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- PDB-7fj8: KpAckA (PduW) with AMP complex structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fj8
タイトルKpAckA (PduW) with AMP complex structure
要素Probable propionate kinase
キーワードTRANSFERASE / Acetate utilization pathway / Acetate kinase / Klebsiella pneumoniae
機能・相同性
機能・相同性情報


propionate kinase / propionate kinase activity / propanediol catabolic process / propionate catabolic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Propionate kinase PduW / Acetate and butyrate kinases family signature 2. / Acetate/propionate kinase / Aliphatic acid kinase, short-chain, conserved site / Acetate and butyrate kinases family signature 1. / Aliphatic acid kinase, short-chain / Acetokinase family / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Propionate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wu, W. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800627 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870053 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: KpAckA (PduW) with AMP complex structure
著者: Wu, W. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
履歴
登録2021年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable propionate kinase
B: Probable propionate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6793
ポリマ－87,3322
非ポリマー3471
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area28230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.098, 152.635, 131.743
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Probable propionate kinase


分子量: 43666.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3GUQ7, propionate kinase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Tris,10% (w/v) PEG-8000, 0.2M MgCl2, pH 7.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 60817 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 20.29 Å2 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 27.68
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 9.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.41 / Num. unique obs: 2928 / Rpim(I) all: 0.335 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7FJ7

7fj7


解像度: 2.1→43.04 Å / SU ML: 0.2025 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.4198
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2146 1999 3.29 %
Rwork0.1768 58781 -
obs0.178 60780 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5580 0 23 309 5912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00745700
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82147721
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0517886
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00441002
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9397800
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.130.25661010.20933003X-RAY DIFFRACTION70.45
2.13-2.180.24011440.18944215X-RAY DIFFRACTION98.82
2.18-2.250.21131450.18184256X-RAY DIFFRACTION99.57
2.25-2.320.27041440.18044258X-RAY DIFFRACTION99.39
2.32-2.40.2351450.18644247X-RAY DIFFRACTION99.61
2.4-2.50.2171450.18214254X-RAY DIFFRACTION99.5
2.5-2.610.21751450.17724278X-RAY DIFFRACTION99.62
2.61-2.750.22651450.17564257X-RAY DIFFRACTION99.62
2.75-2.920.24951460.18154308X-RAY DIFFRACTION99.73
2.92-3.150.21811440.18524229X-RAY DIFFRACTION98.12
3.15-3.470.20781460.1794295X-RAY DIFFRACTION99.78
3.47-3.970.20721480.16564351X-RAY DIFFRACTION99.98
3.97-50.16471490.14784365X-RAY DIFFRACTION100
5-43.040.21391520.19254465X-RAY DIFFRACTION98.46
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.5820579998 Å / Origin y: 22.3213676027 Å / Origin z: -12.7542017198 Å
111213212223313233
T0.125958911341 Å2-0.0246236557842 Å2-0.0127252638194 Å2-0.14714755964 Å20.00608637810074 Å2--0.0916323768148 Å2
L0.681668706561 °2-0.27193606388 °2-0.0815352039177 °2-1.12884735996 °2-0.00584381556564 °2--0.300635881456 °2
S-0.0183228799861 Å °0.107004044617 Å °0.00851711279184 Å °-0.174412465647 Å °0.0176246606698 Å °-0.00301401873606 Å °0.0284674579855 Å °-0.0828002780077 Å °0.00781670344255 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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