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Yorodumi- PDB-7fib: Crystal structure of the regulatory domain of AceR in Acinetobact... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7fib | ||||||
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Title | Crystal structure of the regulatory domain of AceR in Acinetobacter baumannii | ||||||
Components | LysR family transcriptional regulator | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / dimer / chlorhexidine resistance / LTTR | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Chi, P. / Guo, L. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of the regulatory domain of AceR in Acinetobacter baumannii Authors: Chi, P. / Guo, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7fib.cif.gz | 182.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7fib.ent.gz | 145.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7fib.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7fib_validation.pdf.gz | 446.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7fib_full_validation.pdf.gz | 454.7 KB | Display | |
Data in XML | 7fib_validation.xml.gz | 17.7 KB | Display | |
Data in CIF | 7fib_validation.cif.gz | 23.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fib | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24988.500 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (bacteria) / Gene: AceR Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A2G1TN50 #2: Chemical | ChemComp-BR / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.89 % / Description: Diamond-shaped |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 10% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.05M sodium cacodylate trihydrate pH 6.0, 0.1M sodium chloride, 0.0005M spermine PH range: 5.6-6.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.919 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 14, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.919 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 62595 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 52.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.516 / Net I/σ(I): 5.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.1→24.88 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 27.58 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 195.75 Å2 / Biso mean: 60.0339 Å2 / Biso min: 31.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→24.88 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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