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- PDB-7fi3: Archaeal oligopeptide permease A (OppA) from Thermococcus kodakar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fi3
タイトルArchaeal oligopeptide permease A (OppA) from Thermococcus kodakaraensis in complex with an endogenous pentapeptide
要素
  • ABC-type dipeptide/oligopeptide transport system
  • endogenous pentapeptide
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / oligopeptide permease
機能・相同性CGP-CTERM domain / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ABC-type dipeptide/oligopeptide transport system, probable periplasmic component
機能・相同性情報
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yokoyama, H. / Kamei, N. / Konishi, K. / Hara, K. / Hashimoto, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17K07316 日本
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2022
タイトル: Structural basis for peptide recognition by archaeal oligopeptide permease A.
著者: Yokoyama, H. / Kamei, N. / Konishi, K. / Hara, K. / Ishikawa, Y. / Matsui, I. / Forterre, P. / Hashimoto, H.
履歴
登録2021年7月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC-type dipeptide/oligopeptide transport system
B: ABC-type dipeptide/oligopeptide transport system
C: ABC-type dipeptide/oligopeptide transport system
D: ABC-type dipeptide/oligopeptide transport system
E: endogenous pentapeptide
F: endogenous pentapeptide
G: endogenous pentapeptide
H: endogenous pentapeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,08825
ポリマ－339,6958
非ポリマー1,39317
水23,4921304
1
A: ABC-type dipeptide/oligopeptide transport system
E: endogenous pentapeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4367
ポリマ－84,9242
非ポリマー5125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area26460 Å2
手法PISA
2
B: ABC-type dipeptide/oligopeptide transport system
F: endogenous pentapeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3446
ポリマ－84,9242
非ポリマー4204
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area26640 Å2
手法PISA
3
C: ABC-type dipeptide/oligopeptide transport system
G: endogenous pentapeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1546
ポリマ－84,9242
非ポリマー2304
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area26760 Å2
手法PISA
4
D: ABC-type dipeptide/oligopeptide transport system
H: endogenous pentapeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1546
ポリマ－84,9242
非ポリマー2304
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area26700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.661, 118.635, 112.718
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.320, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 34 - 757 / Label seq-ID: 5 - 728

Dom-IDComponent-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
111AA
211BB
122AA
222CC
133AA
233DD
144BB
244CC
155BB
255DD
166CC
266DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
ABC-type dipeptide/oligopeptide transport system


分子量: 84480.195 Da / 分子数: 4 / 変異: I302M, L446M, L557M, L636M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK1804 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JJ92
#2: タンパク質・ペプチド
endogenous pentapeptide


分子量: 443.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 1321分子

#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 1500, MIB (sodium malonate, imidazole, and boric acid)

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.97864 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97864 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 137907 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.694 / Num. unique obs: 20087 / CC1/2: 0.78

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 12.08 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.383 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1918 13814 10 %RANDOM
Rwork0.1586 ---
obs0.162 124069 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.42 Å2 / Biso mean: 26.299 Å2 / Biso min: 9.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0 Å2-0.72 Å2
2--0.37 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23548 0 88 1304 24940
Biso mean--39.04 29.37 -
残基数----2916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01324335
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01721168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7281.64833153
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.441.57849172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8152908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.3623.4351316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.236153540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6641592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.23060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0227484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025400
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A252940.07
12B252940.07
21A254160.06
22C254160.06
31A253790.06
32D253790.06
41B252800.06
42C252800.06
51B253310.07
52D253310.07
61C253210.07
62D253210.07
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 985 -
Rwork0.23 9084 -
all-10069 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.21710.0046-0.01550.15890.02350.37860.0128-0.0073-0.05670.0391-0.0168-0.0308-0.0114-0.02770.0040.04550.0002-0.01070.00710.01450.052632.6437-22.924728.1454
20.2243-0.0054-0.05580.29870.0630.3973-0.0470.0533-0.01330.01780.0270.02470.0338-0.15850.020.0147-0.0146-0.0030.1345-0.0250.02490.4605-6.8202-15.1945
30.3255-0.10560.09850.16840.07640.2477-0.03480.02040.0155-0.04120.0144-0.0001-0.10220.05620.02040.0806-0.0305-0.01980.0174-0.00260.037356.836113.607521.415
40.2355-0.0768-0.02520.4543-0.03240.2105-0.02990.06560.0164-0.01140.0265-0.062-0.0046-0.04230.00350.0569-0.0119-0.01390.04160.00970.021335.260616.1593-30.4957
522.7684-0.1646.95480.2222-1.358811.1485-0.3048-0.6170.0011-0.00030.0713-0.05390.1437-0.06230.23350.1080.0662-0.00860.2035-0.04980.107931.1763-20.000725.2543
64.91471.7477-2.11764.62152.52173.59330.09970.20510.0843-0.2268-0.29890.3095-0.2516-0.39940.19920.07770.004-0.00310.1215-0.03910.07514.4408-7.2915-13.233
76.77192.40620.44861.58330.25940.0436-0.3359-0.24760.2780.04230.3068-0.206300.0330.02910.29120.057-0.07050.2189-0.09870.236254.735311.865617.9862
80.9238-2.78292.54388.3993-7.68087.02440.07880.09720.0532-0.2252-0.2508-0.1840.20260.21970.1720.06310.0662-0.00110.133-0.0420.113534.908915.4059-26.2606
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A34 - 757
2X-RAY DIFFRACTION2B34 - 757
3X-RAY DIFFRACTION3C34 - 757
4X-RAY DIFFRACTION4D34 - 757
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 5
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 5
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 5
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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