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万見
- PDB-7fij: luteinizing hormone/choriogonadotropin receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fij
タイトルluteinizing hormone/choriogonadotropin receptor
要素Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / glycoprotein hormone receptor / GPCR / luteinizing hormone / choriogonadotropin receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


luteinizing hormone receptor activity / choriogonadotropin hormone receptor activity / choriogonadotropin hormone binding / regulation of steroid hormone biosynthetic process / development of secondary male sexual characteristics / luteinizing hormone signaling pathway / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / Hormone ligand-binding receptors / ovulation cycle process / cellular response to gonadotropin stimulus ...luteinizing hormone receptor activity / choriogonadotropin hormone receptor activity / choriogonadotropin hormone binding / regulation of steroid hormone biosynthetic process / development of secondary male sexual characteristics / luteinizing hormone signaling pathway / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / Hormone ligand-binding receptors / ovulation cycle process / cellular response to gonadotropin stimulus / cellular response to luteinizing hormone stimulus / seminiferous tubule development / male genitalia development / G protein-coupled peptide receptor activity / uterus development / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / ovarian follicle development / hormone-mediated signaling pathway / centriolar satellite / cognition / male gonad development / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / spermatogenesis / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor / BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Glycoprotein hormone receptor family / Leucine-rich repeat domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Duan, J. / Xu, P. / Cheng, X. / Mao, C. / Croll, T. / He, X. / Shi, J. / Luan, X. / Yin, W. / You, E. ...Duan, J. / Xu, P. / Cheng, X. / Mao, C. / Croll, T. / He, X. / Shi, J. / Luan, X. / Yin, W. / You, E. / Liu, Q. / Zhang, S. / Jiang, H. / Zhang, Y. / Jiang, Y. / Xu, H.E.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0507002 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structures of full-length glycoprotein hormone receptor signalling complexes.
著者: Jia Duan / Peiyu Xu / Xi Cheng / Chunyou Mao / Tristan Croll / Xinheng He / Jingjing Shi / Xiaodong Luan / Wanchao Yin / Erli You / Qiufeng Liu / Shuyang Zhang / Hualiang Jiang / Yan Zhang / ...著者: Jia Duan / Peiyu Xu / Xi Cheng / Chunyou Mao / Tristan Croll / Xinheng He / Jingjing Shi / Xiaodong Luan / Wanchao Yin / Erli You / Qiufeng Liu / Shuyang Zhang / Hualiang Jiang / Yan Zhang / Yi Jiang / H Eric Xu /
要旨: Luteinizing hormone and chorionic gonadotropin are glycoprotein hormones that are related to follicle-stimulating hormone and thyroid-stimulating hormone. Luteinizing hormone and chorionic ...Luteinizing hormone and chorionic gonadotropin are glycoprotein hormones that are related to follicle-stimulating hormone and thyroid-stimulating hormone. Luteinizing hormone and chorionic gonadotropin are essential to human reproduction and are important therapeutic drugs. They activate the same G-protein-coupled receptor, luteinizing hormone-choriogonadotropin receptor (LHCGR), by binding to the large extracellular domain. Here we report four cryo-electron microscopy structures of LHCGR: two structures of the wild-type receptor in the inactive and active states; and two structures of the constitutively active mutated receptor. The active structures are bound to chorionic gonadotropin and the stimulatory G protein (G), and one of the structures also contains Org43553, an allosteric agonist. The structures reveal a distinct 'push-and-pull' mechanism of receptor activation, in which the extracellular domain is pushed by the bound hormone and pulled by the extended hinge loop next to the transmembrane domain. A highly conserved 10-residue fragment (P10) from the hinge C-terminal loop at the interface between the extracellular domain and the transmembrane domain functions as a tethered agonist to induce conformational changes in the transmembrane domain and G-protein coupling. Org43553 binds to a pocket of the transmembrane domain and interacts directly with P10, which further stabilizes the active conformation. Together, these structures provide a common model for understanding the signalling of glycoprotein hormone receptors and a basis for drug discovery for endocrine diseases.
履歴
登録2021年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年9月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年9月29日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年9月29日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update
改定 1.32025年6月25日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31599
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6301
ポリマ－78,6301
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor / LH/CG-R / Luteinizing hormone receptor / LHR / LSH-R


分子量: 78629.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LHCGR, LCGR, LGR2, LHRHR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P22888
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: luteinizing hormone/choriogonadotropin receptor / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 70 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 311538 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0013083
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.3784279
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.984567
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042562
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.001603

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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