+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fxm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of human FABP4 in complex with 5-cyclohexyl-2-hydroxybenzoic acid | ||||||
要素 | Fatty acid-binding protein, adipocyte | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / FATTY ACID BINDING PROTEIN / CYTOPLASM (細胞質) / LIPID-BINDING / TRANSPORT / PROTEIN BINDING (タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / lipid droplet ...hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / lipid droplet / cholesterol homeostasis / fatty acid binding / response to bacterium / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to tumor necrosis factor / negative regulation of DNA-templated transcription / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å | ||||||
データ登録者 | Ehler, A. / Benz, J. / Obst, U. / Urban, R. / Rudolph, M.G. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal Structure of a human FABP4 complex 著者: Obst, U. / Magnone, C. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fxm.cif.gz | 75.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7fxm.ent.gz | 55.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fxm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/7fxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/7fxm | HTTPS FTP |
---|
-グループ登録
ID | G_1002264 (222エントリ) |
---|---|
タイトル | To be published |
タイプ | undefined |
解説 | A set of fabp crystal structures |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15022.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP4 / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15090 | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-KWB / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.3 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: protein in 25mM Tris/HCl pH 7.5 100mM NaCl, see also PMID 27658368 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月31日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.19→43.65 Å / Num. obs: 39966 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 4.517 % / Biso Wilson estimate: 17.639 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I): 7.79 / Num. measured all: 180513 / Scaling rejects: 90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: inhouse model 解像度: 1.19→43.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.7 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: bad data overall - maybe re-collect ligand placement and conformation safe
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.65 Å2 / Biso mean: 12.728 Å2 / Biso min: 7.42 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.19→43.65 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.19→1.221 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|