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- PDB-7faj: CARM1 bound with compound 43 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7faj
タイトルCARM1 bound with compound 43
要素Histone-arginine methyltransferase CARM1
キーワードTRANSFERASE / Histone-arginine methyltransferase CARM1
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3R17 methyltransferase activity / negative regulation of dendrite development / histone H3R2 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / : / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / protein-arginine N-methyltransferase activity ...histone H3R17 methyltransferase activity / negative regulation of dendrite development / histone H3R2 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / : / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / protein-arginine N-methyltransferase activity / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / histone methyltransferase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nuclear replication fork / response to cAMP / positive regulation of fat cell differentiation / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / beta-catenin binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RMTs methylate histone arginines / : / methylation / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 ...Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Distorted Sandwich / PH-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XJ4 / Histone-arginine methyltransferase CARM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24507255823 Å
データ登録者Cao, D.Y. / Li, J. / Xiong, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Based Discovery of Potent CARM1 Inhibitors for Solid Tumor and Cancer Immunology Therapy.
著者: Zhang, Z. / Guo, Z. / Xu, X. / Cao, D. / Yang, H. / Li, Y. / Shi, Q. / Du, Z. / Guo, X. / Wang, X. / Chen, D. / Zhang, Y. / Chen, L. / Zhou, K. / Li, J. / Geng, M. / Huang, X. / Xiong, B.
履歴
登録2021年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
C: Histone-arginine methyltransferase CARM1
D: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,6858
ポリマ－152,9144
非ポリマー1,7704
水1,928107
1
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6712
ポリマ－38,2291
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6712
ポリマ－38,2291
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6712
ポリマ－38,2291
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6712
ポリマ－38,2291
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.296, 99.339, 207.141
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質
Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4


分子量: 38228.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARM1, PRMT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q86X55, type I protein arginine methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-XJ4 / N'-[[3-[4-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-5-methyl-6-phenylazanyl-pyrimidin-2-yl]phenyl]methyl]-N-methyl-ethane-1,2-diamine


分子量: 442.556 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H30N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22-27% PEG 3350, 0.15M sodium malate, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24507255823→75.3 Å / Num. obs: 74529 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 36.9000070658 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.656 / Num. unique obs: 74529 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IZQ

6izq


解像度: 2.24507255823→60.9248 Å / SU ML: 0.259406702227 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.3418418283 / 位相誤差: 26.095902159
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239817714938 3690 4.9639474817 %
Rwork0.191270082835 70646 -
obs0.193692820483 74336 98.9589712186 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.7674088481 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24507255823→60.9248 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10713 0 132 107 10952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075227467205111132
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86301888884815090
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05217169397031632
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005575221819971920
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.572150806546516
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2451-2.27460.3298236857331660.233461581172708X-RAY DIFFRACTION99.7224149896
2.2746-2.30580.2823217730861190.2213847267112707X-RAY DIFFRACTION99.6122664787
2.3058-2.33870.2412197951400.2083212369512692X-RAY DIFFRACTION99.7183098592
2.3387-2.37360.3078882461361250.2136937565362734X-RAY DIFFRACTION99.8602864129
2.3736-2.41070.2611409654541470.2117325329742690X-RAY DIFFRACTION99.7188049209
2.4107-2.45020.2812848058911490.2088896088442691X-RAY DIFFRACTION99.6840996841
2.4502-2.49250.3114011220891340.214547028742735X-RAY DIFFRACTION99.826026444
2.4925-2.53780.2941123767281680.2127808257952676X-RAY DIFFRACTION99.4058021671
2.5378-2.58660.3170902934781440.2228139120712691X-RAY DIFFRACTION99.7888067582
2.5866-2.63940.2788974466641530.2133687843422662X-RAY DIFFRACTION99.7166135317
2.6394-2.69680.2595510750391500.2111355073922732X-RAY DIFFRACTION99.7577016269
2.6968-2.75960.3347574745921380.212642271222719X-RAY DIFFRACTION99.8252969951
2.7596-2.82860.2559291472441310.2065431684472732X-RAY DIFFRACTION99.6519317786
2.8286-2.9050.284886906211400.210826835692720X-RAY DIFFRACTION99.340048628
2.905-2.99050.2564575689751430.2054544352582680X-RAY DIFFRACTION98.9138051857
2.9905-3.0870.2608127411231510.2173001573972680X-RAY DIFFRACTION98.709902371
3.087-3.19740.3189702497931320.2160417979952725X-RAY DIFFRACTION98.8239363542
3.1974-3.32540.2691726200031250.2100063198682706X-RAY DIFFRACTION98.4695652174
3.3254-3.47670.220716257711200.2007941979722686X-RAY DIFFRACTION96.6253443526
3.4767-3.660.2699231227661530.1904307217262504X-RAY DIFFRACTION92.0970537262
3.66-3.88930.2277718789531300.1809745281982689X-RAY DIFFRACTION97.2739820566
3.8893-4.18950.2087683517771450.1673367102492780X-RAY DIFFRACTION99.96582365
4.1895-4.6110.1820822932191460.15780769152764X-RAY DIFFRACTION99.8284734134
4.611-5.27790.1872003041081460.1541435507482805X-RAY DIFFRACTION99.8646362098
5.2779-6.64820.2173491466891350.1948940933022841X-RAY DIFFRACTION99.6317375293
6.6482-60.92480.1971885226971600.179826569642897X-RAY DIFFRACTION97.3566878981

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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