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- PDB-7f90: Crystal structure of SARS auxiliary protein in complex with human... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f90
タイトルCrystal structure of SARS auxiliary protein in complex with human nuclear protein
要素
  • Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
  • ORF6 protein
  • mRNA export factor
キーワードVIRAL PROTEIN / immune system / auxiliary protein
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore outer ring / nuclear pore organization / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / nuclear pore nuclear basket ...transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore outer ring / nuclear pore organization / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / nuclear pore nuclear basket / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of SUMOylation proteins / nuclear localization sequence binding / structural constituent of nuclear pore / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / SUMOylation of RNA binding proteins / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / RNA export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nucleocytoplasmic transport / Viral Messenger RNA Synthesis / mitotic spindle pole / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Vpr-mediated nuclear import of PICs / host cell Golgi membrane / SUMOylation of DNA replication proteins / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA transport / nuclear pore / mRNA export from nucleus / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / serine-type peptidase activity / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / nuclear periphery / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / regulation of mitotic spindle organization / SUMOylation of chromatin organization proteins / ubiquitin binding / HCMV Late Events / promoter-specific chromatin binding / molecular condensate scaffold activity / RHO GTPases Activate Formins / Transcriptional regulation by small RNAs / ISG15 antiviral mechanism / fibrillar center / protein import into nucleus / HCMV Early Events / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Separation of Sister Chromatids / nuclear envelope / snRNP Assembly / nuclear membrane / microtubule binding / transcription coactivator activity / nuclear body / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / cell division / mRNA binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein NS6, betacoronavirus / Betacoronavirus NS6 protein / Nup98, Gle2-binding sequence / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. ...Non-structural protein NS6, betacoronavirus / Betacoronavirus NS6 protein / Nup98, Gle2-binding sequence / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / ORF6 protein / mRNA export factor RAE1
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Gao, X. / Cui, S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for Sarbecovirus ORF6 mediated blockage of nucleocytoplasmic transport
著者: Gao, X. / Tian, H. / Zhu, K. / Li, Q. / Hao, W. / Wang, L. / Qin, B. / Deng, H. / Cui, S.
履歴
登録2021年7月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: ORF6 protein
F: ORF6 protein
A: mRNA export factor
C: mRNA export factor
B: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
D: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)492,6636
ポリマ－492,6636
非ポリマー00
水3,405189
1
E: ORF6 protein
A: mRNA export factor
B: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,3313
ポリマ－246,3313
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area16610 Å2
手法PISA
2
F: ORF6 protein
C: mRNA export factor
D: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,3313
ポリマ－246,3313
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area16420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.332, 86.794, 47.905
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.090, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ORF6 protein / Accessory protein 6 / Non-structural protein 6 / ns6 / Protein X3


分子量: 7533.843 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P59634
#2: タンパク質 mRNA export factor / Rae1 protein homolog / mRNA-associated protein mrnp 41


分子量: 41017.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAE1, MRNP41
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P78406
#3: タンパク質 Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96


分子量: 197780.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUP98, ADAR2
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P52948, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.47 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1m Bis-tris ph5.5,45%PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→47.874 Å / Num. obs: 60024 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.49 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 7.62
反射 シェル解像度: 2.39→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.624 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique obs: 9702 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OWR

4owr


解像度: 2.39→47.87 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2581 1599 5.22 %
Rwork0.2196 29033 -
obs0.2215 30632 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 166.7 Å2 / Biso mean: 44.0392 Å2 / Biso min: 20.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→47.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6099 0 0 189 6288
Biso mean---37.39 -
残基数----768
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.39-2.470.32091400.28382598273899
2.47-2.560.31781400.286326102750100
2.56-2.660.33261440.271126472791100
2.66-2.780.31031380.26326182756100
2.78-2.930.31731490.264726172766100
2.93-3.110.28821640.246626192783100
3.11-3.350.28851260.227726602786100
3.35-3.690.24551490.202826642813100
3.69-4.220.21011560.18826192775100
4.22-5.320.19231400.165726762816100
5.32-47.870.24991530.21827052858100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.9906 Å / Origin y: -2.745 Å / Origin z: 10.8391 Å
111213212223313233
T0.3507 Å20.0093 Å20.0194 Å2-0.2456 Å2-0.0612 Å2--0.221 Å2
L0.036 °20.0412 °20.0312 °2-1.7227 °2-0.1483 °2--0.1672 °2
S0.0575 Å °-0.0149 Å °0.0123 Å °-0.0324 Å °-0.0798 Å °0.2313 Å °-0.0473 Å °0.0193 Å °0.0055 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allE53 - 62
2X-RAY DIFFRACTION1allF52 - 63
3X-RAY DIFFRACTION1allA31 - 365
4X-RAY DIFFRACTION1allC31 - 364
5X-RAY DIFFRACTION1allB158 - 213
6X-RAY DIFFRACTION1allD158 - 213
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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