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- PDB-7faw: Structure of LW domain from Yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7faw
タイトルStructure of LW domain from Yeast
要素Transcription elongation factor S-II
キーワードTRANSCRIPTION / LW / Paf1C
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II complex recruiting activity / regulation of mRNA 3'-end processing / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / RNA polymerase II complex binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / transcription by RNA polymerase III / Dual incision in TC-NER / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly ...RNA polymerase II complex recruiting activity / regulation of mRNA 3'-end processing / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / RNA polymerase II complex binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / transcription by RNA polymerase III / Dual incision in TC-NER / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription antitermination / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70 / Transcription elongation factor, TFIIS / Transcription elongation factor, IIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) ...Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70 / Transcription elongation factor, TFIIS / Transcription elongation factor, IIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / TFIIS N-terminal domain profile. / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS helical bundle-like domain / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / TFIIS/LEDGF domain superfamily / Zinc finger TFIIS-type signature. / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription elongation factor S-II
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.438 Å
データ登録者Liao, S. / Gao, J. / Tu, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31500601 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Structural basis for evolutionarily conserved interactions between TFIIS and Paf1C.
著者: Gao, J. / Jishage, M. / Wang, Y. / Wang, R. / Chen, M. / Zhu, Z. / Zhang, J. / Diwu, Y. / Xu, C. / Liao, S. / Roeder, R.G. / Tu, X.
履歴
登録2021年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription elongation factor S-II
B: Transcription elongation factor S-II
C: Transcription elongation factor S-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4013
ポリマ－29,4013
非ポリマー00
水68538
1
A: Transcription elongation factor S-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8001
ポリマ－9,8001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription elongation factor S-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8001
ポリマ－9,8001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transcription elongation factor S-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8001
ポリマ－9,8001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.014, 91.568, 118.068
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 4 or (resid 5...
21(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...
31(chain C and (resid 1 through 4 or (resid 5...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLYSLYS(chain A and (resid 1 through 4 or (resid 5...AA1 - 41 - 4
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 1 through 4 or (resid 5...AA55
13METMETGLNGLN(chain A and (resid 1 through 4 or (resid 5...AA1 - 841 - 84
14METMETGLNGLN(chain A and (resid 1 through 4 or (resid 5...AA1 - 841 - 84
15METMETGLNGLN(chain A and (resid 1 through 4 or (resid 5...AA1 - 841 - 84
16METMETGLNGLN(chain A and (resid 1 through 4 or (resid 5...AA1 - 841 - 84
21METMETSERSER(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...BB1 - 31 - 3
22LYSLYSGLUGLU(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...BB4 - 54 - 5
23METMETGLNGLN(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...BB1 - 841 - 84
24METMETGLNGLN(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...BB1 - 841 - 84
25METMETGLNGLN(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...BB1 - 841 - 84
26METMETGLNGLN(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...BB1 - 841 - 84
27METMETGLNGLN(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...BB1 - 841 - 84
28METMETGLNGLN(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...BB1 - 841 - 84
29METMETGLNGLN(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...BB1 - 841 - 84
210METMETGLNGLN(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...BB1 - 841 - 84
211METMETGLNGLN(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...BB1 - 841 - 84
31METMETLYSLYS(chain C and (resid 1 through 4 or (resid 5...CC1 - 41 - 4
32GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 1 through 4 or (resid 5...CC55
33METMETGLNGLN(chain C and (resid 1 through 4 or (resid 5...CC1 - 841 - 84
34METMETGLNGLN(chain C and (resid 1 through 4 or (resid 5...CC1 - 841 - 84
35METMETGLNGLN(chain C and (resid 1 through 4 or (resid 5...CC1 - 841 - 84
36METMETGLNGLN(chain C and (resid 1 through 4 or (resid 5...CC1 - 841 - 84

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要素

#1: タンパク質 Transcription elongation factor S-II / DNA strand transfer protein alpha / STP-alpha / DNA strand transferase 1 / Pyrimidine pathway ...DNA strand transfer protein alpha / STP-alpha / DNA strand transferase 1 / Pyrimidine pathway regulatory protein 2


分子量: 9800.458 Da / 分子数: 3 / 断片: LW domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: DST1, PPR2, YGL043W
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P07273
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris, pH 8.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.438→118.07 Å / Num. obs: 24984 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.44→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 996 / CC1/2: 0.958

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: model built by rosetta

解像度: 2.438→36.179 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 2509 10.04 %
Rwork0.2016 22475 -
obs0.2054 24984 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.01 Å2 / Biso mean: 42.4344 Å2 / Biso min: 24.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.438→36.179 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1977 0 0 38 2015
Biso mean---40.89 -
残基数----252
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A750X-RAY DIFFRACTION5.485TORSIONAL
12B750X-RAY DIFFRACTION5.485TORSIONAL
13C750X-RAY DIFFRACTION5.485TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.4385-2.48540.3441400.26211271
2.4854-2.53610.29281420.23561228
2.5361-2.59120.30841380.22321238
2.5912-2.65150.25661400.2371270
2.6515-2.71780.29381400.21291253
2.7178-2.79120.2731350.2171205
2.7912-2.87330.23311460.22731290
2.8733-2.9660.27071460.23261231
2.966-3.0720.26431380.23481226
3.072-3.19490.2721450.23541294
3.1949-3.34020.31431360.23141201
3.3402-3.51620.26491380.21731269
3.5162-3.73630.23571350.20211247
3.7363-4.02440.21821420.1751270
4.0244-4.42880.18181340.15921232
4.4288-5.06810.19051360.17011260
5.0681-6.37960.26311410.22111256
6.3796-36.170.18621370.17031234
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.1348 Å / Origin y: 8.4774 Å / Origin z: -14.2892 Å
111213212223313233
T0.2875 Å2-0.0065 Å20.0192 Å2-0.323 Å2-0.0207 Å2--0.3271 Å2
L0.3457 °2-0.0706 °2-0.0577 °2-0.4683 °20.5891 °2--0.7475 °2
S0.0515 Å °0.0638 Å °-0.0559 Å °-0.0318 Å °-0.0039 Å °0.0373 Å °0.1166 Å °-0.0877 Å °-0.0093 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 84
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 84
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 84
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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