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万見
- PDB-7fc0: Reconstitution of MbnABC complex from Rugamonas rubra ATCC-43154 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fc0
タイトルReconstitution of MbnABC complex from Rugamonas rubra ATCC-43154 (GroupIII)
要素
  • (Methanobactin biosynthesis cassette protein ...) x 3
  • RrMbnA precosur peptide
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Fe binding protein / MbnABC complex / Methanobactin.
機能・相同性
機能・相同性情報


Conserved hypothetical protein CHP04061, AZL007950 / Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB / Uncharacterised protein family UPF0276 / RiPP precursor modification enzyme MbnB/TglH/ChrH / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC / Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB
類似検索 - 構成要素
生物種Rugamonas rubra (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.643 Å
データ登録者Chao, D. / Zhaolin, L. / Shoujie, L. / Li, Z. / Dan, Z. / Ying, J. / Wei, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure and catalytic mechanism of the MbnBC holoenzyme required for methanobactin biosynthesis.
著者: Dou, C. / Long, Z. / Li, S. / Zhou, D. / Jin, Y. / Zhang, L. / Zhang, X. / Zheng, Y. / Li, L. / Zhu, X. / Liu, Z. / He, S. / Yan, W. / Yang, L. / Xiong, J. / Fu, X. / Qi, S. / Ren, H. / Chen, ...著者: Dou, C. / Long, Z. / Li, S. / Zhou, D. / Jin, Y. / Zhang, L. / Zhang, X. / Zheng, Y. / Li, L. / Zhu, X. / Liu, Z. / He, S. / Yan, W. / Yang, L. / Xiong, J. / Fu, X. / Qi, S. / Ren, H. / Chen, S. / Dai, L. / Wang, B. / Cheng, W.
履歴
登録2021年7月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RrMbnA precosur peptide
E: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB
B: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB
F: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC
C: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC
D: RrMbnA precosur peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,68612
ポリマ－109,3516
非ポリマー3356
水1,928107
1
A: RrMbnA precosur peptide
B: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB
C: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8146
ポリマ－54,6473
非ポリマー1683
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
2
E: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB
F: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC
D: RrMbnA precosur peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8726
ポリマ－54,7043
非ポリマー1683
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7240 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.968, 173.968, 61.185
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質・ペプチド RrMbnA precosur peptide


分子量: 3057.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rugamonas rubra (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
Methanobactin biosynthesis cassette protein ... , 3種, 4分子 EBFC

#2: タンパク質 Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB


分子量: 29616.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rugamonas rubra (バクテリア) / 遺伝子: SAMN02982985_00539 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I4IFL0
#3: タンパク質 Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB


分子量: 29559.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rugamonas rubra (バクテリア) / 遺伝子: SAMN02982985_00539 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I4IFL0
#4: タンパク質 Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC


分子量: 22030.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rugamonas rubra (バクテリア) / 遺伝子: SAMN02982985_00538 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I4IFH0

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非ポリマー , 2種, 113分子

#5: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.99 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% PEG20000, 160 mM MES pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.643→61.51 Å / Num. obs: 54150 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 67.94 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rrim(I) all: 0.21 / Net I/σ(I): 6.46
反射 シェル解像度: 2.643→2.738 Å / Num. unique obs: 5328 / CC1/2: 0.564

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7DZ9

7dz9


解像度: 2.643→61.51 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 5123 4.89 %
Rwork0.178 --
obs0.18 54089 99.78 %
原子変位パラメータBiso mean: 91.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.643→61.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7602 0 6 107 7715
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00877794
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16210587
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06721126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00711397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.65182805
LS精密化 シェル解像度: 2.643→2.67 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4279 --
Rwork0.382 3353 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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