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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f8z | ||||||||||||||||||||
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タイトル | RNA kink-turn motif with 2-aminopurine | ||||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA / 2-aminopurine / kink-turn motif | 機能・相同性 | : / RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | データ登録者 | Kondo, J. / Miyauchi, T. | 引用 | ジャーナル: To Be Published | タイトル: RNA kink-turn motif with 2-aminopurine 著者: Kondo, J. / Miyauchi, T. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f8z.cif.gz | 113.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f8z.ent.gz | 85.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f8z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7f8z_validation.pdf.gz | 448.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7f8z_full_validation.pdf.gz | 455.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7f8z_validation.xml.gz | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7f8z_validation.cif.gz | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f8z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f8z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ei7C 7ei8C 4c40S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 6217.834 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: MPD, spermine tetrahydrochloride, potassium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→35.04 Å / Num. obs: 14856 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.796 % / Biso Wilson estimate: 44.299 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.922 / Net I/σ(I): 14.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4C40 解像度: 3→35.04 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.3 Å2 / Biso mean: 35.2233 Å2 / Biso min: 15.53 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→35.04 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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