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万見
- PDB-7fj3: Cryo-EM structure of PRV A-capid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fj3
タイトルCryo-EM structure of PRV A-capid
要素
  • Major capsid protein
  • Small capsomere-interacting protein
  • Triplex capsid protein 1
  • Triplex capsid protein 2
キーワードVIRUS / Pseudorabies virus / C-capsid / Cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


T=16 icosahedral viral capsid / viral capsid assembly / viral process / viral capsid / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Small capsomere-interacting protein / Major capsid protein / Triplex capsid protein 2 / Triplex capsid protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.53 Å
データ登録者Zheng, Q. / Li, S. / Zha, Z. / Sun, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structures of pseudorabies virus capsids.
著者: Guosong Wang / Zhenghui Zha / Pengfei Huang / Hui Sun / Yang Huang / Maozhou He / Tian Chen / Lina Lin / Zhenqin Chen / Zhibo Kong / Yuqiong Que / Tingting Li / Ying Gu / Hai Yu / Jun Zhang / ...著者: Guosong Wang / Zhenghui Zha / Pengfei Huang / Hui Sun / Yang Huang / Maozhou He / Tian Chen / Lina Lin / Zhenqin Chen / Zhibo Kong / Yuqiong Que / Tingting Li / Ying Gu / Hai Yu / Jun Zhang / Qingbing Zheng / Yixin Chen / Shaowei Li / Ningshao Xia /
要旨: Pseudorabies virus (PRV) is a major etiological agent of swine infectious diseases and is responsible for significant economic losses in the swine industry. Recent data points to human viral ...Pseudorabies virus (PRV) is a major etiological agent of swine infectious diseases and is responsible for significant economic losses in the swine industry. Recent data points to human viral encephalitis caused by PRV infection, suggesting that PRV may be able to overcome the species barrier to infect humans. To date, there is no available therapeutic for PRV infection. Here, we report the near-atomic structures of the PRV A-capsid and C-capsid, and illustrate the interaction that occurs between these subunits. We show that the C-capsid portal complex is decorated with capsid-associated tegument complexes. The PRV capsid structure is highly reminiscent of other α-herpesviruses, with some additional structural features of β- and γ-herpesviruses. These results illustrate the structure of the PRV capsid and elucidate the underlying assembly mechanism at the molecular level. This knowledge may be useful for the development of oncolytic agents or specific therapeutics against this arm of the herpesvirus family.
履歴
登録2021年8月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Major capsid protein
1: Triplex capsid protein 2
2: Triplex capsid protein 2
3: Triplex capsid protein 2
A: Major capsid protein
B: Triplex capsid protein 1
C: Triplex capsid protein 1
D: Triplex capsid protein 1
E: Small capsomere-interacting protein
F: Small capsomere-interacting protein
G: Small capsomere-interacting protein
H: Small capsomere-interacting protein
I: Small capsomere-interacting protein
J: Small capsomere-interacting protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Small capsomere-interacting protein
M: Small capsomere-interacting protein
N: Small capsomere-interacting protein
O: Small capsomere-interacting protein
P: Small capsomere-interacting protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
S: Major capsid protein
T: Triplex capsid protein 1
U: Major capsid protein
V: Small capsomere-interacting protein
W: Triplex capsid protein 1
a: Major capsid protein
d: Triplex capsid protein 1
e: Major capsid protein
f: Major capsid protein
g: Major capsid protein
h: Triplex capsid protein 1
i: Triplex capsid protein 1
j: Triplex capsid protein 2
k: Triplex capsid protein 2
l: Major capsid protein
m: Major capsid protein
n: Major capsid protein
o: Triplex capsid protein 2
p: Major capsid protein
q: Major capsid protein
r: Triplex capsid protein 1
s: Triplex capsid protein 2
t: Triplex capsid protein 1
u: Major capsid protein
v: Triplex capsid protein 2
w: Major capsid protein
x: Triplex capsid protein 2
y: Major capsid protein
z: Triplex capsid protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,227,99351
ポリマ－3,227,99351
非ポリマー00
水00
1
0: Major capsid protein
1: Triplex capsid protein 2
2: Triplex capsid protein 2
3: Triplex capsid protein 2
A: Major capsid protein
B: Triplex capsid protein 1
C: Triplex capsid protein 1
D: Triplex capsid protein 1
E: Small capsomere-interacting protein
F: Small capsomere-interacting protein
G: Small capsomere-interacting protein
H: Small capsomere-interacting protein
I: Small capsomere-interacting protein
J: Small capsomere-interacting protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Small capsomere-interacting protein
M: Small capsomere-interacting protein
N: Small capsomere-interacting protein
O: Small capsomere-interacting protein
P: Small capsomere-interacting protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
S: Major capsid protein
T: Triplex capsid protein 1
U: Major capsid protein
V: Small capsomere-interacting protein
W: Triplex capsid protein 1
a: Major capsid protein
d: Triplex capsid protein 1
e: Major capsid protein
f: Major capsid protein
g: Major capsid protein
h: Triplex capsid protein 1
i: Triplex capsid protein 1
j: Triplex capsid protein 2
k: Triplex capsid protein 2
l: Major capsid protein
m: Major capsid protein
n: Major capsid protein
o: Triplex capsid protein 2
p: Major capsid protein
q: Major capsid protein
r: Triplex capsid protein 1
s: Triplex capsid protein 2
t: Triplex capsid protein 1
u: Major capsid protein
v: Triplex capsid protein 2
w: Major capsid protein
x: Triplex capsid protein 2
y: Major capsid protein
z: Triplex capsid protein 2
x 60


  • complete icosahedral assembly
  • 根拠: 電子顕微鏡法
  • 194 MDa, 3060 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,679,6093060
ポリマ－193,679,6093060
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
0: Major capsid protein
1: Triplex capsid protein 2
2: Triplex capsid protein 2
3: Triplex capsid protein 2
A: Major capsid protein
B: Triplex capsid protein 1
C: Triplex capsid protein 1
D: Triplex capsid protein 1
E: Small capsomere-interacting protein
F: Small capsomere-interacting protein
G: Small capsomere-interacting protein
H: Small capsomere-interacting protein
I: Small capsomere-interacting protein
J: Small capsomere-interacting protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Small capsomere-interacting protein
M: Small capsomere-interacting protein
N: Small capsomere-interacting protein
O: Small capsomere-interacting protein
P: Small capsomere-interacting protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
S: Major capsid protein
T: Triplex capsid protein 1
U: Major capsid protein
V: Small capsomere-interacting protein
W: Triplex capsid protein 1
a: Major capsid protein
d: Triplex capsid protein 1
e: Major capsid protein
f: Major capsid protein
g: Major capsid protein
h: Triplex capsid protein 1
i: Triplex capsid protein 1
j: Triplex capsid protein 2
k: Triplex capsid protein 2
l: Major capsid protein
m: Major capsid protein
n: Major capsid protein
o: Triplex capsid protein 2
p: Major capsid protein
q: Major capsid protein
r: Triplex capsid protein 1
s: Triplex capsid protein 2
t: Triplex capsid protein 1
u: Major capsid protein
v: Triplex capsid protein 2
w: Major capsid protein
x: Triplex capsid protein 2
y: Major capsid protein
z: Triplex capsid protein 2
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 16.1 MDa, 255 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,139,967255
ポリマ－16,139,967255
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
0: Major capsid protein
1: Triplex capsid protein 2
2: Triplex capsid protein 2
3: Triplex capsid protein 2
A: Major capsid protein
B: Triplex capsid protein 1
C: Triplex capsid protein 1
D: Triplex capsid protein 1
E: Small capsomere-interacting protein
F: Small capsomere-interacting protein
G: Small capsomere-interacting protein
H: Small capsomere-interacting protein
I: Small capsomere-interacting protein
J: Small capsomere-interacting protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Small capsomere-interacting protein
M: Small capsomere-interacting protein
N: Small capsomere-interacting protein
O: Small capsomere-interacting protein
P: Small capsomere-interacting protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
S: Major capsid protein
T: Triplex capsid protein 1
U: Major capsid protein
V: Small capsomere-interacting protein
W: Triplex capsid protein 1
a: Major capsid protein
d: Triplex capsid protein 1
e: Major capsid protein
f: Major capsid protein
g: Major capsid protein
h: Triplex capsid protein 1
i: Triplex capsid protein 1
j: Triplex capsid protein 2
k: Triplex capsid protein 2
l: Major capsid protein
m: Major capsid protein
n: Major capsid protein
o: Triplex capsid protein 2
p: Major capsid protein
q: Major capsid protein
r: Triplex capsid protein 1
s: Triplex capsid protein 2
t: Triplex capsid protein 1
u: Major capsid protein
v: Triplex capsid protein 2
w: Major capsid protein
x: Triplex capsid protein 2
y: Major capsid protein
z: Triplex capsid protein 2
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 19.4 MDa, 306 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,367,961306
ポリマ－19,367,961306
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質
Major capsid protein / MCP


分子量: 146101.984 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: G3G8T2
#2: タンパク質
Triplex capsid protein 2


分子量: 31763.766 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: G3G8T3
#3: タンパク質
Triplex capsid protein 1


分子量: 40008.594 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: Q85211
#4: タンパク質
Small capsomere-interacting protein


分子量: 11509.209 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: G3G8R4

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of PRV A-capsid / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.3/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Linux / タイプ: package
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8899 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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