[日本語] English
万見
- PDB-7fav: Crystal Structure of Rubella Protease -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fav
タイトルCrystal Structure of Rubella Protease
要素Protease/methyltransferase p150
キーワードHYDROLASE / Viral protease / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA methyltransferase activity / host cell membrane / RNA processing / nucleoside-triphosphate phosphatase / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication ...mRNA methyltransferase activity / host cell membrane / RNA processing / nucleoside-triphosphate phosphatase / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase C27, rubella virus endopeptidase / Rubivirus non-structural protein, C-terminal / Rubella virus (RUBV) nonstructural (NS) protease domain / Rubella virus endopeptidase / Rubivirus non-structural protein / Rubella virus (RUBV) nonstructural (NS) protease domain profile. / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase ...Peptidase C27, rubella virus endopeptidase / Rubivirus non-structural protein, C-terminal / Rubella virus (RUBV) nonstructural (NS) protease domain / Rubella virus endopeptidase / Rubivirus non-structural protein / Rubella virus (RUBV) nonstructural (NS) protease domain profile. / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Non-structural polyprotein p200
類似検索 - 構成要素
生物種Rubella virus (風疹ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Quek, J.P.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF2016NRF-CRP001-063 シンガポール
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the Rubella virus protease reveals a unique papain-like protease fold.
著者: Cheong, E.Z.K. / Quek, J.P. / Xin, L. / Li, C. / Chan, J.Y. / Liew, C.W. / Mu, Y. / Zheng, J. / Luo, D.
履歴
登録2021年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protease/methyltransferase p150
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,10011
ポリマ－30,3241
非ポリマー77610
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint18 kcal/mol
Surface area12400 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)60.243, 60.243, 173.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Protease/methyltransferase p150 / p150


分子量: 30324.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rubella virus (strain RA27/3 vaccine) (ウイルス)
株: RA27/3 vaccine / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O40955, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ

-
非ポリマー , 5種, 182分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.37 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 12.5% Peg 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.28482 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28482 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→41.37 Å / Num. obs: 40150 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 51 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 41.82
反射 シェル解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 49.8 % / Rmerge(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 3811 / CC1/2: 0.912 / Rpim(I) all: 0.1525 / % possible all: 96.87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.64→41.37 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 16.97 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1988 2075 5.2 %
Rwork0.1801 38076 -
obs-40150 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.26 Å2 / Biso min: 15.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.64→41.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2032 0 88 172 2292
Biso mean--49.41 41.13 -
残基数----269
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.64-1.6980.20831850.2163362695
2.0223-2.11430.19481320.17772519100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0337-1.25880.74173.507-0.56471.5280.05020.0485-0.1424-0.1322-0.01640.0460.15040.0589-0.03660.20480.04290.02480.21160.02570.203237.19980.499230.2994
22.2761-0.159-1.05047.47462.53853.83410.0929-0.00860.158-0.13880.0809-0.1539-0.18790.0837-0.1970.13150.0507-0.03740.19360.06760.178436.48238.149732.0465
35.6984-5.8828-3.26047.63152.68315.3777-0.3238-0.4135-0.05970.17340.203-0.27430.2110.36580.13640.18750.0458-0.05030.3023-0.00340.131236.93046.29145.6064
42.4384-0.6133-0.27790.7653-0.17291.78150.0099-0.0314-0.10340.05430.00990.01770.15910.0437-0.04790.21240.03350.01510.17360.02370.232318.56876.694639.2995
57.8557-6.53110.267.4012-1.14773.00110.04390.0449-0.62630.02340.08460.56480.1328-0.2851-0.10170.1995-0.034-0.01750.24470.00930.25197.32121.636231.0518
62.1028-0.1516-0.30150.12250.09371.69790.03640.07790.2763-0.02090.03160.0432-0.17650.0099-0.04280.23780.04260.01720.17190.03250.268116.051217.624235.7934
73.2177-0.5417-2.73051.8818-0.9246.94310.05020.13130.33850.05160.1122-0.05160.0254-0.0939-0.10360.20130.01090.01270.15930.01110.283125.338719.968132.7233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1031 through 1083 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1084 through 1103 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1104 through 1123 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1124 through 1189 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1190 through 1203 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1204 through 1278 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1279 through 1299 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る