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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f9s | ||||||
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タイトル | Toxoplasma gondii Prolyl-tRNA Synthetase (TgPRS) in Complex with inhibitor T35 and Febrifugine (FF) | ||||||
![]() | Prolyl-tRNA synthetase (ProRS) | ||||||
![]() | LIGASE/LIGASE INHIBITOR / PROTEIN TRANSLATION / INHIBITOR / PRS / ATP POCKET / DOUBLE DRUG / LIGASE / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / aminoacyl-tRNA deacylase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Manickam, Y. / Malhotra, N. / Sharma, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: TgPRS with double inhibitors 著者: Malhotra, N. / Manickam, Y. / Sharma, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 227.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 176 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 814.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 816.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7f9pC ![]() 7f9qC ![]() 7f9rC ![]() 7f9tC ![]() 7f9uC ![]() 7f9vC ![]() 7vc5C ![]() 5xiqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 57937.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TGRH88_057780 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 217分子 












#2: 化合物 | ChemComp-1TI / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-9SF / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-BCN / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||
#6: 化合物 | ChemComp-BME / | ||
#7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2 mM Divalents (0.005M Manganese(II) chloride tetrahydrate, 0.005M Cobalt(II) chloride hexahydrate , 0.005M Nickel(II) chloride hexahydrate, 0.005M Zinc acetate dihydrate), 32.5 % v/v ...詳細: 2 mM Divalents (0.005M Manganese(II) chloride tetrahydrate, 0.005M Cobalt(II) chloride hexahydrate , 0.005M Nickel(II) chloride hexahydrate, 0.005M Zinc acetate dihydrate), 32.5 % v/v Precipitant (25% w/v PEG 4000, 40% w/v 1,2,6-Hexanetriol) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→41.87 Å / Num. obs: 49540 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / Num. unique obs: 7923 / CC1/2: 0.82 / % possible all: 98.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5XIQ 解像度: 1.861→33.996 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 110.33 Å2 / Biso mean: 51.6367 Å2 / Biso min: 28.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.861→33.996 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 15.4715 Å / Origin y: -0.1176 Å / Origin z: 7.9652 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |