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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fxh | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of human FABP4 in complex with 2-[(2R)-oxolan-2-yl]-4-phenyl-3-(1H-tetrazol-5-yl)-6,7,8,9-tetrahydro-5H-cyclohepta[b]pyridine | ||||||
要素 | Fatty acid-binding protein, adipocyte | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / FATTY ACID BINDING PROTEIN / CYTOPLASM (細胞質) / LIPID-BINDING / TRANSPORT / PROTEIN BINDING (タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / lipid droplet ...hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / lipid droplet / cholesterol homeostasis / fatty acid binding / response to bacterium / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of inflammatory response / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of DNA-templated transcription / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.02 Å | ||||||
データ登録者 | Ehler, A. / Benz, J. / Obst, U. / Obst-Sander, U. / Rudolph, M.G. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal Structure of a human FABP4 complex 著者: Obst, U. / Magnone, C. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fxh.cif.gz | 136.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fxh.ent.gz | 108 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fxh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/7fxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/7fxh | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002264 (222エントリ) |
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タイトル | To be published |
タイプ | undefined |
解説 | A set of fabp crystal structures |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 15022.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP4 / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15090 |
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-非ポリマー , 5種, 159分子
#2: 化合物 | ChemComp-RI4 / ( | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-FMT / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: protein in 25mM Tris/HCl pH 7.5 100mM NaCl, see also PMID 27658368 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.70049 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.70049 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.02→37.4 Å / Num. obs: 67218 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.54 % / Biso Wilson estimate: 14.054 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rrim(I) all: 0.042 / Rsym value: 0.041 / Χ2: 0.893 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 434259 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: inhouse model 解像度: 1.02→37.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 0.766 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: R-enantiomer clearly based on electron density.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 59.1 Å2 / Biso mean: 15.612 Å2 / Biso min: 6.73 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.02→37.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.02→1.046 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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