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- PDB-7faq: Crystal structure of PDE5A in complex with inhibitor L1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7faq
タイトルCrystal structure of PDE5A in complex with inhibitor L1
要素cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oocyte development / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of cardiac muscle contraction / oocyte development / RHOBTB1 GTPase cycle / relaxation of cardiac muscle / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP catabolic process / cGMP effects ...positive regulation of oocyte development / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of cardiac muscle contraction / oocyte development / RHOBTB1 GTPase cycle / relaxation of cardiac muscle / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP catabolic process / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / Smooth Muscle Contraction / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / cAMP-mediated signaling / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain ...3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2OI / cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.20013606546 Å
データ登録者Wu, D. / Huang, Y.Y. / Luo, H.B.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81872727 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81602955 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21702238 中国
引用ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2022
タイトル: Free energy perturbation (FEP)-guided scaffold hopping.
著者: Wu, D. / Zheng, X. / Liu, R. / Li, Z. / Jiang, Z. / Zhou, Q. / Huang, Y. / Wu, X.N. / Zhang, C. / Huang, Y.Y. / Luo, H.B.
履歴
登録2021年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7935
ポリマ－40,2661
非ポリマー5274
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area320 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area12800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.875, 73.875, 131.855
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase / cGMP-binding cGMP-specific phosphodiesterase / CGB-PDE


分子量: 40266.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE5A, PDE5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O76074, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase

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非ポリマー , 5種, 76分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-2OI / 2-[(4-chlorophenyl)methyl]-5-methoxy-3,10-diazatricyclo[6.4.1.0^{4,13}]trideca-1,4(13),5,7-tetraen-9-one


分子量: 340.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17ClN2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 17% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54056 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→22.71 Å / Num. obs: 21798 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 42.9547344485 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2186 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4md6

4md6


解像度: 2.20013606546→22.7022391169 Å / SU ML: 0.304886308095 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36058762158 / 位相誤差: 29.6972174003
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272067669888 1099 5.05171225006 %
Rwork0.225164311103 20656 -
obs0.227501476184 21755 99.9632403621 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.9247361213 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.20013606546→22.7022391169 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2312 0 31 72 2415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009369461126832387
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.171081394663224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0472328770355364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058861027772430
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.53358728691454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.20014-2.30020.366091429771370.3323999378162538X-RAY DIFFRACTION99.7762029094
2.3002-2.42130.3282094375011250.3050136583132533X-RAY DIFFRACTION100
2.4213-2.57280.2842734311741340.2838629641862553X-RAY DIFFRACTION100
2.5728-2.77120.2956022693351630.2644341318142528X-RAY DIFFRACTION100
2.7712-3.04940.3454540544231340.2674634511732565X-RAY DIFFRACTION100
3.0494-3.48930.2911109423011590.2294972370062557X-RAY DIFFRACTION100
3.4893-4.3910.2477137992351240.1983869584792624X-RAY DIFFRACTION100
4.391-22.70210.2233482714361230.1879038516712758X-RAY DIFFRACTION99.9306278182

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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