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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f97 | ||||||
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タイトル | Plasmodium falciparum Prolyl-tRNA Synthetase (PfPRS) in Complex with L-proline and compound L97 | ||||||
要素 | Proline--tRNA ligase | ||||||
キーワード | LIGASE/LIGASE INHIBITOR / PROTEIN TRANSLATION / MALARIA / INHIBITOR / PRS / LIGASE / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Ala-tRNA(Pro) hydrolase activity / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.394 Å | ||||||
データ登録者 | Mishra, S. / Malhotra, N. / Yogavel, M. / Sharma, A. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Iscience / 年: 2024 タイトル: ATP mimetics targeting prolyl-tRNA synthetases as a new avenue for antimalarial drug development 著者: Mishra, S. / Malhotra, N. / Laleu, B. / Chakraborti, S. / Yogavel, M. / Sharma, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f97.cif.gz | 795.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f97.ent.gz | 665.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f97.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7f97_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7f97_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7f97_validation.xml.gz | 70.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7f97_validation.cif.gz | 92.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/7f97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/7f97 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7f96C 4ydqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 57801.188 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 254-746 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: proRS, PFL0670c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I5R7, proline-tRNA ligase |
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-非ポリマー , 6種, 76分子
#2: 化合物 | ChemComp-PRO / #3: 化合物 | ChemComp-1XK / #4: 化合物 | ChemComp-BU1 / | #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | ChemComp-HEZ / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol, 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol, 0.2M 2-Propanol, 0.2M 1,4-Butanediol, 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1 M Buffer (Tris (base), BICINE), 37.5 % v/v ...詳細: 0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol, 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol, 0.2M 2-Propanol, 0.2M 1,4-Butanediol, 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1 M Buffer (Tris (base), BICINE), 37.5 % v/v Precipitant (25% v/v MPD, 25% PEG 1000, 25% w/v PEG 3350) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.39→46.87 Å / Num. obs: 86094 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.3 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.39→2.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 13406 / CC1/2: 0.34 / Rrim(I) all: 2.547 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4YDQ 解像度: 2.394→41.902 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.73 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 148.21 Å2 / Biso mean: 74.829 Å2 / Biso min: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.394→41.902 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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