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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fgj | ||||||
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タイトル | The cross-reaction complex structure with VQILNK peptide and the tau antibody's Fab domain. | ||||||
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機能・相同性 | IODIDE ION![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tsuchida, T. / Tsuchiya, T. / Miyamoto, K. / In, Y. / Minoura, K. / Taniguchi, T. / Ishida, T. / Tomoo, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: The cross-reaction complex structure with VQILNK peptide and the antibody's Fab domain. 著者: Tsuchida, T. / Tsuchiya, T. / Miyamoto, K. / In, Y. / Minoura, K. / Taniguchi, T. / Ishida, T. / Tomoo, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6lraS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 714.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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-抗体 , 2種, 2分子 HL
#1: 抗体 | ![]() 分子量: 23229.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | ![]() 分子量: 23402.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 467分子 ![](data/chem/img/IOD.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-IOD / ![]() #5: 化合物 | ChemComp-CL / ![]() #6: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() #7: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.54 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 18% PEG 3350, 15% Glycerol, 0.2M Ammonium iodide, 10mM Tris-HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.89→33.15 Å / Num. obs: 39868 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 6.65 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.401 / Num. unique obs: 39868 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 6LRA 解像度: 1.89→33.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.524 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.866 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.89→33.15 Å
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拘束条件 |
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