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万見
- PDB-7fdo: Crystal structure of transcription factor CPC in complex with EGL3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fdo
タイトルCrystal structure of transcription factor CPC in complex with EGL3
要素
  • Transcription factor CPC
  • Transcription factor EGL1
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of trichoblast fate specification / trichome differentiation / stomatal complex formation / jasmonic acid mediated signaling pathway / epidermal cell fate specification / epidermal cell differentiation / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Plant bHLH transcription factor, ACT-like domain / Transcription factor MYC/MYB N-terminal / bHLH-MYC and R2R3-MYB transcription factors N-terminal / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain ...: / : / Plant bHLH transcription factor, ACT-like domain / Transcription factor MYC/MYB N-terminal / bHLH-MYC and R2R3-MYB transcription factors N-terminal / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor CPC / Transcription factor EGL1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.752 Å
データ登録者Wang, B. / Luo, Q.
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2021
タイトル: Structural insights into partner selection for MYB and bHLH transcription factor complexes.
著者: Wang, B. / Luo, Q. / Li, Y. / Du, K. / Wu, Z. / Li, T. / Shen, W.H. / Huang, C.H. / Gan, J. / Dong, A.
履歴
登録2021年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor EGL1
B: Transcription factor CPC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0694
ポリマ－28,9382
非ポリマー1322
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.054, 50.358, 81.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.230, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor EGL1 / Basic helix-loop-helix protein 2 / AtMYC146 / AtbHLH2 / bHLH 2 / Protein ENHANCER OF GLABRA 3 / ...Basic helix-loop-helix protein 2 / AtMYC146 / AtbHLH2 / bHLH 2 / Protein ENHANCER OF GLABRA 3 / Transcription factor EN 30 / bHLH transcription factor bHLH002


分子量: 21682.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: BHLH2, EGL1, EGL3, EN30, MYC146, At1g63650, F24D7.16
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CAD0
#2: タンパク質 Transcription factor CPC / Protein CAPRICE


分子量: 7255.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CPC, At2g46410, F11C10.10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O22059
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 6.5, 20% PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 34121 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.024 / Rpim(I) all: 0.01 / Rrim(I) all: 0.026 / Χ2: 0.914 / Net I/σ(I): 20.9 / Num. measured all: 209244
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.75-1.815.20.31334380.2750.1470.3480.98398.9
1.81-1.895.70.18234230.9830.0820.20.76198.8
1.89-1.975.90.1434330.9910.0610.1530.86598.7
1.97-2.0760.10234240.9960.0450.1120.92498.1
2.07-2.260.05634020.9980.0240.0610.92698
2.2-2.376.70.04334890.9990.0180.0460.96599.8
2.37-2.616.70.03334780.9990.0130.0350.9599.4
2.61-2.996.50.02633930.9990.0110.0280.95497.2
2.99-3.776.60.02133940.9990.0090.0230.99796.4
3.77-306.20.01832470.9990.0080.020.78690.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC7.0.076精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RRU

4rru


解像度: 1.752→28.701 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 20.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2232 1679 5.15 %
Rwork0.1981 --
obs0.1993 32622 93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.64 Å2 / Biso mean: 31.0383 Å2 / Biso min: 5.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.752→28.701 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1695 0 6 139 1840
Biso mean--57.6 33.42 -
残基数----214
LS精密化 シェル解像度: 1.752→1.8036 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2486 104
Rwork0.2186 -
obs-1974

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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