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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fxo | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of apo human FABP1 monoclinic form III | ||||||
要素 | Fatty acid-binding protein, liver | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / FATTY ACID BINDING PROTEIN / CYTOPLASM (細胞質) / LIPID-BINDING / TRANSPORT / PROTEIN BINDING (タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to vitamin B3 / oleic acid binding / apical cortex / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / bile acid binding / intestinal absorption / Heme degradation / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / heterocyclic compound binding / Triglyceride catabolism ...response to vitamin B3 / oleic acid binding / apical cortex / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / bile acid binding / intestinal absorption / Heme degradation / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / heterocyclic compound binding / Triglyceride catabolism / antioxidant activity / peroxisomal matrix / fatty acid transport / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / fatty acid binding / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / phospholipid binding / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to hypoxia / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Ehler, A. / Benz, J. / Obst, U. / Rudolph, M.G. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal Structure of a human FABP1 complex 著者: Obst, U. / Magnone, C. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fxo.cif.gz | 229.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fxo.ent.gz | 186.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fxo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/7fxo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/7fxo | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002264 (222エントリ) |
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タイトル | To be published |
タイプ | undefined |
解説 | A set of fabp crystal structures |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14508.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP1, FABPL / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07148 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BEN / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: protein in 25mM Tris/HCl pH 7.5 100mM NaCl, see also PMID 27658368 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.99998 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.32→32.32 Å / Num. obs: 54768 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.28 % / Biso Wilson estimate: 24.547 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rrim(I) all: 0.047 / Rsym value: 0.04 / Χ2: 0.892 / Net I/σ(I): 11.36 / Num. measured all: 185836 / Scaling rejects: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: inhouse model 解像度: 1.3→32.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.419 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: best resolution for apo-structure so far, use this for modelling
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.75 Å2 / Biso mean: 23.533 Å2 / Biso min: 9.52 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.3→32.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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