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- PDB-7fad: Crystal structure of Xenopus GCP2-N terminal domain and Mzt2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fad
タイトルCrystal structure of Xenopus GCP2-N terminal domain and Mzt2
要素
  • Gamma-tubulin complex component
  • Mitotic-spindle organizing protein 2B
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Microtubule nucleation
機能・相同性
機能・相同性情報


Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / gamma-tubulin ring complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / microtubule organizing center / spindle / spindle pole / microtubule / centrosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MOZART2 family / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitotic-spindle organizing protein 2B / Gamma-tubulin complex component
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.204 Å
データ登録者Shankar, S. / Huang, T.L. / Hsia, K.C.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: A gamma-tubulin complex independent pathway could suppress ciliogenesis by promoting cilia disassembly
著者: Shankar, S. / Hsu, Z.T. / Ezquerra, A. / Li, C.C. / Huang, T.L. / Coyaud, E. / Viais, R. / Grauffel, C. / Raught, B. / Lim, C. / Luders, J. / Tsai, S.Y. / Hsia, K.C.
履歴
登録2021年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Gamma-tubulin complex component
B: Mitotic-spindle organizing protein 2B
C: Gamma-tubulin complex component
D: Mitotic-spindle organizing protein 2B
E: Gamma-tubulin complex component
F: Mitotic-spindle organizing protein 2B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1576
ポリマ－88,1576
非ポリマー00
水00
1
A: Gamma-tubulin complex component
B: Mitotic-spindle organizing protein 2B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3862
ポリマ－29,3862
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area8570 Å2
手法PISA
2
C: Gamma-tubulin complex component
D: Mitotic-spindle organizing protein 2B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3862
ポリマ－29,3862
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area8710 Å2
手法PISA
3
E: Gamma-tubulin complex component
F: Mitotic-spindle organizing protein 2B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3862
ポリマ－29,3862
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area8680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.878, 125.099, 204.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain B and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...
21(chain D and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...
31(chain F and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...
12(chain A and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...
22(chain C and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...
32(chain E and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALPROPRO(chain B and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...BB44 - 4748 - 51
121GLUGLUILEILE(chain B and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...BB49 - 6353 - 67
131ASPASPASPASP(chain B and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...BB6468
141VALVALALAALA(chain B and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...BB44 - 9348 - 97
151VALVALALAALA(chain B and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...BB44 - 9348 - 97
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171VALVALALAALA(chain B and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...BB44 - 9348 - 97
181VALVALALAALA(chain B and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...BB44 - 9348 - 97
211VALVALPROPRO(chain D and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...DD44 - 4748 - 51
221GLUGLUILEILE(chain D and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...DD49 - 6353 - 67
231ASPASPASPASP(chain D and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...DD6468
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251VALVALALAALA(chain D and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...DD44 - 9348 - 97
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271VALVALALAALA(chain D and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...DD44 - 9348 - 97
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311VALVALPROPRO(chain F and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...FF44 - 4748 - 51
321GLUGLUILEILE(chain F and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...FF49 - 6353 - 67
331ASPASPASPASP(chain F and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...FF6468
341VALVALALAALA(chain F and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...FF44 - 9348 - 97
351VALVALALAALA(chain F and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...FF44 - 9348 - 97
361VALVALALAALA(chain F and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...FF44 - 9348 - 97
371VALVALALAALA(chain F and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...FF44 - 9348 - 97
381VALVALALAALA(chain F and (resseq 44:47 or resseq 49:63 or (resid...FF44 - 9348 - 97
112SERSERPHEPHE(chain A and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...AA0 - 205 - 25
122GLYGLYVALVAL(chain A and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...AA24 - 2729 - 32
132TYRTYRTYRTYR(chain A and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...AA2833
142SERSERALAALA(chain A and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...AA0 - 1065 - 111
152SERSERALAALA(chain A and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...AA0 - 1065 - 111
162SERSERALAALA(chain A and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...AA0 - 1065 - 111
172SERSERALAALA(chain A and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...AA0 - 1065 - 111
182SERSERALAALA(chain A and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...AA0 - 1065 - 111
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1102SERSERALAALA(chain A and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...AA0 - 1065 - 111
1112SERSERALAALA(chain A and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...AA0 - 1065 - 111
212SERSERPHEPHE(chain C and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...CC0 - 205 - 25
222GLYGLYVALVAL(chain C and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...CC24 - 2729 - 32
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242SERSERGLUGLU(chain C and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...CC0 - 1075 - 112
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262SERSERGLUGLU(chain C and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...CC0 - 1075 - 112
272SERSERGLUGLU(chain C and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...CC0 - 1075 - 112
282SERSERGLUGLU(chain C and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...CC0 - 1075 - 112
292SERSERGLUGLU(chain C and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...CC0 - 1075 - 112
2102SERSERGLUGLU(chain C and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...CC0 - 1075 - 112
2112SERSERGLUGLU(chain C and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...CC0 - 1075 - 112
312SERSERPHEPHE(chain E and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...EE0 - 205 - 25
322GLYGLYVALVAL(chain E and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...EE24 - 2729 - 32
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342SERSERLYSLYS(chain E and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...EE0 - 1055 - 110
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372SERSERLYSLYS(chain E and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...EE0 - 1055 - 110
382SERSERLYSLYS(chain E and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...EE0 - 1055 - 110
392SERSERLYSLYS(chain E and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...EE0 - 1055 - 110
3102SERSERLYSLYS(chain E and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...EE0 - 1055 - 110
3112SERSERLYSLYS(chain E and (resseq 0:20 or resseq 24:27 or (resid...EE0 - 1055 - 110

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Gamma-tubulin complex component


分子量: 19041.717 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: tubgcp2.L, tubgcp2, tubgcp2-prov / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6DDJ4
#2: タンパク質 Mitotic-spindle organizing protein 2B / Mitotic-spindle organizing protein associated with a ring of gamma-tubulin 2B


分子量: 10344.030 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
遺伝子: mzt2b, fam128, mozart2, TEgg010b01.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q28DB1

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 %
解説: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium formate pH 7, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→20 Å / Num. obs: 18101 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.5 % / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 25.33
反射 シェル解像度: 3.17→3.29 Å / Num. unique obs: 1608 / CC1/2: 0.909 / % possible all: 89.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.204→19.957 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.51 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2374 3314 9.96 %
Rwork0.2062 29954 -
obs0.2094 17682 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 195.68 Å2 / Biso min: 63.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.204→19.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3665 0 0 0 3665
残基数----456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123712
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5985000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075602
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3992304
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B667X-RAY DIFFRACTION10.697TORSIONAL
12D667X-RAY DIFFRACTION10.697TORSIONAL
13F667X-RAY DIFFRACTION10.697TORSIONAL
21A1282X-RAY DIFFRACTION10.697TORSIONAL
22C1282X-RAY DIFFRACTION10.697TORSIONAL
23E1282X-RAY DIFFRACTION10.697TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.204-3.24910.46621190.3602114490
3.2491-3.29740.39871320.3449114493
3.2974-3.34870.40681380.3479123796
3.3487-3.40330.38631370.3488123398
3.4033-3.46170.33971380.2959126299
3.4617-3.52430.3861410.29521259100
3.5243-3.59170.34121380.26281244100
3.5917-3.66460.28061390.25951264100
3.6646-3.74380.27441370.25771283100
3.7438-3.83030.33971410.24771250100
3.8303-3.92540.30281400.24921285100
3.9254-4.03070.28711320.23471227100
4.0307-4.14820.25771410.20561255100
4.1482-4.28090.25021410.19151275100
4.2809-4.43230.22781420.19421257100
4.4323-4.60760.21671350.17125499
4.6076-4.81450.17191420.15371265100
4.8145-5.06440.19831460.15631271100
5.0644-5.37590.23121380.17361241100
5.3759-5.78160.1931431265100
5.7816-6.34640.20781420.2071265100
6.3464-7.22630.21461340.20911250100
7.2263-8.96490.18691410.1711271100
8.9649-19.9570.17091370.156125399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.0268 Å / Origin y: 28.1202 Å / Origin z: 239.8286 Å
111213212223313233
T0.8915 Å2-0.0468 Å20.0072 Å2-0.5555 Å2-0.0335 Å2--0.6201 Å2
L0.8927 °20.2074 °2-0.3605 °2-1.7616 °2-0.9901 °2--1.9973 °2
S-0.1322 Å °0.2335 Å °-0.2302 Å °-0.7149 Å °-0.0279 Å °-0.0597 Å °0.5797 Å °-0.0238 Å °0.1597 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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