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- PDB-7fev: Crystal structure of Old Yellow Enzyme6 (OYE6) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fev
タイトルCrystal structure of Old Yellow Enzyme6 (OYE6)
要素FMN binding
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavoenzyme / Ascochyta rabiei / FMN-binding / Fungal OYEs
機能・相同性: / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / FMN binding / Aldolase-type TIM barrel / oxidoreductase activity / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN binding
機能・相同性情報
生物種Ascochyta rabiei (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.594 Å
データ登録者Singh, Y. / Sharma, R. / Mishra, M. / Verma, P.K. / Saxena, A.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India) インド
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of ArOYE6 reveals a novel C-terminal helical extension and mechanistic insights into the distinct class III OYEs from pathogenic fungi.
著者: Singh, Y. / Sharma, R. / Mishra, M. / Verma, P.K. / Saxena, A.K.
履歴
登録2021年7月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年5月25日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.32022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FMN binding
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6372
ポリマ－49,1801
非ポリマー4561
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area18040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.850, 59.137, 122.806
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 FMN binding / Old yellow enzyme 6


分子量: 49180.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ascochyta rabiei (菌類) / 遺伝子: ST47_g1359 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8PB08
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.96 % / 解説: Plate shaped crystals were observed
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5; bicine, 0.10 M carboxylic acid;37.5% MPD, PEG1000 and PEG3350
PH範囲: 7.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月26日
放射モノクロメーター: Variable line spacing plane grating
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 58195 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 21.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 2.379 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 428330
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.5-1.536.30.84430860.7640.3580.9181.11199.4
1.53-1.556.90.71230850.8460.290.7690.78499.7
1.55-1.587.30.62530920.8690.2460.6720.76599.8
1.58-1.627.50.53931170.9080.210.5790.79599.8
1.62-1.657.50.45431260.9440.1760.4870.805100
1.65-1.697.60.39531090.9550.1520.4240.82899.9
1.69-1.737.60.3431130.970.1310.3640.946100
1.73-1.787.70.26531060.9770.1020.2840.877100
1.78-1.837.70.22431310.9810.0860.240.963100
1.83-1.897.10.24925830.9790.0980.2681.25982.5
1.89-1.965.80.26322320.9490.1050.2848.10271.2
1.96-2.047.80.12431450.9940.0470.1331.426100
2.04-2.137.80.10831360.9950.0410.1161.787100
2.13-2.247.30.13821340.980.0550.1494.11568.2
2.24-2.387.20.12621640.9820.050.1354.98368.3
2.38-2.567.80.07531680.9940.0290.082.409100
2.56-2.827.80.07231930.9960.0280.0773.14100
2.82-3.237.80.06531840.9970.0250.073.896100
3.23-4.076.70.07318980.9940.0290.0787.7458.2
4.07-507.20.05833930.9930.0230.0636.72499.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KRU

3kru


解像度: 1.594→19.703 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 2478 4.87 %
Rwork0.1719 48450 -
obs0.1733 50928 97.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.98 Å2 / Biso mean: 29.3186 Å2 / Biso min: 12.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.594→19.703 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3429 0 31 261 3721
Biso mean--18.03 34.2 -
残基数----420
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.594-1.62450.30571100.2625236387
1.6245-1.65760.3271360.2414268498
1.6576-1.69370.27911590.2405265599
1.6937-1.7330.28021530.2234268399
1.733-1.77640.24231370.2181270699
1.7764-1.82430.2671230.2009272399
1.8243-1.8780.22561290.1915271899
1.878-1.93860.20691340.1865271899
1.9386-2.00780.24581420.179271099
2.0078-2.08810.21611250.1721275599
2.0881-2.1830.18361490.1699269699
2.183-2.29790.21091530.1743271099
2.2979-2.44170.2331330.1794272399
2.4417-2.62980.21171220.1783274498
2.6298-2.89370.20291540.1792269798
2.8937-3.31070.20091470.1805272497
3.3107-4.16460.16431080.1456272996
4.1646-19.7030.15451640.1448271292
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.0772 Å / Origin y: 0.7484 Å / Origin z: 17.9679 Å
111213212223313233
T0.1133 Å20.0055 Å2-0.0131 Å2-0.1287 Å20.0005 Å2--0.1298 Å2
L1.0816 °2-0.3458 °2-0.2847 °2-1.3011 °20.0906 °2--1.2165 °2
S-0.0114 Å °-0.0442 Å °-0.0138 Å °-0.0378 Å °-0 Å °-0.0676 Å °-0.0107 Å °0.1145 Å °0.0149 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 445
2X-RAY DIFFRACTION1allC401
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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