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万見
- PDB-7fxd: Crystal Structure of human FABP5 in complex with 2-(indole-1-carb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fxd
タイトルCrystal Structure of human FABP5 in complex with 2-(indole-1-carbonylamino)benzoic acid
要素Fatty acid-binding protein 5
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / FATTY ACID BINDING PROTEIN / CYTOPLASM / LIPID-BINDING / TRANSPORT / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process / retinoic acid binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / Signaling by Retinoic Acid ...regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process / retinoic acid binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / Signaling by Retinoic Acid / Triglyceride catabolism / epidermis development / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / secretory granule membrane / fatty acid binding / lipid metabolic process / glucose metabolic process / azurophil granule lumen / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / postsynaptic density / lipid binding / synapse / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NC0 / Fatty acid-binding protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Ehler, A. / Benz, J. / Obst, U. / Ning, R. / Rudolph, M.G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche LTD スイス
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human FABP5 complex
著者: Obst, U. / Magnone, C. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2023年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7502
ポリマ－15,4681
非ポリマー2821
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, elutes as a monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.457, 154.457, 154.457
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein 5 / Epidermal-type fatty acid-binding protein / E-FABP / Fatty acid-binding protein / epidermal / ...Epidermal-type fatty acid-binding protein / E-FABP / Fatty acid-binding protein / epidermal / Psoriasis-associated fatty acid-binding protein homolog / PA-FABP


分子量: 15467.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP5 / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01469
#2: 化合物 ChemComp-NC0 / 2-[(2,3-dihydro-1H-indole-1-carbonyl)amino]benzoic acid


分子量: 282.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: protein in 25mM Tris/HCl pH 7.5 100mM NaCl, see also PMID 27658368

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→46.57 Å / Num. obs: 6315 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 35.386 % / Biso Wilson estimate: 66.79 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 0.855 / Net I/σ(I): 31.02 / Num. measured all: 223463 / Scaling rejects: 16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.44-2.515.8511.6011.7371334504500.7581.654100
2.5-2.5738.5271.5513.2171064444440.8841.571100
2.57-2.6539.6081.1594.5167544234230.9281.174100
2.65-2.7338.6130.9025.7163724244240.9680.914100
2.73-2.8237.2290.6917.37146313933930.9730.701100
2.82-2.9237.3330.5369.58150084024020.9880.543100
2.92-3.0339.1090.41212.27147443773770.9940.418100
3.03-3.1539.0350.26518.45145213723720.9960.269100
3.15-3.2938.4330.19824.17131443423420.9980.201100
3.29-3.4536.5290.1236.14124933423420.9990.122100
3.45-3.6436.0920.10642.14118023283270.9990.10799.7
3.64-3.8638.2730.08948.55117883083080.9990.09100
3.86-4.1337.1630.07654.95107402892890.9990.077100
4.13-4.4636.0620.05669.38984527327310.057100
4.46-4.8834.1910.04873.46878725725710.049100
4.88-5.4636.3920.05273.07873424024010.053100
5.46-6.334.1340.0516971342092090.9990.052100
6.3-7.7231.5050.04872.37586018618610.049100
7.72-10.9229.8640.03393.84459915415410.034100
10.92-46.5722.0190.02979.62226810610310.0397.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.9.5精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.44→46.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9374 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9224 / SU R Cruickshank DPI: 0.411 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.48 / SU Rfree Blow DPI: 0.291 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.282
詳細: unidentified electron density close to ligand - cannot be modeled by water
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2795 292 4.63 %RANDOM
Rwork0.2264 ---
obs0.2288 6304 99.83 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.75 Å2 / Biso mean: 58.19 Å2 / Biso min: 30.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.44→46.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1046 0 21 19 1086
Biso mean--51.2 50.52 -
残基数----134
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d400SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes30HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes152HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1080HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion146SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1123SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1080HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1450HARMONIC21.29
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.29
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.96
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.73 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4435 88 5.12 %
Rwork0.3196 1632 -
all0.3257 1720 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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