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- PDB-7fau: Structure Determination of the NB1B11-RBD Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fau
タイトルStructure Determination of the NB1B11-RBD Complex
要素
  • NB_1B11
  • Spike protein S1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / RBD / Nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Camelidae (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Shi, Z.Z. / Li, X.X. / Wang, L. / Sun, Z.C. / Zhang, H.W. / Chen, X.C. / Cui, Q.Q. / Qiao, H.R. / Lan, Z.Y. / Zhang, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670743 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structural basis of nanobodies neutralizing SARS-CoV-2 variants.
著者: Shi, Z. / Li, X. / Wang, L. / Sun, Z. / Zhang, H. / Chen, X. / Cui, Q. / Qiao, H. / Lan, Z. / Zhang, X. / Li, X. / Li, L. / Xu, J. / Gong, R. / Fan, C. / Geng, Y.
履歴
登録2021年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
B: NB_1B11
C: Spike protein S1
D: NB_1B11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0609
ポリマ－75,7334
非ポリマー3275
水5,783321
1
A: Spike protein S1
B: NB_1B11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0635
ポリマ－37,8662
非ポリマー1963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area14100 Å2
手法PISA
2
C: Spike protein S1
D: NB_1B11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9974
ポリマ－37,8662
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area14210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.512, 88.835, 190.112
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-655-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 335 through 385 or resid 393 through 515))
d_2ens_1(chain "C" and (resid 335 through 359 or resid 363...
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEUTHRA1 - 46
d_12ens_1THRPHEA48 - 170
d_21ens_1LEUSERC4 - 28
d_22ens_1ALAALAC32
d_23ens_1SERTHRC35 - 54
d_24ens_1THRPHEC62 - 184
d_11ens_2VALSERB1 - 126
d_21ens_2VALSERD1 - 126

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 24649.645 Da / 分子数: 2 / 断片: Receptor-binding domain (RBD) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 NB_1B11


分子量: 13216.743 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.97 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16% PEG3350 and 0.1 M Zinc acetate, dehydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 97.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 64558 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 37.17 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.08→2.13 Å / Num. unique obs: 44904 / CC1/2: 0.578

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CH5

7ch5


解像度: 2.08→47.53 Å / SU ML: 0.2327 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1452
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2282 3187 4.94 %
Rwork0.1984 61308 -
obs0.1999 64495 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→47.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4652 0 5 321 4978
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00564758
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87096447
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0535685
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059845
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.8783666
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.41851222368
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.525207976632
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.08-2.110.31811400.28472602X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.140.30161370.26972630X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.180.27271400.24592636X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.220.28121330.22962644X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.260.28751360.23712639X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.30.2451460.2272599X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.350.31571550.22282621X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.40.24211360.21722646X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.450.27651390.21542626X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.520.26341230.21382656X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.580.241290.20962659X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.660.25161450.21972628X-RAY DIFFRACTION99.96
2.66-2.750.24111290.20682648X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.840.24851470.21182689X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.960.2481160.21022654X-RAY DIFFRACTION99.96
2.96-3.090.25431270.20982667X-RAY DIFFRACTION99.96
3.09-3.250.21491340.19922667X-RAY DIFFRACTION99.93
3.26-3.460.23021540.20092666X-RAY DIFFRACTION99.96
3.46-3.730.24091250.1922704X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.10.19141310.16972694X-RAY DIFFRACTION99.96
4.1-4.690.1611580.15352714X-RAY DIFFRACTION99.93
4.69-5.910.18151370.17112749X-RAY DIFFRACTION99.97
5.91-47.530.25171700.21682870X-RAY DIFFRACTION99.74
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 40.0380681681 Å / Origin y: 43.911322398 Å / Origin z: 63.1233867048 Å
111213212223313233
T0.269040079186 Å2-0.025019134892 Å20.0319118804942 Å2-0.285200313817 Å2-0.00394616528151 Å2--0.258047441023 Å2
L0.0956182325725 °2-0.0964251083468 °20.0685675121416 °2-0.384922075077 °20.0833091573058 °2---0.00254660831888 °2
S0.00425882040004 Å °-0.00345750498274 Å °-0.0100862533971 Å °0.107377579848 Å °-0.0422807248402 Å °0.0122500785447 Å °0.0262485108917 Å °-0.00870526940198 Å °0.0351859220021 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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