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- PDB-7fxo: Crystal Structure of apo human FABP1 monoclinic form III -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fxo
タイトルCrystal Structure of apo human FABP1 monoclinic form III
要素Fatty acid-binding protein, liver
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / FATTY ACID BINDING PROTEIN / CYTOPLASM / LIPID-BINDING / TRANSPORT / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular detoxification / Heme degradation / Triglyceride catabolism / antioxidant activity / peroxisomal matrix / fatty acid transport / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / fatty acid binding / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 ...cellular detoxification / Heme degradation / Triglyceride catabolism / antioxidant activity / peroxisomal matrix / fatty acid transport / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / fatty acid binding / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to hypoxia / chromatin binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / Fatty acid-binding protein, liver
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Ehler, A. / Benz, J. / Obst, U. / Rudolph, M.G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche LTD スイス
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2025
タイトル: A high-resolution data set of fatty acid-binding protein structures. III. Unexpectedly high occurrence of wrong ligands.
著者: Ehler, A. / Bartelmus, C. / Benz, J. / Plitzko, I. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2023年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22025年8月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, liver
B: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2945
ポリマ－29,0172
非ポリマー2763
水3,531196
1
A: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6653
ポリマ－14,5091
非ポリマー1562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6292
ポリマ－14,5091
非ポリマー1201
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.941, 37.114, 60.491
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, liver / Fatty acid-binding protein 1 / Liver-type fatty acid-binding protein / L-FABP


分子量: 14508.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP1, FABPL / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07148
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: protein in 25mM Tris/HCl pH 7.5 100mM NaCl, see also PMID 27658368

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→32.32 Å / Num. obs: 54768 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.28 % / Biso Wilson estimate: 24.547 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rrim(I) all: 0.047 / Rsym value: 0.04 / Χ2: 0.892 / Net I/σ(I): 11.36 / Num. measured all: 185836 / Scaling rejects: 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.3-1.333.2311.1051.1113620427442160.3841.32198.6
1.33-1.373.1180.9251.3312694410940710.4831.11699.1
1.37-1.413.1070.6941.7512332401239690.6170.83898.9
1.41-1.453.3510.5352.4112896387338480.7390.63799.4
1.45-1.53.3270.4183.0312468377637470.8240.49999.2
1.5-1.553.2740.2874.3711893367136330.9020.34499
1.55-1.613.0950.1976.0210944355135360.940.23899.6
1.61-1.683.3180.1577.7111179339233690.9650.18899.3
1.68-1.753.4280.11910.0911080324632320.9810.14199.6
1.75-1.843.4050.08912.9810689315731390.9890.10699.4
1.84-1.943.3410.06417.229723293629100.9940.07699.1
1.94-2.063.0830.04921.028592282327870.9950.0698.7
2.06-2.23.4510.04325.449066266426270.9960.05198.6
2.2-2.373.40.03827.838235245324220.9970.04698.7
2.37-2.63.3320.03529.977554231022670.9970.04298.1
2.6-2.913.0080.03230.765967205019840.9980.03996.8
2.91-3.363.3280.02836.065993185418010.9980.03497.1
3.36-4.113.310.02538.525008155415130.9980.0397.4
4.11-5.813.030.02337.453587122311840.9980.02796.8
5.81-32.323.3710.02339.0223167096870.9990.02896.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.7.0018精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 1.3→32.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.419 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: best resolution for apo-structure so far, use this for modelling
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2036 2788 5.1 %RANDOM
Rwork0.1534 ---
obs0.1559 52162 95.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.75 Å2 / Biso mean: 23.533 Å2 / Biso min: 9.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20.33 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→32.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2015 0 29 197 2241
Biso mean--26.66 32.56 -
残基数----258
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192188
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8971.972952
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8663.0015163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8695292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.25826.42195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.54615458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.811156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02464
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.13534449
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.505575
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.27354533
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.451 188 -
Rwork0.346 3491 -
all-3679 -
obs--86.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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