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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fj9 | |||||||||
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タイトル | KpAckA (PduW) with AMPPNP complex structure | |||||||||
![]() | Probable propionate kinase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Acetate utilization pathway / Acetate kinase / Klebsiella pneumoniae | |||||||||
機能・相同性 | ![]() propionate kinase / propanediol catabolic process / propionate kinase activity / acetate kinase activity / acetate metabolic process / propionate catabolic process / phosphorylation / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wu, W. / Zhang, Q. / Bartlam, M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: KpAckA (PduW) with AMPPNP complex structure 著者: Wu, W. / Zhang, Q. / Bartlam, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 359.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 243.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7fj7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43666.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Ammonium citrate tribasic, 20% Polyethylene glycol 3350, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 46221 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 37.15 Å2 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 11.15 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 2266 / Rpim(I) all: 0.472 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7FJ7 解像度: 2.3→42.37 Å / SU ML: 0.308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.1514 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 16.3209050306 Å / Origin y: 21.7725219967 Å / Origin z: -13.9814106119 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |