328142960100
2.53-2.90.33271600.304728322992100
2.9-3.650.29471400.240428893029100
3.65-46.760.20891630.173430463209100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.10820.85220.15665.2508-1.62553.85050.12691.26340.16910.0747-0.6102-0.85620.82430.68990.37130.7980.1160.24560.518-0.01260.5062-43.355814.5733-10.6342
21.9309-2.7263-1.3894.08471.7092.86280.1349-0.53630.95120.21340.01910.1621-1.44440.3711-0.30280.7287-0.05590.32180.5047-0.11380.6388-60.429323.9141.4729
33.53412.3059-0.20282.15150.73343.77611.1625-0.99490.87642.0313-1.1854-0.6886-1.29791.34840.01681.1205-0.32870.25260.38650.0070.6591-41.738818.736-0.2172
42.89240.19030.77626.9572-0.85264.07030.49210.0450.20940.2374-0.43330.09310.5044-0.0361-0.08830.6559-0.08960.11240.2543-0.03780.3334-51.32211.3266-2.0054
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 15 )A-1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 35 )A16 - 35
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 36 through 65 )A36 - 65
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 66 through 132 )A66 - 132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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