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- PDB-7fvt: Crystal Structure of S. aureus gyrase in complex with 6-[5-[2-[(4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fvt
タイトルCrystal Structure of S. aureus gyrase in complex with 6-[5-[2-[(4-chloro-2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)methylamino]ethyl]-2-oxo-1,3-oxazolidin-3-yl]-4H-pyrido[3,2-b][1,4]oxazin-3-one
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
  • DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A Chimera
キーワードISOMERASE / DNA GYRASE / TOPOISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gyrase A; domain 2 - #40 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal ...Gyrase A; domain 2 - #40 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Gyrase A; domain 2 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6I0 / : / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.081 Å
データ登録者Xu, B. / Benz, J. / Cumming, J.G. / Rudolph, M.G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche LTD スイス
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Discovery of a Series of Indane-Containing NBTIs with Activity against Multidrug-Resistant Gram-Negative Pathogens.
著者: Cumming, J.G. / Kreis, L. / Kuhne, H. / Wermuth, R. / Vercruysse, M. / Kramer, C. / Rudolph, M.G. / Xu, Z.
履歴
登録2023年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A Chimera
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A Chimera
C: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,20411
ポリマ－168,4904
非ポリマー7147
水9,818545
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, elutes as a monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16240 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area56610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.938, 92.938, 407.651
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A Chimera


分子量: 78109.000 Da / 分子数: 2 / 変異: Y123F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB, SA0005, gyrA, SA0006 / プラスミド: PET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P66937, UniProt: Q99XG5, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')


分子量: 6135.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 552分子

#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-6I0 / 6-{(5R)-5-[2-({[(2R)-4-chloro-2,3-dihydro-1H-inden-2-yl]methyl}amino)ethyl]-2-oxo-1,3-oxazolidin-3-yl}-2H-pyrido[3,2-b][1,4]oxazin-3(4H)-one


分子量: 442.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23ClN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.33 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: microbatch under paraffin oil: 500 nL each of ternary complex and reservoir consisting of 14% PEG5000 MME, 100mM BisTris/HCl pH 5.5: ternary complex made by mixing 14.5mg/mL gyrase in 20mM ...詳細: microbatch under paraffin oil: 500 nL each of ternary complex and reservoir consisting of 14% PEG5000 MME, 100mM BisTris/HCl pH 5.5: ternary complex made by mixing 14.5mg/mL gyrase in 20mM HEPES/NaOH, pH7.0, 100mM Na2SO4, 3mM MnCl2, 0.5mM TCEP with twice the molar ratio of DNA duplex (5-AGCCGTAGGGCCCTACGGCT-3, 3-TCGGCATCCCGGGATGCCGA-5) and six times molar ratio of small molecule inhibitor.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→80.49 Å / Num. obs: 118711 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.451 % / Biso Wilson estimate: 33.93 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.203 / Rrim(I) all: 0.214 / Χ2: 0.812 / Net I/σ(I): 9.48 / Num. measured all: 1240593 / Scaling rejects: 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.08-2.1310.7673.1810.994236875587520.2013.34100
2.13-2.1910.6852.5341.1791540856885670.282.661100
2.19-2.2610.5771.9941.5488245834383430.4182.095100
2.26-2.3310.2251.6731.9582714809080890.5231.761100
2.33-2.410.1471.3412.4978947778177800.6141.412100
2.4-2.4910.8011.1533.1281859757975790.7781.211100
2.49-2.5810.6980.9743.8778740736073600.8291.024100
2.58-2.6910.5210.7365.173581699569940.8860.774100
2.69-2.810.2730.5616.4769428675867580.9290.591100
2.8-2.949.9050.4178.1863749643664360.9570.44100
2.94-3.110.7810.30710.8366487616961670.9820.322100
3.1-3.2910.7060.2213.8361870578057790.9880.231100
3.29-3.5210.4520.15617.4356872544154410.9910.164100
3.52-3.89.7020.12220.3249296508150810.9920.129100
3.8-4.1610.5160.09624.5149133467346720.9950.1100
4.16-4.6510.4950.08227.1444729426242620.9960.086100
4.65-5.3710.1040.08226.8437537371537150.9960.087100
5.37-6.5810.4140.08425.9832836315331530.9960.088100
6.58-9.310.5190.06630.6825761245124490.9970.0799.9
9.3-63.1649.770.05333.0713033133513340.9990.05699.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.12rc1_2801精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.081→63.164 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.88 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: ligand not well defined by electron density. Chiral centers were assigned based on best geometry. Linker is disordered. Tried to use CSD-compatible conformation.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2484 5184 5.04 %RANDOM
Rwork0.1996 97737 --
obs0.2022 102921 86.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.3 Å2 / Biso mean: 42.1545 Å2 / Biso min: 18.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.081→63.164 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10632 798 37 545 12012
Biso mean--68.04 43.01 -
残基数----1381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911744
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88715979
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051795
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051965
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4577120
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0808-2.10450.369450.2842961013
2.1045-2.12920.3059190.30563303499
2.1292-2.15520.3402600.31011138119830
2.1552-2.18250.33411060.3051941204752
2.1825-2.21120.33071250.28312604272969
2.2112-2.24150.35741270.2872817294475
2.2415-2.27350.34271500.27763146329683
2.2735-2.30740.34261530.2633356350990
2.3074-2.34350.32951910.25683573376495
2.3435-2.38190.33351920.2563720391299
2.3819-2.4230.31382230.240336713894100
2.423-2.46710.30071900.229937923982100
2.4671-2.51450.32421860.225438164002100
2.5145-2.56580.31442320.216336753907100
2.5658-2.62160.26381720.216637433915100
2.6216-2.68260.27642130.212537773990100
2.6826-2.74970.26262290.210237033932100
2.7497-2.82410.26761550.21138313986100
2.8241-2.90720.2662070.212237333940100
2.9072-3.0010.27242110.202437423953100
3.001-3.10820.24711770.198137893966100
3.1082-3.23270.24211930.197837133906100
3.2327-3.37980.24771980.193137743972100
3.3798-3.5580.22252190.182437443963100
3.558-3.78090.24072110.179837373948100
3.7809-4.07280.21262240.17437293953100
4.0728-4.48250.21292360.165737383974100
4.4825-5.13090.21991830.167137773960100
5.1309-6.46340.23882080.201137433951100
6.4634-63.19290.19791890.190537893978100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0797-0.1903-1.3280.96310.07651.80990.19810.58030.3926-0.207-0.0472-0.017-0.2724-0.1593-0.13240.35360.0553-0.01020.36840.06240.266787.663552.6897-49.5525
20.57890.22620.10330.46540.35121.3802-0.00060.0175-0.0791-0.07890.0083-0.0591-0.03450.1069-0.00870.29620.02840.0140.2120.02010.300476.595140.0731-16.0652
30.3832-0.5544-0.12831.2980.34730.5059-0.01650.0324-0.1163-0.0102-0.00670.15180.0611-0.02690.01640.2749-0.0160.01070.2169-0.0050.285674.605916.9324-18.6648
42.27440.4339-0.74741.8063-0.17191.44390.1327-0.3390.21680.28210.00810.0579-0.14910.0556-0.12730.28150.0115-0.00530.2663-0.06180.2046111.463452.3878-3.3271
50.70690.0404-0.180.59-0.23891.7352-0.03510.0519-0.08470.06840.04580.0104-0.1408-0.133-0.01510.2360.01640.00090.186-0.0650.2594121.504538.0095-37.151
60.90961.4269-0.4192.6642-0.98740.4958-0.0593-0.0301-0.1418-0.01480.0822-0.20120.1501-0.0017-0.00260.36790.0536-0.00460.2422-0.03810.3067116.54750.7152-26.5872
73.25783.6342-1.96184.0565-2.2051.2188-0.03960.18310.6281-1.3190.33690.7747-0.20.1033-0.25260.4388-0.0339-0.03380.2342-0.01880.3372120.876952.5908-30.1773
81.53282.225-0.74293.3107-0.78566.3357-0.03670.08090.2715-0.28780.2262-0.14640.1369-0.4835-0.19590.2671-0.01190.01870.2077-0.00830.2437108.563746.0373-20.2907
91.6404-0.365-1.25873.61540.01262.0872-0.3391-0.37640.1140.29810.1301-0.16810.27540.3080.21540.42250.1097-0.02730.31060.00310.289780.308155.3332-28.5359
104.9158-0.9911-1.31072.22460.60554.43610.0171-0.19050.73270.25180.26780.1361-0.35870.1877-0.23760.37650.1002-0.01580.3276-0.03640.365984.152351.6735-27.9247
115.3880.2793-1.91394.2424-0.06883.0286-0.19630.45770.1397-0.36840.2934-0.03730.2981-0.1886-0.06420.3641-0.0612-0.02220.2415-0.04440.303118.008752.3057-23.9709
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 417 through 1032 )A417 - 1032
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1033 through 1294 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1295 through 1490 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 417 through 1032 )B417 - 1032
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1033 through 1347 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1348 through 1491 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 5 )C1 - 5
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 6 through 10 )C6 - 10
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 11 through 20 )C11 - 20
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 1 through 10 )D1 - 10
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 11 through 20 )D11 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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