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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fjg
タイトルCrystal structure of butanol dehydrogenase A (YqdH) in complex with partial NADH from Fusobacterium nucleatum
要素NADH-dependent butanol dehydrogenase A
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / YqdH / partial NADH
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase [NAD(P)+] activity / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / butanol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Butanol dehydrogenase-like / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / NADH-dependent butanol dehydrogenase A
類似検索 - 構成要素
生物種Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Bai, X. / Lan, J. / Wang, L. / Bu, T. / Xu, Y.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2017M3A9F6029736 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of butanol dehydrogenase A (YqdH) in complex with partial NADH from Fusobacterium nucleatum
著者: Bai, X. / Lan, J. / Wang, L. / Bu, T. / Xu, Y.
履歴
登録2021年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH-dependent butanol dehydrogenase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8193
ポリマ－43,3361
非ポリマー4832
水27015
1
A: NADH-dependent butanol dehydrogenase A
ヘテロ分子

A: NADH-dependent butanol dehydrogenase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6386
ポリマ－86,6722
非ポリマー9664
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area30610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.426, 79.351, 212.932
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 NADH-dependent butanol dehydrogenase A


分子量: 43336.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum (strain ATCC 25586 / DSM 15643 / BCRC 10681 / CIP 101130 / JCM 8532 / KCTC 2640 / LMG 13131 / VPI 4355) (バクテリア)
遺伝子: FN1415 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: Q8R612, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.83 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.8M Ammonium phosphate monobasic, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.719→35.53 Å / Num. obs: 14933 / % possible obs: 98.53 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 53.81 Å2 / Rsym value: 0.233 / Net I/σ(I): 11.875
反射 シェル解像度: 2.719→2.817 Å / Num. unique obs: 752 / Rsym value: 1.157

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.72→35.53 Å / SU ML: 0.3656 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.4584
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2721 1493 10.01 %
Rwork0.2069 13427 -
obs0.2121 14933 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→35.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2982 0 28 15 3025
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01483069
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.56124155
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0663472
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0086523
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.87921831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.72-2.810.35771180.2591068X-RAY DIFFRACTION87.82
2.81-2.910.3511340.23871203X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.020.31191350.22891215X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.160.31641350.24051214X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.330.34021360.21431222X-RAY DIFFRACTION99.93
3.33-3.540.29471360.20931222X-RAY DIFFRACTION99.93
3.54-3.810.28011380.18441242X-RAY DIFFRACTION100
3.81-4.190.27411360.17251223X-RAY DIFFRACTION100
4.19-4.80.18521380.17671245X-RAY DIFFRACTION99.93
4.8-6.040.25321400.2071260X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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