[日本語] English
万見
- PDB-7ftx: Crystal Structure of apo human cyclic GMP-AMP synthase - hexagona... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ftx
タイトルCrystal Structure of apo human cyclic GMP-AMP synthase - hexagonal form
要素Cyclic GMP-AMP synthase
キーワードNUCLEOTIDYLTRANSFERASE / CYCLIC GMP-AMP SYNTHASE / CGAS / DNA-BINDING / ACTIVATOR DNA / PATTERN RECOGNITION RECEPTOR / INNATE IMMUNE RESPONSE / VIRAL DNA RECOGNITION / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / cGMP-mediated signaling ...2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / cGMP-mediated signaling / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cAMP-mediated signaling / nucleosome binding / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / determination of adult lifespan / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / innate immune response / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.831 Å
データ登録者Leibrock, L. / Benz, J. / Groebke-Zbinden, K. / Rudolph, M.G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche LTD スイス
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human cyclic GMP-AMP synthase complex
著者: Groebke-Zbinden, K. / Vandemeulebroucke, A. / Hilbert, M. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2023年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cyclic GMP-AMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0827
ポリマ－42,5361
非ポリマー5466
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, elutes as a monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.235, 101.235, 240.332
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

#1: タンパク質 Cyclic GMP-AMP synthase / cGAMP synthase / cGAS / h-cGAS / 2'3'-cGAMP synthase / Mab-21 domain-containing protein 1


分子量: 42536.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGAS, C6orf150, MB21D1 / プラスミド: pET21a_cGAS(161-522_wt) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N884, cyclic GMP-AMP synthase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10-12 mg/mL protein in 25 mM Tris/HCl pH7.5, 500mM NaCl, 2mM TCEP, supplemented with 10x molar excess of ligand and, if needed, with 10 mM MgCl2 and 5mM ATP, then mixed 1:1 with reservoir of ...詳細: 10-12 mg/mL protein in 25 mM Tris/HCl pH7.5, 500mM NaCl, 2mM TCEP, supplemented with 10x molar excess of ligand and, if needed, with 10 mM MgCl2 and 5mM ATP, then mixed 1:1 with reservoir of the Procomplex screen. Several conditions resulted in crystals.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.04→82.36 Å / Num. obs: 14825 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.875 % / Biso Wilson estimate: 64.2 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.39 / Rrim(I) all: 0.401 / Χ2: 0.74 / Net I/σ(I): 10.71 / Num. measured all: 279829 / Scaling rejects: 32
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.04-3.1219.2643.7561.0920362105710570.4123.857100
3.12-3.218.0653.2421.1418697103510350.453.337100
3.2-3.319.2242.4261.7119397100910090.6692.491100
3.3-3.420.1351.9652.18197329819800.7422.01599.9
3.4-3.5119.9381.4932.91190419559550.8381.532100
3.51-3.6319.8041.094.07182599239220.9091.11899.9
3.63-3.7719.6030.7885.52175848978970.9580.809100
3.77-3.9219.2380.6236.73166028638630.9630.64100
3.92-4.118.4370.4388.87151558228220.9850.45100
4.1-4.317.7290.311.95142368048030.990.30999.9
4.3-4.5319.9150.2614.53150767577570.9950.266100
4.53-4.8119.7470.20616.99145147357350.9960.212100
4.81-5.1419.2010.19617.78132686916910.9950.201100
5.14-5.5518.910.20816.78120276376360.9930.21399.8
5.55-6.0817.4110.22614.63105516066060.9940.233100
6.08-6.817.7740.18416.7498115525520.9950.19100
6.8-7.8518.8220.1323.0192794944930.9980.13499.8
7.85-9.6117.4730.06537.3174614274270.9990.067100
9.61-13.615.2120.04244.8537035335310.044100
13.6-82.3614.6850.03946.7340723523210.04198.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.11.8 (21-NOV-2022)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.831→82.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / SU R Cruickshank DPI: 0.893 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.992 / SU Rfree Blow DPI: 0.395 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.395
詳細: this apo structure was a failed attempt to co-crustallize with ATP and ; RO7300313. Instead, the same SG and cell dimensions as the DNA complex; are formed by cGAS.;
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 687 4.94 %RANDOM
Rwork0.2429 ---
obs0.2446 13894 76.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.65 Å2 / Biso mean: 55.41 Å2 / Biso min: 23.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3803 Å20 Å20 Å2
2---0.3803 Å20 Å2
3---0.7606 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.831→82.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2928 0 26 0 2954
Biso mean--101.96 --
残基数----356
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1112SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes496HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3005HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion376SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2216SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3005HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4033HARMONIC20.87
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.83
LS精密化 シェル解像度: 2.83→3 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5959 25 6.11 %
Rwork0.4056 384 -
all0.4145 409 -
obs--14.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.03230.21550.59071.1860.36451.51650.04330.40430.0765-0.0809-0.02560.4205-0.1311-0.2428-0.0176-0.18290.01090.03580.07920.0009-0.179621.8796-40.4692-0.8507
25.6063-0.00151.81991.14910.73942.56420.07570.5022-0.5208-0.013-0.00420.06440.2528-0.0339-0.0715-0.1416-0.0355-0.00180.1396-0.0132-0.018820.3523-49.1923-1.323
32.1140.2263-0.80942.4215-0.43646.42550.19740.31820.1618-0.3331-0.0304-0.1865-0.36460.2021-0.167-0.20670.03350.0390.17030.0143-0.064341.4044-35.7942-4.4443
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|160 - A|253 }A160 - 253
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|254 - A|387 }A254 - 387
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|388 - A|521 }A388 - 521

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る