+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f9u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Toxoplasma gondii Prolyl-tRNA Synthetase (TgPRS) in Complex with inhibitor T35 and Halofuginone | ||||||
要素 | Prolyl-tRNA synthetase (ProRS) | ||||||
キーワード | LIGASE/LIGASE INHIBITOR / PROTEIN TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / INHIBITOR (酵素阻害剤) / PRS / ATP POCKET / DOUBLE DRUG / LIGASE (リガーゼ) / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 プロリンtRNAリガーゼ / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / aminoacyl-tRNA editing activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Manickam, Y. / Malhotra, N. / Sharma, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: TgPRS with double inhibitors 著者: Malhotra, N. / Manickam, Y. / Sharma, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f9u.cif.gz | 788 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7f9u.ent.gz | 648.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f9u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/7f9u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/7f9u | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 7f9pC 7f9qC 7f9rC 7f9sC 7f9tC 7f9vC 7vc5C 5xiqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 57937.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: TGRH88_057780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7J6JUK2 |
---|
-非ポリマー , 6種, 72分子
#2: 化合物 | ChemComp-HFG / #3: 化合物 | ChemComp-1TI / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride dihydrate ), 0.1 M Buffer (Sodium HEPES, MOPS), 30% v/v Precipitant (40% v/v Ethylene glycol, 20% w/v PEG 8000) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.15 |
反射 | 解像度: 2.8→100.93 Å / Num. obs: 56889 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 14.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 2092 / CC1/2: 0.9 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5XIQ 解像度: 2.8→76.573 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3.47 / 位相誤差: 26.32 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 215.66 Å2 / Biso mean: 33.3552 Å2 / Biso min: 13.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→76.573 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 38.9614 Å / Origin y: -1.0273 Å / Origin z: 15.9088 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |