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- PDB-7fdm: Crystal structure of transcription factor MYB29 in complex with MYC3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fdm
タイトルCrystal structure of transcription factor MYB29 in complex with MYC3
要素
  • Transcription factor MYB29
  • Transcription factor MYC3
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


drought recovery / regulation of glucosinolate biosynthetic process / regulation of RNA binding transcription factor activity / regulation of response to water deprivation / cellular response to sulfur starvation / negative regulation of ethylene-activated signaling pathway / induced systemic resistance / mitochondria-nucleus signaling pathway / extracellular ATP signaling / response to insect ...drought recovery / regulation of glucosinolate biosynthetic process / regulation of RNA binding transcription factor activity / regulation of response to water deprivation / cellular response to sulfur starvation / negative regulation of ethylene-activated signaling pathway / induced systemic resistance / mitochondria-nucleus signaling pathway / extracellular ATP signaling / response to insect / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / stomatal complex development / jasmonic acid mediated signaling pathway / response to high light intensity / response to jasmonic acid / bHLH transcription factor binding / response to water deprivation / defense response to fungus / hormone-mediated signaling pathway / response to bacterium / defense response / response to wounding / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor AIB/MYC-like / Transcription factor MYC/MYB N-terminal / bHLH-MYC and R2R3-MYB transcription factors N-terminal / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily ...Transcription factor AIB/MYC-like / Transcription factor MYC/MYB N-terminal / bHLH-MYC and R2R3-MYB transcription factors N-terminal / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor MYC3 / Transcription factor MYB29
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Luo, Q. / Wang, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)NSFC31930017 中国
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2021
タイトル: Structural insights into partner selection for MYB and bHLH transcription factor complexes.
著者: Wang, B. / Luo, Q. / Li, Y. / Du, K. / Wu, Z. / Li, T. / Shen, W.H. / Huang, C.H. / Gan, J. / Dong, A.
履歴
登録2021年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor MYC3
B: Transcription factor MYC3
C: Transcription factor MYB29
D: Transcription factor MYB29


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3154
ポリマ－53,3154
非ポリマー00
水25214
1
A: Transcription factor MYC3
C: Transcription factor MYB29


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6582
ポリマ－26,6582
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9530 Å2
手法PISA
2
B: Transcription factor MYC3
D: Transcription factor MYB29


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6582
ポリマ－26,6582
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.247, 85.247, 57.017
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 46 through 78 or resid 84...
21(chain B and (resid 46 through 53 or (resid 54...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNASPASP(chain A and (resid 46 through 78 or resid 84...AA46 - 783 - 35
12GLYGLYGLYGLY(chain A and (resid 46 through 78 or resid 84...AA8441
13ASPASPASNASN(chain A and (resid 46 through 78 or resid 84...AA85 - 8642 - 43
14GLNGLNASNASN(chain A and (resid 46 through 78 or resid 84...AA46 - 2383 - 195
15GLNGLNASNASN(chain A and (resid 46 through 78 or resid 84...AA46 - 2383 - 195
16GLNGLNASNASN(chain A and (resid 46 through 78 or resid 84...AA46 - 2383 - 195
17GLNGLNASNASN(chain A and (resid 46 through 78 or resid 84...AA46 - 2383 - 195
21GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 46 through 53 or (resid 54...BB46 - 533 - 10
22GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 46 through 53 or (resid 54...BB5411
23GLNGLNASNASN(chain B and (resid 46 through 53 or (resid 54...BB46 - 2383 - 195
24GLNGLNASNASN(chain B and (resid 46 through 53 or (resid 54...BB46 - 2383 - 195
25GLNGLNASNASN(chain B and (resid 46 through 53 or (resid 54...BB46 - 2383 - 195
26GLNGLNASNASN(chain B and (resid 46 through 53 or (resid 54...BB46 - 2383 - 195

-
要素

#1: タンパク質 Transcription factor MYC3 / Basic helix-loop-helix protein 5 / AtbHLH5 / bHLH 5 / Protein ALTERED TRYPTOPHAN REGULATION 2 / ...Basic helix-loop-helix protein 5 / AtbHLH5 / bHLH 5 / Protein ALTERED TRYPTOPHAN REGULATION 2 / Transcription factor ATR2 / Transcription factor EN 36 / bHLH transcription factor bHLH005


分子量: 21587.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: MYC3, ATR2, BHLH5, EN36, At5g46760, MZA15.18 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FIP9
#2: タンパク質・ペプチド Transcription factor MYB29 / Myb-related protein 29 / AtMYB29 / Protein HIGH ALIPHATIC GLUCOSINOLATE 3 / Protein PRODUCTION OF ...Myb-related protein 29 / AtMYB29 / Protein HIGH ALIPHATIC GLUCOSINOLATE 3 / Protein PRODUCTION OF METHIONINE-DERIVED GLUCOSINOLATE 2


分子量: 5069.925 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: MYB29, HAG3, PMG2, At5g07690, MBK20.15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FLR1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000, 0.2 M Sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 15757 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 36.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.043 / Χ2: 0.922 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 98697
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.593.30.42114890.1140.2440.4910.65391.3
2.59-2.693.50.40115210.2310.2270.4650.65994.9
2.69-2.823.70.36815390.4420.2010.4230.79396.2
2.82-2.964.20.29915550.7950.1460.3350.85795.8
2.96-3.155.50.22315960.9440.0950.2440.93798.3
3.15-3.396.70.14416080.9850.0560.1561.0599.3
3.39-3.7380.07616020.9980.0270.0811.13199.8
3.73-4.277.80.04916200.9980.0180.0521.12899.4
4.27-5.389.70.03316100.9990.0110.0350.94999.8
5.38-309.70.02616170.9990.0090.0280.67799.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RRU

4rru


解像度: 2.5→27.9 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.19 / 位相誤差: 30.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2684 572 9.81 %
Rwork0.2321 11357 -
obs0.2355 12592 78.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.77 Å2 / Biso mean: 58.9161 Å2 / Biso min: 7.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→27.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2856 0 0 14 2870
Biso mean---31.49 -
残基数----372
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A990X-RAY DIFFRACTION4.088TORSIONAL
12B990X-RAY DIFFRACTION4.088TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.60.3095290.304225428316
2.6-2.720.3116770.321170678344
2.72-2.860.34181080.30341044115265
2.86-3.040.3141500.29651402155287
3.04-3.280.3111720.27081582175498
3.28-3.610.26651710.23861578174999
3.61-4.120.22541630.22131592175599
4.13-5.190.25931890.188515991788100
5.2-27.90.24581760.20416001776100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.3177 Å / Origin y: 27.5724 Å / Origin z: -2.4515 Å
111213212223313233
T0.3437 Å20.1165 Å20.0576 Å2-0.1375 Å2-0.0013 Å2--0.2547 Å2
L2.6421 °2-0.4258 °2-0.9366 °2-2.7704 °2-0.5536 °2--3.2457 °2
S-0.2429 Å °0.3473 Å °-0.7212 Å °0.2956 Å °-0.6312 Å °-0.441 Å °1.3236 Å °0.7905 Å °-0.1224 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA46 - 238
2X-RAY DIFFRACTION1allB46 - 238
3X-RAY DIFFRACTION1allC184 - 203
4X-RAY DIFFRACTION1allD184 - 198
5X-RAY DIFFRACTION1allE2 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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