PDB-7fby: Crystal Structure of PH0140 from Pyrococcus horikosii OT3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fby

タイトル

Crystal Structure of PH0140 from Pyrococcus horikosii OT3

要素

Transcriptional regulatory protein

キーワード

TRANSCRIPTION / transcriptional regulator

機能・相同性

機能・相同性情報

sequence-specific DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Richard, M. / Ahmad, M. / Pal, R.K. / Biswal, B.K. / Jeyakanthan, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of PH0140 from Pyrococcus horikosii OT3
著者: Richard, M. / Ahmad, M. / Pal, R.K. / Biswal, B.K. / Jeyakanthan, J.

履歴

登録	2021年7月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fby.cif.gz	75.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fby.ent.gz	53.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fby.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7fby_validation.pdf.gz	739.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7fby_full_validation.pdf.gz	741.1 KB	表示
XML形式データ	7fby_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	7fby_validation.cif.gz	12.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/7fby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/7fby	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cyyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulatory protein

ヘテロ分子

19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional regulatory protein

ヘテロ分子

x 8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_665	-x+1,-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_655	-y+1,x,z	1
crystal symmetry operation	4_565	y,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	5_657	-x+1,y,-z+2	1
crystal symmetry operation	6_567	x,-y+1,-z+2	1
crystal symmetry operation	7_557	y,x,-z+2	1
crystal symmetry operation	8_667	-y+1,-x+1,-z+2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.790, 102.790, 69.183
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-336- HOH
2	1	A-377- HOH

#1: タンパク質	Transcriptional regulatory protein / Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator PH0140 分子量: 18783.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌) 株: OT-3 / 遺伝子: PH0140 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O57880
#2: 化合物	ChemComp-ILE / ISOLEUCINE / イソロイシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M HEPES (PH 7.5), 4.3 M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→35 Å / Num. obs: 12806 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 32.54
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / R_merge(I) obs: 0.66 / Num. unique obs: 1258

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CYY

2cyy

解像度: 2.001→25.711 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 8.096 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2122	646	5.045 %
R_work	0.1733	12160	-
all	0.175	-	-
obs	-	12806	99.86 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.418 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.261 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.261 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.523 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→25.711 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1207	0	17	100	1324

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.939	1.649	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.429	1.58	2932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.303	5	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.452	20.441	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.144	15	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.291	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	273
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.281	0.2	233
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	605
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	693
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.269	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.214	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.961	2.495	622
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.959	2.495	621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.879	3.723	776
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.877	3.722	777
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.736	2.918	642
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.734	2.922	643
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.071	4.229	927
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.069	4.233	928
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.731	29.945	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.729	29.969	1368

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.001-2.053	0.283	47	0.264	887	X-RAY DIFFRACTION	99.5736
2.053-2.109	0.266	44	0.206	854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.109-2.17	0.216	50	0.182	830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.237	0.206	35	0.174	835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.237-2.31	0.212	35	0.177	789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.391	0.222	36	0.171	760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.391-2.481	0.252	47	0.175	737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.481-2.582	0.217	41	0.164	720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.582-2.697	0.234	28	0.196	692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.697-2.828	0.215	35	0.2	649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.828-2.981	0.236	41	0.196	620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.981-3.162	0.253	35	0.186	593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.162-3.38	0.235	32	0.179	555	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.65	0.125	27	0.155	534	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-3.997	0.155	34	0.136	475	X-RAY DIFFRACTION	100
3.997-4.467	0.102	12	0.119	460	X-RAY DIFFRACTION	100
4.467-5.155	0.196	24	0.14	392	X-RAY DIFFRACTION	100
5.155-6.305	0.263	13	0.22	348	X-RAY DIFFRACTION	100
6.305-8.884	0.273	21	0.212	270	X-RAY DIFFRACTION	100
8.884-25	0.267	9	0.175	160	X-RAY DIFFRACTION	92.8571

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 31.6751 Å / Origin y: 30.4912 Å / Origin z: 73.033 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.04 Å²	-0.0293 Å²	-0.0169 Å²	-	0.0354 Å²	0.0342 Å²	-	-	0.0658 Å²
L	0.2467 °²	0.0635 °²	0.2627 °²	-	0.3104 °²	0.1602 °²	-	-	0.3343 °²
S	0.056 Å °	-0.051 Å °	-0.0359 Å °	0.0246 Å °	0.0204 Å °	-0.0135 Å °	0.0594 Å °	-0.0552 Å °	-0.0764 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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