PDB-7ff4: The crystal structure of Clostridium cellulolyticum LacI family t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ff4

タイトル

The crystal structure of Clostridium cellulolyticum LacI family transcriptional regulator Ccel_1438

要素

Transcriptional regulator, LacI family

キーワード

TRANSCRIPTION / LacI family transcriptional regulator

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ruminiclostridium cellulolyticum H10 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Zhang, N. / Ge, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of Clostridium cellulolyticum LacI family transcriptional regulator Ccel_1438
著者: Zhang, N. / Ge, H.

履歴

登録	2021年7月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ff4.cif.gz	452.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ff4.ent.gz	374.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ff4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ff4_validation.pdf.gz	471.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ff4_full_validation.pdf.gz	500.4 KB	表示
XML形式データ	7ff4_validation.xml.gz	44 KB	表示
CIF形式データ	7ff4_validation.cif.gz	61.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/7ff4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/7ff4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1rzrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (6) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, LacI family

B: Transcriptional regulator, LacI family

C: Transcriptional regulator, LacI family

D: Transcriptional regulator, LacI family

154 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional regulator, LacI family

B: Transcriptional regulator, LacI family

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
77.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Transcriptional regulator, LacI family

D: Transcriptional regulator, LacI family

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	194.518, 194.518, 118.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and resid 60 through 337)
2	1	chain B
3	1	(chain C and resid 60 through 337)
4	1	(chain D and resid 60 through 337)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 60 - 337 / Label seq-ID: 60 - 337

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	(chain A and resid 60 through 337)	A	A
2	chain B	B	B
3	(chain C and resid 60 through 337)	C	C
4	(chain D and resid 60 through 337)	D	D

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, LacI family 分子量: 38580.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ruminiclostridium cellulolyticum H10 (バクテリア) 株: H10 / 遺伝子: Ccel_1438 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8I1W6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Bis Tris Propane pH 6.5, 0.2 M Trisodium citrate dihydrate, 20% w/v PEG 3350, 12% v/v Ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→48.64 Å / Num. obs: 85663 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 2.19→2.27 Å / R_merge(I) obs: 0.76 / Num. unique obs: 8185 / CC_1/2: 0.742

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RZR

1rzr

解像度: 2.19→48.629 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2076	4310	5.03 %
R_work	0.1778	81316	-
obs	0.1793	85626	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 199.83 Å² / B_iso mean: 60.7669 Å² / B_iso min: 29.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.19→48.629 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8792	0	0	245	9037
B_iso mean	-	-	-	56.15	-
残基数	-	-	-	-	1117

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3364	X-RAY DIFFRACTION	7.988	TORSIONAL
1	2	B	3364	X-RAY DIFFRACTION	7.988	TORSIONAL
1	3	C	3364	X-RAY DIFFRACTION	7.988	TORSIONAL
1	4	D	3364	X-RAY DIFFRACTION	7.988	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1902-2.2151	0.3001	112	0.2779	2567	93
2.2151-2.2412	0.2834	98	0.2685	2642	96
2.2412-2.2685	0.2946	134	0.2592	2628	97
2.2685-2.2972	0.2675	187	0.248	2667	99
2.2972-2.3274	0.2959	149	0.2385	2748	99
2.3274-2.3593	0.2817	182	0.2357	2636	100
2.3593-2.393	0.2556	149	0.2264	2730	100
2.393-2.4287	0.2712	162	0.2245	2726	100
2.4287-2.4667	0.2237	159	0.205	2696	100
2.4667-2.5071	0.2542	161	0.2009	2693	100
2.5071-2.5504	0.242	190	0.1994	2694	100
2.5504-2.5967	0.241	156	0.2115	2725	100
2.5967-2.6467	0.2606	138	0.2057	2767	100
2.6467-2.7007	0.2578	113	0.2083	2747	100
2.7007-2.7594	0.2471	181	0.2129	2666	100
2.7594-2.8236	0.2757	115	0.2006	2760	100
2.8236-2.8942	0.2602	60	0.207	2800	100
2.8942-2.9724	0.2338	142	0.2067	2735	100
2.9724-3.0599	0.2218	174	0.2071	2693	100
3.0599-3.1586	0.2223	158	0.2012	2687	100
3.1586-3.2715	0.2314	124	0.2063	2772	100
3.2715-3.4025	0.2301	110	0.192	2796	100
3.4025-3.5573	0.1982	166	0.1764	2667	100
3.5573-3.7448	0.1878	174	0.1632	2717	100
3.7448-3.9793	0.183	152	0.1601	2691	100
3.9793-4.2863	0.1725	117	0.1457	2767	100
4.2863-4.7174	0.1725	177	0.1358	2688	100
4.7174-5.3992	0.1815	112	0.1496	2768	100
5.3992-6.7995	0.2167	118	0.1842	2728	100
6.7995-48	0.1608	140	0.1448	2715	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.568	-0.481	0.2519	0.5406	-0.043	0.302	-0.0812	0.2784	0.1149	0.0665	0.2893	0.3266	0.0034	0.1462	0.0022	0.4248	-0.0264	0.0321	0.4552	-0.0133	0.5464	-33.1417	-15.0831	22.334
2	2.0938	-0.0481	0.6071	1.2509	-0.4817	0.6534	-0.1961	0.5862	0.1613	-0.1646	0.1117	-0.2844	-0.0337	0.2068	-0.0002	0.4054	-0.0886	0.0829	0.5043	0.0263	0.4033	-23.1804	-13.4809	13.9042
3	1.3494	0.5208	-0.1603	2.1979	0.8573	1.8407	-0.0333	0.1775	0.0377	-0.191	0.1413	-0.0474	-0.1872	0.0357	0.0003	0.4081	0.0278	0.044	0.3924	-0.0244	0.3178	-39.0822	-39.3812	8.3223
4	-0.0086	0.0902	-0.051	0.5931	-0.0248	0.3815	0.0385	0.0309	-0.152	0.1079	0.0466	-0.1767	0.0283	0.0685	0.0001	0.3678	0.01	0.0393	0.3739	-0.0286	0.4326	-28.1084	-28.0544	23.6174
5	3.5227	-1.0711	1.7056	0.6984	-0.0805	1.1363	-0.4263	-0.2012	0.5175	0.1189	0.0717	0.0747	-0.1125	-0.2251	-0.002	0.4996	0.0247	-0.0561	0.3877	-0.0503	0.5756	-44.6393	-1.6968	20.6293
6	0.897	-0.2173	-0.178	0.5121	-0.3677	0.3958	0.0827	0.0946	0.2369	0.0404	-0.0087	-0.0328	-0.1426	-0.173	-0.0006	0.3866	0.0594	-0.0056	0.4864	0.0218	0.3838	-70.0209	-13.1526	12.1504
7	1.1268	-0.1405	-0.0606	1.9988	-0.4904	1.1995	-0.0889	-0.1966	-0.4479	0.1091	0.0022	-0.2452	0.0588	0.0421	-0.0004	0.3744	0.036	-0.0175	0.4566	0.0394	0.4658	-63.7913	-24.5735	13.1959
8	1.5118	-0.6085	0.2441	0.4386	-0.3947	0.4137	-0.1626	0.3518	0.4893	0.0067	-0.0256	-0.1383	-0.0896	-0.0644	-0.0027	0.455	0.0131	-0.0305	0.4205	0.0922	0.53	-53.8375	-2.8192	7.6873
9	0.6414	0.1968	0.4441	0.477	0.346	0.3939	-0.1462	0.0232	0.168	-0.1317	0.3009	0.1073	0.0591	-0.0314	-0.0002	0.4899	-0.074	-0.1233	0.4178	0.0038	0.5203	-44.4471	-73.9351	30.4982
10	0.7024	0.1555	0.7213	0.5642	0.6282	1.1342	0.2593	-0.2897	-0.1494	0.3602	-0.1701	-0.0902	0.2246	-0.3413	0.0011	0.5326	-0.0735	-0.152	0.5166	0.0535	0.4264	-44.0825	-74.4434	44.5409
11	1.5866	-0.8772	0.0018	2.7385	0.1316	1.8579	0.0173	-0.0253	-0.1933	0.2143	0.0126	0.3657	0.0558	-0.1924	-0.0005	0.4165	-0.0431	0.0132	0.3905	0.0002	0.3916	-54.275	-46.6602	35.1871
12	0.2657	0.3042	0.1254	0.4684	0.4127	0.479	0.1039	0.0326	-0.0806	-0.0131	0.0655	-0.1945	-0.0223	-0.0008	-0.0005	0.3879	-0.0209	-0.0976	0.3422	-0.0222	0.4087	-37.2989	-60.6954	34.0421
13	0.0882	-0.0324	-0.098	0.6384	-0.4866	0.4682	0.0288	0.1583	-0.2081	0.0496	-0.0063	-0.1473	-0.2027	0.0156	0.0005	0.5367	0.0626	0.0749	0.4573	0.107	0.5351	-42.2156	-24.6365	67.0276
14	0.7662	-0.8684	0.1426	1.1851	0.134	0.9743	-0.0513	0.0106	-0.1557	-0.3673	0.167	0.4766	0.0218	-0.136	0.0011	0.5207	0.0456	-0.0678	0.3745	0.0766	0.5251	-49.5387	-23.8028	55.4377
15	0.3989	-0.2616	-0.7407	0.5889	0.1636	1.573	0.0859	0.0729	-0.0296	-0.1315	-0.0847	0.0814	-0.1518	0.1519	0	0.5432	-0.0356	0.0046	0.4634	0.0719	0.5197	-22.9108	-15.7252	45.1473
16	0.8169	-0.2379	0.1049	1.1155	-0.2855	2.6526	-0.183	-0.1838	-0.3166	0.0279	-0.1229	0.0758	0.8667	0.7552	-0.0009	0.6416	0.154	0.0644	0.5556	0.1059	0.5509	-16.8215	-25.6983	50.1649
17	0.2576	-0.5274	0.3974	1.089	-0.7531	1.2258	0.0334	-0.129	0.1054	0.3087	0.0036	0.0513	-0.3008	0.2489	0.0012	0.5501	-0.0148	-0.0119	0.3901	0.0106	0.4402	-35.2197	-12.6681	60.0658

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 58 through 88 )	A	58 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 89 through 160 )	A	89 - 160
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 161 through 295 )	A	161 - 295
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 296 through 337 )	A	296 - 337
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 60 through 160 )	B	60 - 160
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 161 through 206 )	B	161 - 206
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 207 through 295 )	B	207 - 295
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 296 through 337 )	B	296 - 337
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 59 through 100 )	C	59 - 100
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 101 through 160 )	C	101 - 160
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 161 through 295 )	C	161 - 295
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 296 through 337 )	C	296 - 337
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 58 through 100 )	D	58 - 100
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 101 through 160 )	D	101 - 160
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 161 through 205 )	D	161 - 205
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 206 through 295 )	D	206 - 295
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 296 through 337 )	D	296 - 337

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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