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- PDB-7fhm: Crystal structure of an orphan heme uptake protein (MhuP) of ABC ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fhm
タイトルCrystal structure of an orphan heme uptake protein (MhuP) of ABC transporter from Mycobacterium tuberculosis (Form I)
要素Probable periplasmic iron-transport lipoprotein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Hemoglobin / Iron homeostasis / Nutritional immunity / substrate-binding protein / nucleotide-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CITRIC ACID / CARBON DIOXIDE / CARBONATE ION / Probable periplasmic iron-transport lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Mandal, S.K. / Kanaujia, S.P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR16065/NER/95/61/2015 インド
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022
タイトル: Role of an orphan substrate-binding protein MhuP in transient heme transfer in Mycobacterium tuberculosis
著者: Mandal, S.K. / Kanaujia, S.P.
履歴
登録2021年7月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable periplasmic iron-transport lipoprotein
B: Probable periplasmic iron-transport lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,99811
ポリマ－65,2422
非ポリマー7569
水12,538696
1
A: Probable periplasmic iron-transport lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0716
ポリマ－32,6211
非ポリマー4505
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area480 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area13190 Å2
手法PISA
2
B: Probable periplasmic iron-transport lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9265
ポリマ－32,6211
非ポリマー3054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area12940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.340, 39.410, 94.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 9 - 298 / Label seq-ID: 9 - 298

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Probable periplasmic iron-transport lipoprotein


分子量: 32621.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv0265c / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: L7N6B2

-
非ポリマー , 7種, 705分子

#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE


分子量: 44.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2
#6: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 696 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
解説: Monoclinic THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M citrate pH 5.0 and 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年2月26日 / 詳細: Vari Max HF
放射モノクロメーター: Ni / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→55.09 Å / Num. obs: 61369 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.8-1.844.50.46535640.8190.2450.52799.8
9-55.094.40.0365590.9950.0190.04299.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.91 Å55.03 Å
Translation4.91 Å55.03 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-30003000データ収集
MOSFLM7.3.0データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.4.1モデル構築
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PM4

4pm4


解像度: 1.8→55.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.256 / SU ML: 0.07 / SU R Cruickshank DPI: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1893 3055 5 %RANDOM
Rwork0.1552 ---
obs0.1569 58301 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.47 Å2 / Biso mean: 24.433 Å2 / Biso min: 8.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å2-0 Å20.19 Å2
2---0.42 Å2-0 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→55.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4466 0 50 696 5212
Biso mean--36.71 31.91 -
残基数----583
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0134686
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8091.6316403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.511.57810447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6565605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.98122.265234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56515741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8761532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.025376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021068
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9218 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 210 -
Rwork0.241 4249 -
all-4459 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64620.0038-0.17130.4046-0.04060.52260.01130.08740.002-0.0766-0.0290.0701-0.0238-0.05070.01770.01670.0077-0.01290.0231-0.00910.040119.1265-9.24738.8905
20.8497-0.44570.43491.1145-0.34561.9470.0720.09980.0583-0.1781-0.0151-0.06470.27120.0439-0.05690.05660.00630.00030.03110.01160.0122-11.3985-2.854220.1794
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 299
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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