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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ft4 | ||||||
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タイトル | SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z48847594 | ||||||
![]() | Syntenin-1 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer | ||||||
機能・相同性 | ![]() interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / neurexin family protein binding / Neurofascin interactions / presynapse assembly / cytoskeletal anchor activity / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of exosomal secretion ...interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / neurexin family protein binding / Neurofascin interactions / presynapse assembly / cytoskeletal anchor activity / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of exosomal secretion / frizzled binding / negative regulation of receptor internalization / protein targeting to membrane / Ephrin signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / growth factor binding / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of phosphorylation / cell adhesion molecule binding / regulation of mitotic cell cycle / protein sequestering activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / ionotropic glutamate receptor binding / ephrin receptor binding / adherens junction / positive regulation of JNK cascade / Regulation of necroptotic cell death / azurophil granule lumen / extracellular vesicle / melanosome / presynapse / actin cytoskeleton organization / positive regulation of cell growth / chemical synaptic transmission / nuclear membrane / Ras protein signal transduction / blood microparticle / cytoskeleton / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / protein heterodimerization activity / membrane raft / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: SDCBP PanDDA analysis group deposition 著者: Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 166 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 132.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002262 (34エントリ) |
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タイトル | SDCBP PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | XDomainX of XOrganismX SDCBP screened against the XXX Fragment Library by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8bluS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 21430.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 288分子 ![](data/chem/img/O0J.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/DGL.gif)
![](data/chem/img/GLY.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ALA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/DGL.gif)
![](data/chem/img/GLY.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ALA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-O0J / | ||||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-ALA / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 % / Mosaicity: 0.14 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM Morpheus amino acids, 100 mM Morpheus buffer system 1, 43% Morpheus precipitant mix 3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月14日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9179 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.17→45.12 Å / Num. obs: 39276 / % possible obs: 82.5 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 100885 / Scaling rejects: 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8BLU 解像度: 2.17→45.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 17.888 / SU ML: 0.398 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.443 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 185.23 Å2 / Biso mean: 52.863 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.17→45.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.167→2.223 Å / Total num. of bins used: 20
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