PDB-7fgk: The Fab antibody single structure against tau protein.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fgk

タイトル

The Fab antibody single structure against tau protein.

要素

Fab Heavy Chain
Fab Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / tauopathies / tau protein / antibody / Alzheimer's disease / fab domain

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / IODIDE ION

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Tsuchida, T. / Susa, K. / Kibiki, T. / Tsuchiya, T. / Miyamoto, K. / In, Y. / Minoura, K. / Taniguchi, T. / Ishida, T. / Tomoo, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The free structure of the Fab domain of antibody that recognizes the PHF core region VQIINK in Tau protein.
著者: Tsuchida, T. / Susa, K. / Kibiki, T. / Tsuchiya, T. / Miyamoto, K. / In, Y. / Minoura, K. / Taniguchi, T. / Ishida, T. / Tomoo, K.

履歴

登録	2021年7月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fgk.cif.gz	105.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fgk.ent.gz	79 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fgk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7fgk_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7fgk_full_validation.pdf.gz	465.7 KB	表示
XML形式データ	7fgk_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	7fgk_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/7fgk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/7fgk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hk3S 5eorS 6lra S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Fab Heavy Chain

L: Fab Light Chain

ヘテロ分子

47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.140, 70.780, 41.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.55, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	Fab Heavy Chain 分子量: 23229.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	Fab Light Chain 分子量: 23531.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 20% PEG 3350, 15% Glycerol, 0.1M Ammonium iodide, 10mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5406 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年5月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→27.82 Å / Num. obs: 22009 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.62 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / R_merge(I) obs: 0.458 / Num. unique obs: 22009

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HK3, 5EOR

4hk3

5eor

解像度: 2.3→27.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 10.52 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29907	1186	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19923	-	-	-
obs	0.20441	22009	99.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.789 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.39 Å²	0 Å²	1.69 Å²
2-	-	-0.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→27.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3245	0	14	379	3638

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3335
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3046
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.651	1.643	4544
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.178	1.572	7078
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.962	5	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.949	24.219	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.563	15	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.547	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	456
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3754
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	708
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.92	5.717	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.909	5.714	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.139	8.549	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.138	8.551	2147
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.819	6.08	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.817	6.081	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.427	8.934	2399
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.582	67.59	3614
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.581	67.605	3615
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.41	90	-
R_work	0.301	1609	-
obs	-	-	99.82 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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