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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f90 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS auxiliary protein in complex with human nuclear protein | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / immune system / auxiliary protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore outer ring / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore complex assembly / nuclear pore organization / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / nuclear pore nuclear basket ...transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore outer ring / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore complex assembly / nuclear pore organization / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / nuclear pore nuclear basket / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of SUMOylation proteins / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA processing in the nucleus / RNA export from nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nucleocytoplasmic transport / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Viral Messenger RNA Synthesis / nuclear localization sequence binding / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / mitotic spindle pole / Vpr-mediated nuclear import of PICs / host cell Golgi membrane / SUMOylation of DNA replication proteins / cellular response to organic cyclic compound / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / mRNA export from nucleus / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / nuclear pore / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / regulation of mitotic spindle organization / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / serine-type peptidase activity / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear periphery / molecular condensate scaffold activity / HCMV Late Events / ubiquitin binding / promoter-specific chromatin binding / RHO GTPases Activate Formins / Transcriptional regulation by small RNAs / ISG15 antiviral mechanism / fibrillar center / HCMV Early Events / protein import into nucleus / Separation of Sister Chromatids / nuclear envelope / snRNP Assembly / microtubule binding / nuclear membrane / transcription coactivator activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / nuclear body / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / cell division / mRNA binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gao, X. / Cui, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for Sarbecovirus ORF6 mediated blockage of nucleocytoplasmic transport 著者: Gao, X. / Tian, H. / Zhu, K. / Li, Q. / Hao, W. / Wang, L. / Qin, B. / Deng, H. / Cui, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 505.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 382.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7f60C ![]() 4owrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7533.843 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: P59634 #2: タンパク質 | 分子量: 41017.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: P78406 #3: タンパク質 | 分子量: 197780.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: P52948, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.47 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1m Bis-tris ph5.5,45%PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.39→47.874 Å / Num. obs: 60024 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.49 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 7.62 |
反射 シェル | 解像度: 2.39→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.624 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique obs: 9702 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4OWR 解像度: 2.39→47.87 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 166.7 Å2 / Biso mean: 44.0392 Å2 / Biso min: 20.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.39→47.87 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -23.9906 Å / Origin y: -2.745 Å / Origin z: 10.8391 Å
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精密化 TLSグループ |
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