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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fja | |||||||||
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タイトル | KpAckA (PduW) with AMPPNP, ethylene glycol complex structure | |||||||||
要素 | Probable propionate kinase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / Acetate utilization pathway / Acetate kinase / Klebsiella pneumoniae | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 propionate kinase / propanediol catabolic process / propionate kinase activity / acetate kinase activity / acetate metabolic process / propionate catabolic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu, W. / Zhang, Q. / Bartlam, M. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: KpAckA (PduW) with AMPPNP, ethylene glycol complex structure 著者: Wu, W. / Zhang, Q. / Bartlam, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fja.cif.gz | 347.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fja.ent.gz | 235.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fja.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/7fja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/7fja | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7fj7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43666.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3GUQ7, propionate kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.42 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 45% v/v Polypropylene glycol P 400, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 53723 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 15.92 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.45 / Num. unique obs: 2641 / Rpim(I) all: 0.325 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7FJ7 解像度: 2.2→43.02 Å / SU ML: 0.2097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.8361 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 15.7531099039 Å / Origin y: 22.8762267904 Å / Origin z: -12.3774682607 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |