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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fjk | ||||||
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タイトル | Tyrosine phenol-lyase from pantoea agglomerans | ||||||
要素 | Tyrosine phenol-lyase | ||||||
キーワード | LYASE / Tyrosine / Pyridoxal 5'-phosphate / Phenol | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tyrosine phenol-lyase / tyrosine phenol-lyase activity / tyrosine metabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacter agglomerans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Katayama, T. / Mikamii, B. / Byun, Z. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Faecal microbiota-dependent phenol production from tyrosine 著者: Oikawa, D. / Byun, Z. / Gotoh, A. / Katoh, T. / Suzuki, C. / Kikuchi, K. / Mikami, B. / Katayama, T. / Nakayama, T. / Abe, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fjk.cif.gz | 995.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fjk.ent.gz | 690.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fjk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7fjk_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7fjk_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7fjk_validation.xml.gz | 86.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7fjk_validation.cif.gz | 133.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/7fjk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/7fjk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1c7gS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 51429.629 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Tyrosine phenol-lyase holoenzyme (internal aldimine) 由来: (組換発現) Enterobacter agglomerans (バクテリア) 遺伝子: tpl / プラスミド: pTZ19R / 詳細 (発現宿主): pTZ19R carrying tpl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / Variant (発現宿主): tnaA / 参照: UniProt: P31011, tyrosine phenol-lyase |
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-非ポリマー , 5種, 2107分子
#2: 化合物 | ChemComp-PLP / #3: 化合物 | ChemComp-PEG / | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-CIT / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 % 解説: cubic THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 21 % PEG4000, 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Sodium Dihydrogen Citrate, 0.12 M Sodium Hydroxide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→45.84 Å / Num. obs: 442369 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.17 % / Biso Wilson estimate: 12.66 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 12.01 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 4.11 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Num. unique obs: 70556 / CC1/2: 0.856 / Rrim(I) all: 0.515 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1C7G 解像度: 1.3→45.84 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.8688 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.34 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→45.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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