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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fgk | ||||||
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タイトル | The Fab antibody single structure against tau protein. | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / tauopathies / tau protein / antibody / Alzheimer's disease / fab domain | ||||||
機能・相同性 | IODIDE ION![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tsuchida, T. / Susa, K. / Kibiki, T. / Tsuchiya, T. / Miyamoto, K. / In, Y. / Minoura, K. / Taniguchi, T. / Ishida, T. / Tomoo, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: The free structure of the Fab domain of antibody that recognizes the PHF core region VQIINK in Tau protein. 著者: Tsuchida, T. / Susa, K. / Kibiki, T. / Tsuchiya, T. / Miyamoto, K. / In, Y. / Minoura, K. / Taniguchi, T. / Ishida, T. / Tomoo, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 457.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 465.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4hk3S ![]() 5eorS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23229.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||||
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#2: 抗体 | 分子量: 23531.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 20% PEG 3350, 15% Glycerol, 0.1M Ammonium iodide, 10mM Tris-HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年5月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5406 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→27.82 Å / Num. obs: 22009 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.62 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.458 / Num. unique obs: 22009 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4HK3, 5EOR 解像度: 2.3→27.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 10.52 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.789 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.3→27.82 Å
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拘束条件 |
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