PDB-7ftk: Crystal Structure of apo human cyclic GMP-AMP synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ftk

タイトル

Crystal Structure of apo human cyclic GMP-AMP synthase

要素

Cyclic GMP-AMP synthase

キーワード

TRANSFERASE / IMMUNE RESPONSE / NTASE / DNA SENSOR

機能・相同性

機能・相同性情報

2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / cGMP-mediated signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.125 Å

データ登録者

Leibrock, L. / Benz, J. / Groebke-Zbinden, K. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human cyclic GMP-AMP synthase complex
著者: Groebke-Zbinden, K. / Vandemeulebroucke, A. / Hilbert, M. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2023年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ftk.cif.gz	302.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ftk.ent.gz	248.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ftk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/7ftk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/7ftk	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002263 (49エントリ) 7ftf 7ftg 7fth 7fti 7ftj 7ftk 7ftl 7ftm 7ftn 7fto
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of cGAS crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cyclic GMP-AMP synthase

B: Cyclic GMP-AMP synthase

ヘテロ分子

84.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cyclic GMP-AMP synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cyclic GMP-AMP synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.128, 120.413, 127.506
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cyclic GMP-AMP synthase / cGAMP synthase / cGAS / h-cGAS / 2'3'-cGAMP synthase / Mab-21 domain-containing protein 1 分子量: 42404.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGAS, C6orf150, MB21D1 / プラスミド: pET21a_cGAS(161-522_wt) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N884, cyclic GMP-AMP synthase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10-12 mg/mL protein in 25 mM Tris/HCl pH7.5, 500mM NaCl, 2mM TCEP, supplemented with 10x molar excess of ligand and, if needed, with 10 mM MgCl2 and 5mM ATP, then mixed 1:1 with reservoir of ...詳細: 10-12 mg/mL protein in 25 mM Tris/HCl pH7.5, 500mM NaCl, 2mM TCEP, supplemented with 10x molar excess of ligand and, if needed, with 10 mM MgCl2 and 5mM ATP, then mixed 1:1 with reservoir of the Procomplex screen. Several conditions resulted in crystals.

結晶

マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.78 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10-12 mg/mL protein in 25 mM Tris/HCl pH7.5, 500mM NaCl, 2mM TCEP, supplemented with 10x molar excess of ligand and, if needed, with 10 mM MgCl2 and 5mM ATP, then mixed 1:1 with reservoir of ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.99977 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99977 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.13→60.21 Å / Num. obs: 44441 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.284 % / B_iso Wilson estimate: 51.2 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_rim(I) all: 0.06 / Χ²: 0.869 / Net I/σ(I): 15.74 / Num. measured all: 323700 / Scaling rejects: 19

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.13-2.18	7.56	1.904	0.99	24707	3267	3268	0.406	2.046	100
2.18-2.24	7.675	1.59	1.22	23961	3122	3122	0.593	1.706	100
2.24-2.3	7.578	0.98	2	23212	3065	3063	0.672	1.053	99.9
2.3-2.38	7.509	0.691	2.81	22603	3010	3010	0.838	0.743	100
2.38-2.45	7.362	0.555	3.45	21114	2868	2868	0.868	0.597	100
2.45-2.54	6.964	0.413	4.46	19597	2817	2814	0.927	0.446	99.9
2.54-2.64	7.24	0.315	5.94	19664	2716	2716	0.957	0.34	100
2.64-2.74	7.672	0.227	8.3	19955	2601	2601	0.979	0.243	100
2.74-2.87	7.576	0.171	10.75	18917	2497	2497	0.989	0.183	100
2.87-3.01	7.498	0.122	14.88	18054	2408	2408	0.994	0.132	100
3.01-3.17	7.305	0.089	19.8	16838	2307	2305	0.996	0.096	99.9
3.17-3.36	6.701	0.068	24.25	14608	2184	2180	0.997	0.074	99.8
3.36-3.59	7.344	0.053	31.31	15040	2049	2048	0.998	0.057	100
3.59-3.88	7.341	0.045	35.89	14066	1917	1916	0.999	0.048	99.9
3.88-4.25	7.114	0.039	40.04	12556	1765	1765	0.999	0.042	100
4.25-4.75	6.565	0.034	41.79	10569	1610	1610	0.999	0.037	100
4.75-5.49	6.759	0.033	43.17	9800	1451	1450	0.999	0.036	99.9
5.49-6.72	7.004	0.033	42.84	8559	1224	1222	0.999	0.035	99.8
6.72-9.5	6.288	0.028	43.74	6150	981	978	1	0.03	99.7
9.5-60.207	6.217	0.022	46.35	3730	605	600	0.999	0.024	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.12rc1_2801	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.125→60.207 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2781	1879	4.71 %	RANDOM
R_work	0.2123	38047	-	-
obs	0.2154	39926	89.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 185.37 Å² / B_iso mean: 80.2971 Å² / B_iso min: 22.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.125→60.207 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5737	0	2	20	5759
B_iso mean	-	-	53.05	53.6	-
残基数	-	-	-	-	694

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5905
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.929	7913
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	866
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	996
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.053	3665

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1252-2.1826	0.2815	16	0.3397	467	483	14
2.1826-2.2469	0.3918	87	0.309	2026	2113	63
2.2469-2.3194	0.3625	133	0.2894	2961	3094	92
2.3194-2.4023	0.333	152	0.261	3208	3360	100
2.4023-2.4985	0.3293	168	0.2642	3200	3368	100
2.4985-2.6122	0.331	132	0.2698	3229	3361	100
2.6122-2.7499	0.3333	176	0.268	3208	3384	100
2.7499-2.9222	0.307	160	0.274	3230	3390	100
2.9222-3.1478	0.3158	170	0.2497	3239	3409	100
3.1478-3.4645	0.3017	148	0.2457	3248	3396	100
3.4645-3.9658	0.2927	203	0.199	3254	3457	100
3.9658-4.9961	0.2223	154	0.1635	3324	3478	100
4.9961-60.2306	0.244	180	0.1796	3453	3633	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.064	-0.3328	-0.4536	4.6551	-1.9245	2.2707	-0.2355	-0.6	-0.2763	1.6688	0.6207	1.3726	-0.0144	-1.1785	-0.3947	0.6581	0.0423	-0.0138	1.0905	0.0692	0.5609	-0.4409	15.4246	25.0326
2	3.4745	1.3765	-0.0321	3.479	-0.7921	4.0351	-0.1817	0.1642	-1.1131	-0.4077	0.1035	0.1151	1.2748	-0.4015	0.0241	0.9634	-0.0385	0.0278	0.5333	-0.0994	0.7798	10.0568	-2.1334	14.4738
3	2.6504	0.3446	0.4034	2.8741	0.4245	3.3756	-0.0541	0.084	-0.2198	-0.1006	0.0997	0.1549	0.3467	-0.1128	-0.0545	0.3455	0.0729	-0.0389	0.3745	0.08	0.3206	17.5324	13.3432	19.2153
4	3.3375	-0.8168	2.2247	2.3636	-0.6847	4.1876	-0.1961	0.1715	0.1271	-0.0814	0.0881	0.0496	-0.1692	-0.0067	0.1163	0.2416	-0.0198	0.0003	0.3106	0.0641	0.3317	11.6425	27.8229	8.3213
5	1.9734	0.2087	0.1892	2.7268	-0.9199	1.4356	0.0387	0.0357	-0.1576	-0.1293	-0.2453	-0.1866	0.2167	0.7426	0.2412	0.7267	-0.0174	-0.015	0.7611	0.0314	0.6203	-3.2415	10.5704	41.1611
6	2.7405	0.3837	-0.3071	3.9588	-0.6166	3.9207	-0.1484	-0.3226	-0.7108	0.2198	0.3093	0.3678	0.5428	-0.1825	-0.1013	0.7416	0.0068	-0.0066	0.6019	0.219	0.7811	-17.9393	-3.9979	53.0356
7	2.8976	0.7342	0.3728	3.5659	-1.1515	3.58	0.0046	-0.2687	-0.6673	0.2551	0.2325	-0.1284	0.2626	0.0808	-0.2092	0.4784	0.0115	-0.0265	0.4292	0.0308	0.4784	-14.7315	8.0995	47.106
8	3.9123	0.1459	1.9779	2.913	-0.0477	4.001	-0.2179	-0.3306	0.1613	0.8319	0.1316	-0.0424	-0.5969	0.1864	0.1199	0.6059	0.0842	-0.0104	0.3888	0.0304	0.3327	-11.8373	25.1766	52.2881

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 162 through 199 )	A	162 - 199
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 200 through 307 )	A	200 - 307
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 308 through 405 )	A	308 - 405
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 406 through 521 )	A	406 - 521
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 162 through 224 )	B	162 - 224
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 225 through 290 )	B	225 - 290
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 291 through 361 )	B	291 - 361
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 362 through 521 )	B	362 - 521

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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